朝廷除经常督促巡察州郡狱讼外，还严格限制州郡理狱权限。实行大、要、疑案逐级呈报制度。如晋惠帝时，廷尉正江统，“每州郡疑狱，断处从轻”。说明西晋时，有疑狱上报制度，即州郡遇有疑狱，要入报廷尉进行判决。东晋简文帝时，王彪之为会稽内史。因不遣使修敬桓温，被桓温所劾而免官。“彪之去郡，郡见罪谪未上州台者，皆原散之。”说明东晋时重罪囚犯要上报州府和朝廷去判决。南朝宋文帝时，有晋陵郡蒋氏两兄弟，为劫罪而被收。兄弟二人争求受罪，郡县不能判，移案与州。州以情判二人无罪，“勒县遣之，还复民伍”。这是地方疑狱逐级呈报的一个具体案例。孝武帝大明元年（457年），都官尚书谢庄上书奏改州狱时请求：“自今入重之因，县考正毕，以事言郡，并送囚身，委二千石亲临核辩……若二千石不能决，乃度廷尉。神州统外，移之刺史，刺史有疑，亦归台狱。”这个奏折是否实行不得而知。但大明七年（463年）四月下诏规定：“自非临军战阵，一不得专杀。其罪甚重辟者，皆如旧先上须报，有司严加听察。犯者以杀人罪论。”南齐豫章文献王萧嶷任荆州刺史伊始，即决遣囚徒，但连台之囚不敢原遣。说明这些囚徒是朝廷重犯，州刺史无权发落，须请朝廷决判。
另外，在魏晋南北朝时期，州郡对于身有朝廷封爵的官吏犯罪也无权审理，必须上报朝廷处理。如东晋穆帝时，王彪之为廷尉。时有永嘉太守谢毅在朝廷下达赦令之后，杀郡人周矫。周矫堂兄周球到扬州府诉冤。时任扬州刺史的殷浩遣从事收毅付廷尉。廷尉王彪之“以球为狱主，身无王爵，非廷尉所料，不肯受，与州相反覆”。
在朝廷做出上述规定的同时，又直接插手州郡司法审理并对其实行严格的监察与纠劾。主要表现在两个方面：一是皇帝直接干预地方司法，二是朝廷司法部门参与地方司法审理。与此相应的是州有权录讯郡县狱讼。
朝廷直接干预地方司法的方式，一是皇帝亲临听讼。这又可分为两种情况：一为皇帝巡行州郡，于州朝听讼。如大明七年（463年）冬十月，“车驾巡南豫州。诏曰’朕巡幸所经……狱系刑罪，并亲听讼‘”。二为皇帝于朝堂听断疑狱和明令调一定区域内的狱讼，于朝堂亲自听断。如宋孝武帝时，明令：“自今囚至辞具，并即以闻，朕当悉详断，庶无留狱。”齐武帝“永明六年（488年）春正月壬午诏：’二百里内狱同集京师，克日听览，自此以外，委州郡讯察。‘”明帝建武二年（495年）下诏：“三百里内狱讼，同集京师，克日听览。此以外委州郡讯察。”有梁一代，皇帝不多听讼，将理狱权放于州郡。辄下诏：“诸州郡县，时理狱讼……”陈高祖代梁之后，经常“舆驾幸华林园，亲览词讼，临赦囚徒”。永定三年（559年）又亲自下诏：“临川王茜省扬、徐二州辞讼。”
朝廷司法部门参与地方司法审理，是指尚书省、廷尉、御史台直接代州郡审理狱讼，而州刺史则直接插手所辖郡县内的司法工作。南朝时期，尚书省有关部门干预地方司法审理最突出的是宋齐政权。宋孝武太明七年（463年）八月诏：“近道刑狱，当亲料省，其王畿内及神州所统，可遣尚书与所在共详；畿外诸州，委之刺史。”《宋书》卷9《后废帝纪》载：“元徽元年（473年）八月诏曰：“尚书令可与执法以下，就讯众狱，使冤讼洗遂，困弊昭苏，颁下州郡，咸令无壅。”南齐时，朝廷司法部门插手地方司法审理的范围更为广阔。齐武帝建元四年（482年）六月诏曰：“京都囚系，可克日讯决；诸远狱委刺史以时察判。”永明二年（484年）夏四月下诏：“扬、南徐、南兖、徐、兖五州统内诸狱，并、豫、江三州府州见囚，江州寻阳、新蔡两郡系狱，并部送还台，须侯克日断枉直。缘江远郡及诸州，委刺史详察讯。”三年（485年）秋七月辛丑，诏：“丹阳所领及余二百里内见囚，同集京师，自此以外，委州郡决断。”六年（488年）正月，诏：“二百里内狱同集京师，克日听览，自此以外，委州郡讯察。”
不过，整个魏晋南北朝时期，州的司法之权还是很大的。首先，州有权直接就审郡县狱案。如宋孝武帝大明三年（459年），沈怀文为扬州行事。“时囚系甚多，动经年月，怀文到任，讯五郡九百三十六狱，众咸称平。”其次，如是权臣在州，则独断刑杀之柄。如东晋桓温在扬州时，“大辟之罪皆自己决”。待其弟桓冲为扬州时，方才疏请“凡诸死罪，先上，须报”。王訥为荆州，“大诛戮（陶）侃时将佐，及征士皇甫方回”。另就是边远州区的州刺史，亦常专断刑杀之权。如西晋惠帝末，宁州刺史王逊，因举秀才董联而建宁功曹不下版檄，即斩功曹。“又诛豪右不奉法度者数十家”，威行宁土。宋元嘉初，徐州有典签向刺史吉翰为州内一死罪囚求情。吉翰顺典签之意，放过了死囚，却“因命左右收典签付狱杀之”。足见州刺史刑杀权柄之大。
《魏书》卷9《肃宗纪》记：“正光元年五月癸未，诏曰：’刺史守令与朕共治天下，宜哀矜勿喜，视民如伤。况今炎旱历时，万姓凋敝，而不抚恤穷冤，理决庶狱。可严敕州郡，善加绥隐，务尽聪明，加之祗肃，必使事允人神，时致灵应。‘二年秋七月癸丑，诏曰：’有司可修案旧典，祗行六事：圄犴冤枉，随速鞠决……‘”卷43，史臣曰：“魏氏之有天下，百余年中，任刑为治，蹉跌之间，便至夷灭。”
二军事职司
《三国志》卷20《武文世王公传》裴注引《魏氏春秋》载，魏宗室曹上书曰：“且今之州牧、郡守，古之方伯、诸侯，皆跨有千里之土，兼军武之任……”
《三国志》卷2《文帝纪》裴注引《魏略》载诏曰：“今内有公卿以镇京师，外设牧伯以监四方。”《晋书》卷24《职官志》载：“魏文帝黄初三年，始置都督诸州军事，或领刺史。”《通典》卷32《职官十四》载：“晋受魏禅……太康中，都督知军事，刺史理人，各用人也。惠帝末，乃并任，非要州则单为刺史。”卷32《职官十四》载：“魏晋为刺史，任重者为使持节都督，轻者为持节……领兵者武冠。”
上述诸引文说明，自魏晋时期开始，除一些政治、军事地位不太重要的州区设不兼军事职责的刺史外，其余州区的刺史均要持节兼都督（或监、督）主管军事。南朝以后至北朝几乎大多数刺史兼带军职。所以，刺史的军事职责，始终是这个时期其所有职责中最为重要的一项。刺史的军事职责表现在以下三个方面。
（一）参与地方军事防守
作为地方政府最高长官的州刺史，在魏晋南北朝时期，自始至终担任着地方防务的重要职责。如建安初，魏刘馥为扬州刺史，“数年中恩化大行，百姓乐其政……又高为城垒，多积木石，编作草苫数千万枚，益贮鱼膏数千斛，为战守备”。司马朗为兖州刺史，史称其“虽在军旅……”曹魏文帝时，贾逵为豫州刺史，“外修军旅，内治民事”，“明斥候，缮甲兵，为守战之备，贼不敢犯”。明帝时，幽州刺史王雄，并州刺史毕轨，成为防御鲜卑匈奴的主力。末年，“匈奴王刘靖部众强盛，而鲜卑数寇边，乃以（孙）礼为并州刺史，加振武将军，使持节，护匈奴中郎将”，以防边患。
晋以后虽有一个短暂的统一局面，刺史的军事职司（主要是在内地，边州刺史仍带兵防守）暂时归于都督。但自八王内讧、永嘉之乱爆发后，带兵从事防守的职司再次落到了刺史肩上。刺史任重者为持节都督，所驻守之州被称为方镇。原先都督、刺史同驻一城，各行其职的地方治理权责安排，因持节都督与刺史每不和谐，而改为持节都督同时兼领督区所在州之刺史。于是，刺史的防守之责更为凸显。任命州刺史为持节都督出镇一方，成为南北各政权的大事。
（二）直接参与作战
魏晋南北朝时期，是一个战事极度频繁的历史时期。依据历史记载，从公元220年魏文帝曹丕称帝建魏，到公元580年隋文帝杨坚统一建隋，其间经过了361年。在长达361年中，除有75年没有战争记录外，其余286年间，年年有战。这只是从发生战争的时间上去考察。如果从发生战争的次数去考察，在361年中，所发生的战争总次数则达到604次。在这600余次战争中，多数战事都离不开州刺史的参与。而且地方州刺史的主要功绩，多不在其行政方面，而是在战功上。如曹魏雍州刺史郭淮，自魏文帝黄初元年（220年）领州，到嘉平元年（249年）迁都督解州，共30年，几乎参加了所有平定羌、胡叛乱和蜀汉诸葛亮、姜维所发动的对曹魏的进攻战争。魏明帝时期荆州刺史胡质与吴大将朱然的作战，幽州刺史？丘俭率诸军及鲜卑、乌丸屯辽东南界，征讨公孙渊的战争等，说明魏晋以后，州刺史在地方的职责中，军事职责成为最重要的责任。因此，可以说，没有州刺史参与的战争，在魏晋南北朝时期是不多的。
