优质的菌种是实现杏鲍菇高产稳产的基础。实际生产中，菇农需外出购种，但因不善于鉴别菌种质量，引进假冒、劣质菌种，造成生产受损。
（1）母种的鉴别。正常的杏鲍菇母种菌丝浓密、白色，边缘整齐，生长旺盛，气生菌丝数量较多，高温季节生产时常有节孢子分生。转接于PDA改良培养基上，一般25℃温度下，15天左右即可生满斜面。
（2）原种的鉴别。正常的杏鲍菇原种菌丝浓密、洁白，在菌种瓶上端可见到母种的培养基块，菌丝生长均匀，无杂色。如果菌丝稀疏、发灰，并夹杂有红、绿、黄、黑等色斑，则表明菌丝已感染杂菌，不能再使用。
（3）栽培种的鉴别。杏鲍菇的栽培种从外观看菌丝洁白、浓密，无其他颜色，菌丝相互交结密实，菌袋较硬。菌袋若有红、绿、黄、黑、灰等颜色，表明菌种受杂菌侵染。菌袋松软、失水严重或出菇，则表明菌丝已老化，不能再使用。
