科学的发展是无止境的。虽然“三系”杂交水稻目前仍处在方兴未艾的时期，但自从1973年中国科技工作者石明松发现世界上首例光敏雄性不育系水稻材料以来，许多人也在探索利用这种材料发展杂交水稻生产。光敏雄性不育材料比较特殊，将其种植在较长日照环境的地方（日照长度一般大于14h），其雌性表现正常而雄性表现不育，不能自交结实，就像“三系”中的不育系；但若将其种植在较短日照环境条件下，其雌雄性都表现正常，能自交结实。
因而也就不像“三系”中的不育系那样，需要专门培育的保持系保持其繁殖后代的能力。简而言之，这种材料集“不育系”与“保持系”于一身。人们就把它与“恢复系”杂交生产杂交水稻的方法称之为“两系法”。与“三系”法相比，这种方法有其独特的优点。首先，该法比较简单，不需专门培育保持系。种子生产成本就会降低，培育新的杂交水稻品种也会更快。其次，科学研究已证实，光敏雄性不育材料的可育与不育之间的转换性是受细胞核基因控制的，不像“三系”中的不育系，其不育性是受细胞核和细胞质基因共同作用控制的。因而，两系法中的恢复系一般不需要特殊的筛选过程，也就是说，普遍的水稻品种对光敏雄性不育性都有恢复性。这样培育高产杂交水稻品种的机率会更大。此外，科学研究已表明，由于籼稻与粳稻属于不同的亚种，这两个亚种之间的杂交种因亲缘关系较远，会比目前的品种之间的杂交种产生更强大的杂种优势。而两系法比三系法更能直接地用于籼粳亚种之间的杂交种生产。所以开展两系法育种，将可能使杂交水稻产量更上一层楼，从而被“中国杂交水稻之父”袁隆平教授誉之为“超高产育种”。正是由于两系法具有以上潜在的强大生命力，已吸引大批科技工作者对其进行了不懈的刻苦研究。目前，研究者还发现了与光敏雄性不育材料相类似的在一定温度控制下的温敏雄性不育或受光温共同控制的光温敏雄性不育等多种类型的材料。相信这些科技成果的结晶将为人类做出巨大贡献。
