威严有度
帝王没有威严不行。没有威，就谈不上信，这是为官的学问。康熙能正确看待和使用皇帝的威严，使臣子们在宽严相济的环境中生存，为其大清江山效忠，这正是他的过人之处。
虽说康熙平曰待人宽厚仁爱，但对朝廷礼仪大事，却绝对不马虎，这是他的处世原则：宽严得当，二者不可偏废。
康熙严于律己，也绝不以宽治吏，对他的大臣们要求十分严格。作为皇帝，康熙的威严最直接的体现就是在御门听政的时候。
御门是大臣们随意不得的地方，但皇帝要使大臣们真心实意地服从自己，自己也必先行在前面。一坐几个小时，要坐有坐相，要言词得体，裁决得当。
康熙是有这种功夫的，早在儿时，他的祖母就培养了他这一“圣躬端坐”的功夫，更不要说他勤学致治的才干了。如此，由于一种品行的示范和气度的感染与仰慕，加上宏伟的政治理想的感召，就使大臣们必然地处在康熙的严格要求之下了。何况在君主体制下，臣子本来就是君主的奴仆，必尽下臣之道，必行下臣之礼。
在朝令之上，作为一种政治形式与君臣之礼，大臣们必须按部院与地位高低，就位列跪。各部由一尚书捧上放奏章的木匣放在皇帝的案上，然后有本章的一一口头陈奏，在这时，康熙一般只是静听，不发问也不议论。除了异常紧急的事情，他才发问或当场咨询大臣，做出应付局面的决断。但无论有何言动，皇帝都一律是聚精会神的。此时如果有大臣分心，在下面做一点点小动作，是逃不过康熙的眼睛的，康熙肯定也不会给什么面子。
康熙十九年(1680)十月十五日听政时，轮到三法司启奏刑狱事宜，刑部侍郎高珩却没有专心听奏，等到三法司奏事完毕，康熙即向高珩发问，让他说一说刚才三法司说了些什么，高珩无言以对。于是康熙当场就严厉训责高珩，并令记注官记下类似渎职罪状。相比之下，高珩此举所受的责罚还是轻的，如果大臣有启奏事宜不遵制度，或于礼仪不合，康熙也会当堂斥责，乃至于将其人轰出朝会班列。
一般来说，御门听政时大臣启奏事宜大多是口头陈述，但也不是就没有照本启奏的。恰恰相反，重大事情一定是要照着念。如果该照本宣科的重要启奏而大臣却只是信白说说，康熙帝一定又要斥责当事人了。这是因为，封建社会的朝廷政治远不是一个形式问题而是关系到社稷安危、国家存亡的问题，所以康熙本人也尤其认真。
三藩之乱初定之后，地方将领应重新安排，给事中摩罗就此提出建议，让提督王进宝镇守四川宝宁，蔡毓荣应补云南总督等。摩罗无本章准备，只在朝堂上口述陈奏，康熙即严厉地批评说：“你官居给事中，所做是约束大臣，充当朝廷耳目。所有的国家政事，假如有处理不当、计策不周详的，理应写上本章，一条条在朝堂奏明，这样天下人就会都知道，也就自然有公论与公道了。你既然是给事中，却不写本章一一奏明，竟然在朝堂上信口开河。你心里的盘算是否这样：如果是不应该施行的事皇上必不准奏，你就说我只是口奏，如果这事情可行，那皇上就批准了，你就说这是我仅以口奏就获得皇上批准的。你是不是要以此取得虚名呢？如此重大事情，你写上奏本送上再奏。”
这一事例，显示了皇上的威严，同时也说明，威严不是空洞的架势和装腔作势，而是实实在在地以严治吏，该怎么做，决不含糊行事。
一味地威严未必能达到处理政务的最佳效果，所以康熙也会来一点调剂，适当地给一点儿民主，以活跃气氛。譬如在处理奏折时，康熙特别强调众大学士各抒己见，并且让他们明白：学士们作为人臣之责任是应该启奏发表意见。为鼓励大学士大胆进言，在康熙二十年他就说过，古代皇帝诏书下发了，大臣认为不可执行，就能原封不动地退回，这就是先贤的例证了。
以父子之谊对待大臣
在用人问题上，清朝中央机构一般都是满汉复职制，唯有南书房基本都是汉人，有个别满人入值，时间也不长。由此可以看出康熙在对待汉人臣子上的策略。
为网罗一批知识分子，侍奉左右，询问国事，探究学问，以备顾问之选，康熙十六年(1677)十一月十七日，在京设立南书房。地处紫禁城内乾清宫的斜对面，又称南斋，属内廷范围。室宽三楹，是康熙每日读书及活动场所，室内设有御座。清王朝将儒臣在内廷的直庐，即办事处所，称作书房。
入关后的清代宫廷之内，先后有过两个书房，一称上书房，一称南书房。前者是皇子们受师教读之所，后者是皇帝的文学侍从，即内廷翰林的值班办事处。或因南书房位在懋勤殿之南，故称南书房。南书房只是内廷的一个机构，并未列入国家或内府的正式编制，因此人员也无固定的限制。南书房也没有什么成文的职责规定。康熙曾对大学士勒德洪、明珠谈设立南书房的意图时说：
“朕经常看书写字，近臣之中并没有博学之士和善于书法的人，以致讲学论道不能应对。今天想在翰林中选择博学多能善于书法者二员，常侍左右，讲究文义。”
由此可知南书房的主要作用是为皇帝读书治学充当顾问。其具体任务主要有如下四项：
第一，为皇帝讲经说史，或在研究经义时提供咨询。
群臣之间在谈论学问之余，有时也涉及治理国家的大事。康熙曾召见张英到懋勤殿谈学习体会，对他说：临民以主敬为本，昔人有言，一念不敬或贻四海之忧，一日不敬或以致千百年之患。大概诚与敬，是千圣相传之学，不越乎此。”张英回答说：“诚与敬相辅相成，而诚又是敬的根本。
没有私心杂念才能主敬，稍有异念，则失误就会到来。圣言真是说得恰到好处。”
关于用人问题，张英回答康熙说：“才有所长，则必有所短，古人云，人不求备，相当于各取所长之中，又应看大节和小节。”
康熙说：“今人受明朝陈规陋习的影响，积渐日深，情操洁己，难说办到。职守亦多至旷怠，很少忠于事业者。朝廷良法美意，往往施行未久，就给破坏了。朕常想循循善诱，使之改正，以患积重难返。”
张英答：“唯在我皇上事事常用鼓舞之法，用潜移默化之法，就会转变人心及社会风气。”
这就是南书房翰林为皇帝讲解经史、探求治道的一个侧面，主要在学术，兼及现实社会问题，只是坐而论道，不参与具体事务的处理。
第二，为皇帝编纂书籍，清代开国初期的皇帝，都喜好召集文人编纂书籍。
早在入关前，清太宗皇太极就设文馆，命达海翻译经史，编纂国史，清世祖福临入关后，又议修明史，诏求遗书，敕撰《易经通注》、《孝经注》等书。康熙爱书如命，组织编定群书，亲自为之作序，指示大纲，不下百余种。清圣祖常在内廷的蒙养斋设局修书，其与南书房相近，南书房中的某些翰林往往参加编书。当时的起居注官不无感叹地说：“时召儒臣人南书房，凡古人文辞，有关治理者，编纂成帙，充溢几案。从来古文向学之盛，现在才达登峰造极的程度。”
第三，听政之余，陪侍皇上搞文化娱乐活动，如赋诗唱和，书法临摹，古画鉴赏，乃至钓鱼赏花、侍宴伴游，等等。
康熙自称，万几余暇，怡情翰墨。十七八岁读书过劳，至于咯血，还不肯罢休。业余游艺，临摹有名大家手卷多至万余。手写寺庙匾榜，多至千余条。吟诗作赋，是南书房翰林们的经常课题。或是皇帝作品，要侍臣们颂扬唱和；或因政事、节假日，皇帝要他们做诗歌颂太平盛世；或皇帝批阅古人诗赋，与侍臣讲论心得体会。做诗或品评诗赋，是康熙的一大爱好，他个人作品很多。
第四，为皇帝整理、誊抄或代写一些文字资料或撰拟特颂谕旨等。南书房翰林作为内廷文学侍读，主要是在皇帝退朝之后。陪侍皇帝讲读经史，谈古论今，或从事文字翰墨及其他文化娱乐活动。有人说，仁庙(康熙)与诸文士赏花约鱼、剖析经义，和同堂的师友无异。又有人称，南书房的翰林们每天讲经论史，代拟谕旨，咨询庶政，访问民隐，讲求学业，赏花钓鱼。虽为君臣，无异师友。因此皇帝和侍读官员之间，结下了深情厚谊，朝夕相处，情同手足。其中最受宠爱的是张英、高士奇二人。在南书房成立的初期，讲经史，一般是召张英侍值；而研究书画诗文，则由高士奇人值，或召励杜讷；编纂工作主要是陈廷敬、叶方蔼等人。平时能面见康熙的主要是张英、高士奇二人。偶逢观赏或节日朝贺、颁赏时，才有较多的南书房翰林在场，日常一般只有一人或二人随从。
尊重大臣的意见
善于听取他人意见，才能将事业干好。身为皇帝，一意孤行当然是不行的，康熙为了广泛吸取意见，改进施政作风，其对有关机构的设署是很英明的。
康熙向来主张应广泛听取大臣意见，但对于大权，他绝不会有丝毫的放松。为了保证大权独揽，他始终坚持事必躬亲。
议政王大臣会议，是清太祖努尔哈赤所创亲信重臣与宗室贵族共同议政体制的继承和发展。太祖起兵初期，最早参与议政的是五位“理政听讼大臣”，又称“议政五大臣”。那时诸子侄年幼，五大臣身兼将帅，佐命开国，权势颇重。凡军国重务均由其赞决。以后子侄渐长，陆续成为专主一旗或专主若干牛录的贝勒、台吉。于是发展到领兵贝勒和五大臣共议国政的阶段，1615年扩编八旗、1616年天命建元，后金政体进入以四大贝勒(代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极)为主的议政阶段，五大臣也逐渐为八大臣(各旗固山额真)所代替。天命七年三月初三，努尔哈赤提出八和硕贝勒共议国政，是议政体制发展的新阶段。它使八和硕贝勒(即八家)形成一个有机的整体，不仅对国君有一定监督作用，甚至可以废立国君；而对抑压和硕贝勒本身，则有更大的约束力，使得他们无权单独做任何事情，从而有效地防止个人揽权和分裂行为发生。
清太宗皇太极时期，议政王大臣会议权势逐渐下降。主要由于从天聪五年(1631)起陆续设立六部、理藩院、都察院及内三院等政府机构，将原属议政王大臣会议职权代替许多，各部事务“有不能决断者”，才由议政诸王贝勒大臣会同议决。另外，由于皇权逐渐提高，皇太极掌握了宗室贵族议政的任免权，能随时排除异己，增补亲信；有资格参加议政者，亦必经皇帝任命才能与议国政。至崇德二年(1637)四月，贝子也准许“与议国政”，同时“国旗各设议政大臣三员”。并且，事之是否当议，及议奏之后是否准行，也都由皇帝决定。至此，议政王大臣会议有如皇帝属下的一个咨询机构。
顺治初年，睿亲王多尔衮摄政时大权独揽，排斥与削夺诸王权势，因而那时的议政王大臣会议有名无实。
多尔衮去世、顺治帝亲政后，在共同清算多尔衮的斗争中，诸王权势与皇权同时得到恢复和提高，议政王贝勒大臣人数显著增加，议政王贝勒由六名扩充至十三名，其中郑亲王济尔哈朗一家即占四人(本人，二子，一侄)。议政大臣人数也显著增加，仅顺治八年(1651)至十二年任命的议政大臣就多达三十余人。六部满蒙尚书全部列入，蒙古固山额真及大学士、皇帝侍卫，内大臣、王贝勒府长史等，也陆续列入。顺治八至十三年间的议政王大臣会议、权力大，管事宽，有时竟否定皇帝旨意。谈迁在其所著《北游录》中，称之为“国议”，说：“清朝大事，请王大臣佥议既定，虽至尊无论如何”；“六部事，俱议政王口定”；议政王大臣会议权势，达到顶峰。顺治十二年五月，济尔哈朗病逝。在此前后，有十余名议政王贝勒贝子等病逝、阵亡，或被处死、解职，议政宗亲贵族显著减少。
顺治帝又于顺治十三年九月二十八日，解除大学士议政之权。议政大权逐渐转移到上三旗议政大臣手中。
康熙初年辅政时期，辅政大臣位居诸王贝勒之上，并决定其爵位的升迁及继承，所以诸王贝勒皆唯命是从，甚至有人谄事鳌拜。辅臣还陆续裁减议政大臣。康熙元年(1662)正月，将“国旗所设议政大臣二员”裁去。
后又因议政时，有些蒙古都统“不肯附和”，鳌拜“即裁制蒙古都统，不使会议”。
康熙帝亲政后，鉴于议政王大臣会议曾被鳌拜把持，会议内容任意外传。乃于擒拿鳌拜之后，康熙七年正月，将鳌拜孙婿杜兰革去贝勒，降为辅国公，解宗人府左宗正并议政。废除辅臣体制后，又立即加以整顿，于康熙八年八月规定：“其诸王贝勒之长史、闲散议政大臣，俱著停其议政。以后凡会议时，诸王、大臣，务须缜密，勿致泄漏。”此后又逐步的裁减议政王贝勒。
康熙十一年十二月初四和十一日，先后批准和硕裕亲王福全及和硕庄亲王博果铎、多罗惠郡王博翁果诺、多罗温郡王孟峨，“疏辞议政”，解除他们议政之权。其他议政王贝勒以为皇帝欲全部取消议政，于是纷纷“疏辞议政”。康熙拟逐步地进行，故未允所请。
因翌年冬“三藩”叛乱，陆续命诸王、贝勒率师出征，议政人少，又命和硕裕亲王福全及和硕庄亲王博果铎再次参与议政。
战争虽对削减议政王贝勒权势的进程有所延缓，但并未使之中止。因诸王贝勒率军出征，不比平日家居，更易于将缺点错误暴露无遗。在平定“三藩”过程中，先后派出八名亲王、郡王、贝勒担任大将军。
康熙认为，其中只有极个别人“尽心王事，已著劳绩”，而大多数表现不好，虽经一再警告，仍无显著改进，于是，令议政王大臣等举太祖、太宗军法，陆续“严行议罪”。
自康熙十六年二月，至康熙二十一年十二月十日，八名出征王、贝勒中，五名被削爵、罢议政、解宗人府职。
此后，于康熙二十年八月，因并未著有勋劳，皇帝明令，“罢和硕庄亲王博果铎议政”。康熙二十四年五月，安亲王岳乐因隐瞒一外蒙古喇嘛，经宗人府等衙门议奏，被革去议政及掌宗人府事，并罚俸三年。康熙二十九年十一月，因在乌兰布通之战失误，将担任大将军的裕亲王福全及恭亲王常宁罢议政。这时，原有议政宗室王贝勒只剩康亲王杰书一人。杰书于康熙三十六年死后，康熙朝议政机构已无王贝勒，所以《清圣祖实录》只称议政大臣会议。议政大臣人数，根据需要，时有增减。大体限制在六部及理藩院满尚书，都察院满左都御史、领侍卫内大臣及八旗满洲都统范围之内，个别有时破例，从前锋统领、护军统领及六部满侍郎中选人参加。
总之，其原有联旗合议的残余已被清除，成了掌握于皇帝手中的一种普通议政机构。
其议政程序，一般均由皇帝决定该议之事，由满大学士于议政大臣会议传达谕旨，令其议奏。议覆返回后，大学士于皇帝御乾清门听政时，面奏请旨，由皇帝最后裁决。
对于会推八旗官员，特别注意防止诸王借机安插自己的亲信，康熙二十年八月初八日听政时，大学士以议政王等会推正蓝旗蒙古副都统员缺请旨：正拟前锋参领雅海，陪拟扩军参领孙塔哈。康熙问此二人及现任该旗官员均系何王属下。当得知现任该旗满洲正副都统及本次正副都统及均为安亲王岳乐属下时，便以“安亲王所属甚多”为由，果断地指定信郡王鄂扎属下陪拟之孙塔哈，为该旗蒙古副都统。有时议政王所拟正、陪均不用。
同年九月二十九日，大学士以议政王会推镶白旗副统员缺请旨，以护军参领蔡喀纳拟正，长史希福拟陪，康熙另提该旗的达克萨哈，问大学士如何？经讨论，尽管认为此人俸次尚浅，但皇帝以其“才具堪用”，所以还是授为副都统。
有一次，康熙认为议政王大臣会推的杭州将军员缺，正、陪均不满意，另提两人让“另拟具奏”。议政王大臣等只好按皇帝意图将此二人拟为正、陪。
康熙时的议政王大臣会议，唯皇帝旨意是从，其地位与部、院等衙门相当，类似咨询机构。
实行御门听政制度
御门听政，是一种特殊时期的举措，但也不失康熙驾驭臣子的一种最有效的做法。票理制度的建立，使年轻的康熙能完全放开地贯彻自己的政策来处理国家事务，再辅以內阁制的配合，皇权意志由此控制中国。
康熙帝登基之初，便亲见大臣专权之祸，故其深知当有一良好的约束机制以确保朝臣不能擅权，确保皇帝的权威地位。因此，即位后他很是注重加强制度建设稳固君权。
康熙确立、完善并严格了朝会制度——御门听政制度。此外与御门听政制度相互补充的还有一个内阁和票理制度。
年轻的康熙是英明的，一亲政就实行御门听政，这还只是一般了解国事和处理政务的形式。而处理政务，除了朝会的众多大臣，皇帝还要有更为精干的咨询机构，这就是康熙亲政后之所以要建立内阁制的原因。
康熙内阁制，其实在清朝皇太极时就有了。它的一般情景是：内阁大学士们都按时到皇帝内廷值班，阅读奏章，帮助皇帝决策。这里有十分重要的两点是，进入内阁的大学士们有票拟权与人值资格，也就是能进入皇帝的内廷与皇帝对话，直接参与皇帝的决策活动。只是皇太极时并不叫内阁，而叫内三院罢了。但顺治、康熙这两朝之初，一度取消了内阁制。这是因为，无论顺治，还是康熙都是小儿做皇帝，一个六岁，一个八岁，所以，权臣如多尔衮、鳌拜以辅臣之名，行君王之实，同时连内阁的权力也一并剥夺了。
顺治十八年(1661)，顺治帝逝世，辅政大臣为代行皇帝与内阁大学士的双重权力，还以顺治的名义对部院进行调整，并示谕旨称：“世祖章皇帝遗诏云：纪纲法度，用人行政，不能仰法太祖、太宗谟烈，惭习汉俗，于淳朴旧制有更张。朕竭于一切政务，思欲率遵旧制，设内秘书院、内国史院、内弘文院，其内阁、翰林院名色俱停罢。内三院应设满汉大学士、学士等官。”
在顺治逝世之初的一段时间内，这样做自有其必要性，但到后来实际上就成了权臣驾驭皇帝、操纵朝政的依据了。如鳌拜把大臣奏折带回家批阅，就可以加进许多私见，又在朝廷上当着康熙的面呵斥大臣，都是其弊病所在。而辅政大臣的内三院实际上也不是皇太极时的内三院了。面对这么多的干预势力，必须收拢皇权，康熙帝意识到了这一点。
康熙亲政后首先要做的就是改弊病，好好地实行御门听政。到了康熙九年(1670)，鳌拜已被剪除，大臣们奏之请更改辅政大臣所设的内三院之弊，真正恢复太宗旧制，康熙立即采纳。到八月改内三院为内阁，十二月又重新设翰林院。体制健全，皇帝进取，如此国家何愁没有希望！
票拟即拟票、票签的统称，则是康熙处理政务、贯彻自己意志的一种极其有效的手段。这种手段实际上来自明代，其做法是：御门听政时，大臣们把奏折本章送上来，散朝之后皇帝把有关奏章发给有关大学士斟酌处理意见，并把这意见写在一张小票上，作为供康熙参考的初步意见，在御门处理奏折时还要向康熙一一陈述。当然，陈述时，皇上对大学士们的处理意见有时还要做必要的质询，以推敲处理意见的稳妥与否。如此，一而再，或多次，或完全否定大学士票拟，推倒重来，都是经常的事，但这种否定不是否定大学士，而是处理政务的实际需要。直到康熙认定切实可行了，再用朱笔批复下发，交相关大臣去执行。所以，作为皇帝行政的一般形式和手段，御门听政只是康熙了解国情的窗口，而其风采也为天下人所称道。大学士们的票拟常常就是按照康熙的旨意写的。
例如，在平定三藩之乱后，八旗汉军买蒙古和满族家奴的情况一时甚多，为了这事情，康熙先是下旨不必禁止，大学士也就签不必禁止。
后来康熙又在御门说，如果全让汉军招买，不但价格立刻哄抬起来，满人想买也买不成了，于是令大学士们改票签为禁止，大学士也立即马上禁止。又如，在收复台湾之后。康熙欲削弱姚启圣的势力与影响，就令大学士们票拟姚氏诸多不是，如妄奏开垦广东荒地；施琅进军台湾，其为后勤军，接济不力，所造之成船多不堪用，等等。皇上有旨，大学士们自足不敢违命，于是纷纷打听姚启圣的毛病。当然，大学士们票签错误也时有发生。康熙二十一年五月初七，御门商讨补刑部侍郎缺时，大学士票拟的竟是已故的某人转左侍郎，自然这是难逃康熙眼睛的。
票拟的种类也很多，因人因事而异。如褒奖票拟、留任票拟、诘责票拟、申饰票拟、票拟严旨、票拟温旨、查例票签，等等。
削减权力
身为一国之主，遇事不仅要深思熟虑，也要有当机立断的胆略，只有这样，才能令行禁止、树立绝对的权威。削除三藩，便显出了康熙血气方刚、坚定果决的霸王气概。
成大事者，必善登高而望远，处事力求果断。如果犹犹豫豫，当断不断，必要贻误大事。面对“三藩”的肆意妄为、再三挑衅，康熙帝再也难以把持其年轻血性，立即派人分赴“三藩”，“经理各藩撤兵起行事宜”。
在正式撤藩之前，康熙帝已开始采取积极措施，逐步削减“三藩”权势，限制其不法行为。其主要措施是：
第一，收缴大将军印。按清制规定，大将军权势颇重，本系临时性差遣，事毕即解除职务，将印缴回。可是吴三桂驻镇云南已数载，竟拒而不缴。康熙二年，清廷遣内大臣对住于京师的吴三桂之子额驸吴应熊说：
“他日永历在缅，边防多故，故子若父将印，重事权也。今天下大定矣，据之不还何为者？”应熊将朝廷之意转达其父，吴三桂不得已，具疏上缴大将军印，但内心“怏怏不怿”。缴了大将军印，完成了第一项。
第二，裁兵裕饷。早在顺治十七年(1660)，即有人建议裁减云南绿营兵五分之二，以节约兵饷。吴三桂却借口边疆未定，兵力难减，于是“倡缅甸水西备役以自固”；康熙四年，下臣中有人以备役先后结束为依据，“奏裁云南省绿旗兵五千有奇”。康熙六年，左都御史王熙又奏裁饷，令平西王与督抚提镇酌筹裁汰，“省额饷百余万”。裁军裁饷是又一大举措。
第三，严禁欺行霸市，与民争利。康熙四年即因尚可喜所属藩兵丁扰民一事，密谕尚可喜：“严加约束”、“更改往辙”。康熙六年（1667)，下臣中有人又疏请“敕部详议王公将军督抚提镇大小官员，有持己资与民争利及奸商借藩下势横行者，严加治罪”。康熙帝有旨下部，“申严禁例”。
第四，解除藩王总管云南贵州两省事务职任。康熙六年五月，吴三桂以目疾请辞云贵两省事务。朝廷立即批准，决定“将该藩所管各项事务，照各省例，责令该督抚管理”。其大小文官，亦照各省例，由吏部题授。
同年九月，在吴三桂的授意下，其同党、云贵总督卞三元及云南提督张国柱、贵州提督李本深共疏乞留，仍坚持让吴三桂主掌云、贵两省大权并以“目前边疆叵测可虑”，威胁朝廷“收回成命”。
十七岁的康熙征询朝臣意见后，态度非常坚决，绵里藏针地降旨答复：“该藩以精力日为消减奏请，故照所请允行。今地方已平，若令王复理事务，恐其过劳，以致精力大损。如边疆地方遇有军机，王自应料理。”
并采取果断措施，规定藩王下属人员不得任督抚。
翌年冬，卞三元见吴三桂与朝廷矛盾日益尖锐，欲求脱身之计，遂托言母病乞休，朝廷准其离任“回旗养母”，另派汉军正蓝旗人甘文焜任云贵总督。甘文焜驻贵阳，精练标下官兵，察访山川形势，试图牵制并逐步取代吴三桂。
撤藩的实行，起自平南王尚可喜疏请告老还乡。尚可喜早在顺治十年即因“四境渐安，痰疾时发，疏请解兵，回京调养”。两年后，再次疏请“以山东，兖州故明鲁王虚恳地亩，拨给耕作，或于辽东旧地筑居安插”。
考虑到当时粤东尚未宁谧，“难以独议迁移”，顺治帝未允所请，但答应候承平之后“一并另议”。康熙十二年二月，尚可喜已年届七十，再次具疏，要求带两年领官兵作为护随，并藩下闲丁孤老计男妇两万四千余口，归老辽东：同时，请令其子尚之信袭封王爵，带官兵家口继续镇守广东。
显然，时过境迁，情况已与顺治年间不同。尚藩因驻守广东年久，称霸一方，垄断地方财源，利益攸关，不愿全藩撤离。对此。刚届二十岁的康熙帝自然心明如镜。
康熙见撤藩时机已到，便于三月十二日降旨，肯定尚可喜“欲归辽东，情词恳切，具见恭谨，很知大体”，同时以“广东已经商定”为由，提出是否撤退全部“王下官兵家口”，即全藩撤离问题，令议政王大臣等会同户、兵二部“确议具奏”，议政王大臣等体会皇帝意图，认为应该0司意平南王尚可喜的奏请，准其复归辽东，“但该王之子尚之信仍带领官兵居住粤东，则是父子分离，而藩下官兵父子兄弟宗族亦至分离。今粤省已经商定，既议迁移，似应将该藩家属兵丁均行议迁”。
尚藩所属左有两营绿旗官兵，“应仍留广州府，令广东提督管辖”。
准尚可喜全藩撤离的诏书，由钦差专程于五月初三日送到广州。尚可喜态度比较恭顺，“拜命之后，即缮书称谢，随陆续题报起程日期，家口马匹数目”。
尚可喜的撤离，对吴、耿二藩震动很大。闻讯之后，他们分别于七月三日、九日将撤藩申请送往北京，意在试探朝廷态度，解除朝廷对他们的怀疑，吴三桂上疏前曾与谋士刘玄初发生争论。玄初劝阻说：“上久思调王，特难启口，王疏朝上而夕调矣。”吴三桂不听，扬言：“予疏即上，上必不敢调予，具疏所以释其疑也。”然而事情的发展出乎吴三桂所料，康熙帝于七月初接到奏疏后，即降谕称赞二王“请撤安插，恭谨可嘉”，并以云南、福建“已经商定”，同意将两藩撤离，令议政王大臣会议。
经会议议政王、大臣等对迁移耿藩意见一致，认为“福建今已商定，地方有防守官兵，靖南王既请自福建迁移，应将王本身并标下十五佐领官兵家口均行迁移”。但在是否迁移吴三桂的问题上，议政王和大臣们却产生了分歧。刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰、兵部尚书明珠及苏拜、塞克德等人，同意将吴三桂本身并所属官兵家口均行迁移，在山海关外酌量安插。为保持云南的防御力量，建议暂遣满洲官兵戍滇，“俟戍守官兵到日，该藩起程”。大学士索额图等则认为，“吴三桂镇守云南以来，地方平定，总无敌萌。今若将王迁移，不得不遣兵镇守。兵之往返，与王之迁移，沿途地方民驿苦累，且戍守之兵，系暂居住，骚扰地方，亦未可定。
应仍令吴三桂镇守云南”。
面对纷纷众议，康熙斟酌再三，仍坚持三藩并撤，降旨：“吴三桂请撤安插，所奏情词恳切，著王率领所属官兵家口，俱行搬移前来。”反对吴三桂撤藩。或同意撤而又主张派满兵驻防者，主要是防备他造反。年轻的康熙对此已有所考虑，他认为“撤亦反，不撤亦反，不若先发”，准撤全藩和三藩并撤，表明康熙决心坚定，处事果断。
康熙于十二年八月，分别派遣礼部左侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼去云南，产部尚书梁清标赴广东，吏部右侍郎陈一炳往福建，会同总督、巡抚、提督，“经理各藩撤兵起行事宜”。康熙深知云南之行多有风险，于折尔肯、傅达礼启程之日，特遣侍卫各赐御用佩刀一口、良马二匹，以示关怀，并壮其势。
康熙十一年下半年，吴三桂乘云贵总督甘文焜回京葬母之机，将督标官兵从贵阳调往云南，并“以利啖之，冀为己用”。现在，见永远称霸云南的幻想即将破灭，便决心以武力反抗朝廷。
折尔肯、傅达礼于康熙十二年九月到达云南。一开始，吴表面恭顺，答应十一月二十四日启程，背后却加紧谋反进程，“阴与左都统吴应麟、右都统吴国贵、副都统高得捷、婿夏相国、吴国柱谋乱，部署腹心扼关隘，人者听，出者有禁”。
十一月二十一日，吴三桂集合藩下官兵，当场杀害拒绝从叛的云南巡抚朱国治等，扣留朝廷使臣折尔肯、傅达礼，自称天下都招讨兵马大元帅，蓄发易衣冠，帜色用白，以明年为周王元年，标榜光复明室，起兵反清。
在《反清檄文》中，吴三桂宣称：“……本镇独居关外，矢尽兵穷，泪干有血，心痛无声。……兹彼夷君无道，奸邪高张，道义之儒，悉处下僚，斗筲之辈，咸居显职，君昏臣暗，吏酷官贪。……本镇仰观俯察，正当伐暴救民，顺天应人之日也。爰率文武臣工，共襄力义举，卜取甲寅年康熙十三年正月元旦寅刻，推奉三太子，郊祭天地，恭登大宝，建元周启，檄示布闻，告庙兴师，克期并发”。在《讨吴檄文》中，大清朝廷则对此揭露说：“王籍言兴复明室，则曩者大兵人关，奚下闻王请立明裔？
且天下大定，尤为我计除后患，剪灭明宗。安在其为故主效忠哉？……为人臣仆，迭事两国，而未尝全忠于一主，可谓义乎？”这一段文字之于吴三桂，可说是入木三分，切中要害的一击：你既以恢复明朝宗室为借口，过去大兵人关，为什么听不到你请立明朝后裔为天子的奏请？而且更有甚者，天下大定之后。你还为除掉后患、杀死明朝后代献计献策。难道是为故主效忠之举吗？再者，作为人臣，连续为两个王朝效力，结果是两个王朝都背叛，这能说得上是有道义吗？吴三桂出尔反尔的丑行为天下所不齿。因此，尽管他在檄文中为“道义之儒”大鸣不平，而道义之儒却无人响应。及至吴兵进湖南、下衡阳，几次派人往请著名思想家王夫之。王虽然坚决反清，亦曾在南明永历政权任过职，但他却坚决不与吴三桂合作，最后为此逃往山中躲避。
吴三桂的反叛还是得到了响应，他仗恃军事实力，于起兵前后致书平南、靖南二藩，台湾郑经及贵州、四川、湖广、陕西等地“官吏旧相识者，要约党附发兵”。于是，明朝降清之武将，构成了这次叛乱的主力。
据统计，参与叛乱的总督、巡抚、提督、总兵等地方大员共二十六名，其中明朝降清武将即达二十名。此外吴三桂煽惑征集云、贵土司苗彝各族兵数万。吴军主力东侵黔湘，很快集结十四万兵力；侧翼北攻川陕，亦不下数万人。这对大清朝廷也算是思虑不周所致的教训。
撤藩的真实用意
纵观康熙的整个政治生涯，此次平叛和撤藩对加强国家统一，促进经济发展都大有裨益。对康熙的人生体验来说，的确是一笔精神财富。驾驭臣子，君主只放权，不收权当然不行。
“千里之堤，溃于蚁穴”，故掌揽朝政，定要深谋远虑，除祸患于未然，斩逆端于萌芽，切不能优柔寡断，而对于已然出现之问题，更须彻底解决，免成燎原之势。康熙对任何威胁其政权之人，从不姑息，而是坚决根除。
经过一段马拉松长跑式的征战平叛，撤藩的条件已基本成熟，但这毕竟是一次伤筋动骨的大手术，康熙“慎重图维，详细商榷而后定”，终使这一项大的政治改革顺利完成。
撤藩，为巩固清朝统治之需，势在必行，但年轻的康熙一纸通令，三藩并撤，未免过于简单。这场旷日持久的大规模战争，使他受到锻炼，趋于成熟。他总结自己战争前后的变化是：“前者，凡事视之以为易；自逆贼变乱之后，觉事多难处。”因此，他在战后撒藩中采取了区别对待、分期分批的办法。稳步进行。
康熙十九年(1680)三月，四川、湖广、广西已平定，即将进兵云贵时，康熙暗中着手处置尚、耿二藩问题。
尚可喜的儿子尚之信归顺朝廷后，康熙帝原指望他能出兵湖南，协助满洲大兵剿灭吴三桂，然而他却心怀二意，不肯出力。据乎南王下护卫张永祥、张士选赴京告发，尚之信降贼归正后“仍怀两端”，有擅杀无辜、“毁讪乘舆”诸罪状。广西巡抚傅宏烈也上疏弹劾，说尚之信归正后卖官虐民，抄家充饷，重敛横征，及不服调遣等罪，因而建议“削之信藩封，遣散所属”，“庶两广得以久安”。
考虑到尚可喜及其他诸子一贯忠于朝廷，仅以尚之信上述罪状，还不足以作为撤藩的依据，康熙乃于三月初六命刑部侍郎宜昌阿、郎中宋俄托等，以巡视海疆为名赴广东，会同平南将军赖塔秘密处理此事。藩下都统王国栋领会意图，伪造尚之信之母舒氏、胡氏的《告变疏》。尚之信其弟尚之节一怒之下杀死王国栋，尚藩八千藩兵亦于五月十三日夜从广西遁归。将军赖塔以此为口实，立即率满兵擒拿尚之节等人，经审讯，“悉得其状”。为了安抚尚藩军心，稳定局势，康熙于八月十三日以假言相欺，宣布：令尚之信来京是为了核实情况，并非欲治以法；不欲解散藩兵，尚之信来京期间，藩兵暂属尚之孝；令诸官兵常念国恩，释去疑虑，各保身家妻子。
及至半月之后，即八月二十八日，准备就绪，才对尚之信及有关人员作出处理。即：尚之信不恩不孝，法应当斩，但因曾授亲王，从宽。赐其自缢；逆党尚之节、李天植等按律正法。但对一向忠于清廷的尚可喜，则不因其子反叛而受株连。康熙以其“航海归诚”，“不肯从逆”，而对其妻舒氏、胡氏从宽免死，并免于没收财产。对尚之孝、尚之璋、尚之隆等也从宽，免革职枷责。
由于掌握时机，注意策略，区别对待，因而未大动干戈就顺利解决了尚之信。康熙称赞经理此事的侍郎宜昌阿、将军赖塔等“所行事宜，俱各得当”。
接着，康熙又着手撤消尚藩建制。于闰八月十二日决定：“将尚之信标下十五佐领官兵分人上三旗，令驻广东，另设将军、副都统管辖”，其三总兵标下兵丁，裁一留二，亦“令新设将军管辖”。然后，又批准和硕额驸尚之隆、随内大臣班尚之孝的请求，令其前往广东，搬取尚可喜骨骸及家门，迁往海州。
在这一过程中，康熙一再表彰坚守臣节之美德，以使其诸子忠于朝廷，顺从地接受撤藩安置。此后，又将尚之孝、尚之隆等家下所有壮丁分为五佐领，隶汉军镶黄旗下。
康熙对耿精忠(耿继茂)的处理更为谨慎。早在康熙十六年十一月，藩下参领徐鸿弼等即遣人赴部，首告耿精忠归顺之后仍蓄谋反叛，列罪状五款。康熙留疏不发，策划调虎离山之计，康熙十九年五月初六谕令康亲王杰书设法劝耿精忠自动要求赴京，但“不可轻举”。杰书遵旨开导，耿精忠于四月上疏自请陛见。康熙立即准其来京，并借机削夺其兵权，授耿藩所属都统马九玉为福建将军，统福州府靖南藩下官兵。
同年八月，耿精忠至京后，康熙将以往有关耿精忠罪状的留疏交法司现问，但并未按部议立即黜爵磔死。康熙二十年九月，平叛战争接近最后胜利时，康熙将耿氏家口编为五佐领，连同耿精忠之弟耿昭忠、耿聚忠，一并归人汉军正黄旗下。直到次年正月，方可以逆党之罪将耿精忠磔死。
通过以上步骤，撤藩基本完成。康熙为消除隐患，于平定云南之后，令将分布在福建、浙江、广东等地的耿精忠、尚之信属下旗员撤回京师，重新安置。一般均革职人旗，以原品随旗上朝，世职不准承袭；遇到旗下有缺时，其中个别“堪用之人”“酌量补用”；马九玉在耿精忠反叛时曾哭劝再三，归正后又对清廷尽忠效力，故“以原官解任来京”，这充分表明康熙此时仍坚持区别对待的原则。
打击朋党不手软
废除不准风闻言事的禁令，即有大臣弹劾明珠，使得康熙了解明珠觉羽的內幕，因而及时地进行了清理，从而保证了朝政的清明。这种御臣之道，也是形势的需要。
清除鳌拜集团之后，为了扭转四辅政大臣时期的错误政策，一个时期之内，康熙致力于各种社会矛盾的缓和与统治阶级集团内部的团结。但是，为时不久，康熙就发现，臣下结党营私，另立中心又有抬头之势。为了防止皇权旁落，再度出现鳌拜一类人物，平定三藩之后不久，康熙又进行了打击党争的活动。通过这些活动，康熙时期，皇权进一步加强，清朝统治也进一步得到了巩固。
鳌拜专权时期，康熙曾深受其苦。亲掌政权之后，诏开经筵日讲，康熙颇为系统地学习了儒家经典和各种历史著作，认识进一步提高。在他看来，大臣结党乱政直接影响着国家的治乱安危，因而，早在三藩叛乱期间，他多次向臣下极论朋党之害，并反复告诫臣下不得欺罔君上，另立中心，结党营私。
康熙十六年(1677)七月，他说：人臣服官，“如或分立门户，私植党羽，始而蠹国害政，终必祸及身家。历观前代，莫不皆然。在结纳植党者，形迹诡秘，人亦难于指摘。然背公营私，人必知之。凡论人议事间，必以异同为是非，爱憎为毁誉”，“百尔臣工，理宜痛戒”。但是，事情的发展并不以康熙的个人意志为转移。就在康熙反复告诫臣下不得结党营私之际，在他身边，以明珠和索额图为首的两支朋党势力已经开始形成。康熙十八年七月，北京发生地震，康熙下诏求言。这时，左都御史魏象枢即向康熙揭露明珠、索额图二人“植党市权，排斥忠良”。
当时平定三藩之役正在进行，兼之以明珠、索额图二人植党乱政，康熙尚不十分了解，因而，康熙只是下诏自我修省，并且在修省诏书中略提大臣朋比徇私之事。虽然如此，二人并不悔悟，而是变本加厉，我行我素。这样，康熙不得不进行惩治朋党的斗争。
明珠系满洲正黄旗人，康熙五年授弘文院学士。在吴三桂疏请撤藩时，明珠与户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数大臣主撤，因而获得康熙的信任。
康熙十四年调任吏部尚书，两年后，授武英殿大学士，累加太子太师，位高权重。三藩平定后，康熙告谕廷臣认为以前撤藩，唯明珠等能称职，因则对他眷顾异常。利用康熙的信任，明珠大权独揽，因而招权纳贿，结党营私。大学士勒德洪、余国柱，尚书佛伦、葛思泰，侍郎傅腊塔、席珠，以及李之芳、科尔坤、熊一潇之辈，皆为其死党。凡会议会推，佛伦把持，余国柱为之附会，阁中票拟系为明珠暗中操纵，轻重任意。其他阁臣亦皆承其风旨，极力推荐自己的意中人，如亲朋、同乡、门生等，他们互相包庇，徇私舞弊。
在地方督抚中，他们也极力培植自己的党羽。山西巡抚穆尔赛，贪酷异常，秽迹显著，康熙曾向九卿询问其居官情况，大学士勒德洪竟不据实陈奏，企图包庇。康熙弄明情况后极为生气，将勒德洪降二级，穆尔赛拟绞。打击其羽翼，给明珠敲了一次警钟。
索额图系索尼之子，原是康熙一等侍卫。康熙八年时，参与密谋收捕鳌拜，立下功勋，因而获得康熙的重用，次年即为保和殿大学士。但他赋性贪黩，并为此广植党羽。朝中士大夫非暗自结托，难以升迁。凡会试榜出，索额图即择其有名者，令谕意拜门下，若不拜其门下，则加以贬抑。
与其党羽额库礼、江潢等暗中讨论国事，随意指斥。对于异己则不分青红皂白，任意贬斥。翰林院侍读学士顾八代随莽依图规复广西，屡立战功，康熙十八年京察，掌院学士拉萨哩、叶方蔼以顾八代随征以来，能称厥职，以“政勤才长”注考。但大学士索额图以顾八代不是其党羽，竟随葸改注“浮躁”。莽依图对此极端不满，并亲自上书为顾八代辩护请功。
和索额图相比，明珠表面上为人谦和，轻财好施，招徕新进。但在骨子里和索额图并无二致。对于不附于己者则设置阴谋，加以陷害。索额图与皇太子允扔关系一直十分密切，明珠对此十分忌妒，朝臣中凡依附皇太子的，明珠全部暗中予以排斥。勇略将军赵良栋以平滇之功居第一，明珠也暗中施展手腕，使其不得叙升。为此，赵良栋曾见康熙，极言明珠等阴谋倾害，康熙不明就里，反说赵良栋器量狭小，宠幸明珠如故。明珠见皇帝宠幸，就更加肆无忌惮，他的党羽亦兴风作浪。余国柱为户部尚书时，汤斌继余国柱为江苏巡抚，江南蠲租，余国柱以部费为名，索金四十万，汤斌坚决抵制，余国柱遂诋毁汤斌。恰好，明珠有一仆人，颇得明珠宠幸，凡到各监司，都郊迎，受到极高的礼遇。而到达苏州后，汤斌却遇之不礼，只不过派门卒具酒肉以款待他。明珠获知后颇为恼火，但考虑汤斌为外官，他无法加害，恰好太子出阁读书，于是，明珠推荐汤斌回朝任礼部尚书，并辅导太子读书。
康熙二十六年五月，天久不下雨，出现大旱，灵台郎董汉臣上书指斥时政，言辞直指明珠。这时，明珠一党欲以当时不许科道官风闻言事的规定处死董汉臣。至此，汤斌却独持正议。他说：“汉臣应诏言事无死法。
大臣不言，而小臣言之，吾辈为自省。”康熙觉得汤斌言之成理，遂赦免了董汉臣的罪责。明珠、余国柱对汤斌更为痛恨，为了陷害汤斌，他们费尽心机，摘录汤斌在苏州为巡抚时文告中的一语“爱民有心，救民无术”，上奏康熙，认为这是有意讥讽诽谤。汤斌被传旨诘问，汤斌一片忠心，唯有自陈资性愚昧，乞赐重处。而后，明珠等人又唆人上疏，弹劾汤斌荐人不当。同时，他们还放出言论，说康熙要将汤斌没人旗籍，引起在京江南士人的一致愤怒。由于他们的诬陷，使得康熙对汤斌的印象十分不好，康熙说：“朕待汤斌不薄，而怨讪不休，何也？”在他们的折磨下，康熙二十六年十月，汤斌病故了。明珠等人弹冠相庆，因为除去了他们的一个眼中钉。
对于明珠、索额图植党营私，康熙亦有所闻，但并未抓住什么把柄，因为不准风闻言事的禁令未解，大臣多不敢轻举妄奏。原来，从顺治朝开始，有感于明末科道官及朝臣风闻言事，借机参与党争，危害朝政，遂认为风闻言事，无异于党同伐异，假公济私，于是，严令禁止。
康熙初年，康熙本着“从来与民休息，道在不扰，与其多一事，不如省一事”的原则，遂多次重申不准风闻言事的禁令。康熙十八年八月，又增订风闻言事之处罚条例，更使得科道官噤若寒蝉。但随着明珠、索额图结党日益严重，而朝臣又慑于禁令不敢弹劾，康熙渐渐感觉到有废除禁令的必要。
康熙二十六年天久旱不雨，禾苗十枯，康熙命日讲起注官德勒格打卦问卜，得“诀封”。德勒格即于解释卦辞时，尽揭索额图、明珠植党营私之事，从而引起了康熙的高度警惕。不久，索额图家人又叩阍告变，康熙立即派人搜查索额图党羽江潢居处，搜得索额图写给江潢的秘密书信很多封，至此，索额图结党情况全部暴露。
康熙下令，将索额图革职。在此同时，康熙亦密切加以注意，不久，康熙率朝臣谒陵，于成龙随驾，途中，于成龙将明珠、余国柱结党营私、朋比为奸之事全都禀报康熙。不久，康熙又将于成龙的话询问高士奇。高士奇曾经是由明珠推荐人内廷供奉，时正为詹事府录事，明珠于高士奇有恩，但高士奇亦详细陈述了明珠结党之事，康熙听后颇觉奇怪，问道：
“为什么没有人上疏弹劾呢？”
高士奇回答：“人孰不畏死！”
所有这些，都使得康熙深感禁止朝臣风闻言事十分不妥，他终于认识到“广开言路。为图治第一要务”。
当年十一月二十日，康熙经过慎重考虑，在乾清门正式向大学士宣布，重新恢复“风闻纠弹之例”。康熙觉得，凡参劾贪官，“其受贿作弊处，因身未目睹，无所对据，恐言事不实，不行参劾者甚多。中间有弹章，亦止的风闻参劾耳，而风闻参劾又有禁止风闻弹劾之令，故束缚了朝臣的手足，难以惩治贪官，惩治朋党，现在废除禁令，再行此例，贪官似有畏惧”。若有挟仇参劾者，一旦审明，“自有反坐之例”。禁令一废，言路顿开。
年底，山西道御史陈紫芝闻风而动，上疏参奏上任方一年的湖广巡抚张沂贪污行贿受贿案，矛头所向，直指其后台大学士明珠。与之同时，科道官又提出河务问题，也牵涉到明珠。康熙二十七年二月，又有御史郭璘直接参劾明珠、余国柱结党营私八大罪，从而把揭露明珠结党营私的活动推向了高潮。
郭琇在书中谈道：“为特纠大臣背公结党，纳贿营私，仰请乾断，立赐严谴，以清政本事。”然后逐一开列明珠、余国柱结党营私之罪。其主要者计有：
罪状之一，凡阁中票拟，俱为明珠指挥，轻重任意。余国柱承其风旨，即有错，同官莫敢驳正。
对待皇帝的诘责，亦漫无省改。即如御史陈紫芝奏劾湖广巡抚张沂奏内，并请议处保举之人。张绣就是明珠保荐。康熙曾面谕九卿，应一体加以议处。票拟竟不及明珠，这是明珠暗中操纵所为。
罪状之二，假托圣旨，市恩立威。凡是明珠奉行之皇帝意旨，若称颂贤能，则向大臣说：“由我力荐。”若指斥不善，则又云：“上意不喜，或当从容挽救。”任意添油加醋，借皇帝谕旨卖人情，以笼络朝臣，借机挟取货贿，拉帮结派。
罪状之三，明珠结连党羽，满臣则有尚书佛伦、葛思泰，及其族侄傅腊塔、席珠等；汉臣之总揽者，为余国柱，结为死党，寄以腹心。余国柱在当时刻意迎合明珠，干了许多非法之事，当时大臣称之为“余秦桧”。
其党羽把持会议会推，操纵官吏之升降。
罪状之四，凡督抚藩臬缺员，余国柱等人无不辗转贩鬻，必索及满欲而后止。因之督抚等官皆贪得无厌，剥削百姓，是故贪官甚多，此乃“以奉私门之所致也”。
罪状之五，康熙二十三年，学道报满之后，应升学道之人，率往论价；九卿选择时，公然承风，任意派缺，缺省预定，由是学道皆多端取贿，士风文教，因之大坏。
罪状之六，靳辅明珠相交结。靳辅当时治理河道，每年靡费河银，大半分肥。所题用河官，多出指授，是以极力庇护。
罪状之七，科道官有内升出差者，明珠、余国柱率皆居功要索，至于考选科道，即与之订约，凡有本章，必须先行请问，由是言官多受其牵制。明珠、余国柱控制言官，使之不得弹劾，以巩固其地位。
罪状之八，明珠自知罪戾，见人辄用柔颜甘语，百般款曲；而阴行鸷害，意毒谋险。最忌者言官，恐发其奸状。当佛伦为总宪时，见御史李时谦累奏称旨，御史吴震方颇有参劾，即令借事排陷，闻者骇惧。
相传，郭琇上疏弹劾明珠之日正值明珠生日，当时，明珠正在家中大宴宾客，郭琇上疏之后，即直接登明珠之门，明珠听说郭琇登门求见，当即大喜，马上将他引入宴会厅，满厅宾客都颇诧异。郭琇见到明珠，只长揖并不跪拜，而从袖中拿出奏章给明珠，明珠更为高兴，说：“侍御也有诗吗？”
明珠还以为是给他祝寿的诗文呢！郭琇正色答道：“非也，有奏章！”
明珠还未读完疏稿，郭琇又长揖道：“郭琇无礼，应罚。”当即饮了一大杯酒，放下酒杯即扬长而去。
康读熙罢的诱的奏疏，大怒。他当即告谕吏部说：“如，今的朝廷要员，凡是大学士以下之人，都存在互相钩心斗角，搞阴谋诡计的问题，这样下去，还怎么施政呢？”
当即下令革明珠、勒德洪大学士之职，交与领侍卫内大臣酌用；革大学士余国在职；令大学士李之芳一致回籍。当时内阁共五名大学士，除王熙外，全部撤换。
满吏部尚书科尔坤以原品解任，满户部尚书佛伦及汉工部尚书熊一潇亦解任。之后，康熙还告诫朝臣：“从今后，大小官员，都要洁身自好，痛改前非，秉公办事，这样才能不负朕的宽仁之心和维新之意。”
开言路是一种策略
康熙一方面重视言路，又重视调查，核查事情的真伪，他越来越多地指派亲信，暗中调查，进行密奏。之前，各级官吏多为了各自利益，不据实上奏，而言官之论亦多片面。
有了亲信密奏，康熙就可以更为全面地了解事情，尤其是对互相攻讦的朋党，亲信密奏就可以不带偏见，有利于客观地处理问题。
为了创造更方便管理大臣的条件，康熙下令进一步放宽限制，允许科道官随时赴畅春园面奏。所言不限事之大小，“若必大事始言，则言官难分事之大小，以致进言者少，非所以集众思广众益也”。而且言之不当亦不坐罪。对任何人的过失包括皇帝在内，都可以进言弹劾。康熙要求言官。“凡事关国计民生及交吏臧否，但有确见即应指陈。虽言有不当，言官亦不坐罪。自皇子、诸王及内外大臣官员，有所为贪虐不法，并交相比附、倾轧党援、理应纠举之事，务必大破情面，据实指参。即朕躬有失，亦宜进言，朕决不加责。”在康熙鼓励下，一时之间，言路大开，对于康熙中期以后皇权的加强和政治的清平起了重要的作用。
明珠下台之后，刑部尚书徐乾学拜左都御史，深得康熙器重。秉承康熙意旨，徐乾学诸御史风闻言事，台谏弹劾不避权贵，言路顿开。明珠被郭琇劾罢，朝臣皆以为徐乾学暗中主持。于是，朝臣又趋之若鹜。徐乾学与徐元文、徐秉义三兄弟，皆以鼎甲而位显朝廷，当时号称“昆山三徐”。
他们以诗文负重名，轻财好客，广为结交，与朝中汉大臣高士奇、王鸿绪、陈元龙、王顼龄等诗文往来，互相标榜，在当时朝廷中，又形成了一个新的派别。这样，不但明珠死党对他们恨之入骨，不少朝臣也为之侧目。因而，为时不久，即有原湖广巡抚张琇上疏控告徐乾学纳贿，而后左都御史郭琇又上疏弹劾少詹事高士奇与原任左都御史王鸿绪植党为奸，给事中何楷、修撰陈元龙、编修王顼龄依附坏法。的诱在书中逐一陈述高士奇等之罪行，认为高士奇有“四可诛”。
其一，高士奇出身微贱，供奉南书房，本该竭力奉公，以报知遇之恩，却曰思结纳，谄附大臣，揽事招摇，以图分肥，致使内外大小臣工，无不知有士奇之名，声名赫奕如此，前无一人，其乃沽名钓誉之辈，可诛。
其二，奸贪坏法，全无顾忌。与王鸿绪结为死党，科技何楷为兄弟，翰林陈元龙为叔侄，鸿绪胞兄王顼龄为子女姻亲，俱寄以心腹，在外招摇。同时，凡督、抚、藩、臬、道、府、厅、县以及在朝中之大小官员，皆王鸿绪、何楷等为之居停哄骗，而夤缘照管者，馈至成千万。即不属党者，亦有常例，名曰“平安钱”。高士奇常于朝臣面前标榜“我之门路真”。
其三，侵吞国帑，剥夺民膏。高士奇拥有多处田产房屋，来历皆不明。光棍俞子易，在京肆横多年，惟恐事发，遂潜伏于直隶天津、山东洛口等地。后将虎坊桥一幢价值八千金的瓦屋六十余间送给高士奇，求其庇护。同时，于顺城门斜街并各处房屋，总令心腹置买，并派何楷代为收租。打磨了士奇之亲家陈元龙，伙计陈秀芳开张缎号，寄顿各处贿银，资本约有四十万。
此外于其老家平湖县置田产千顷，于杭州西湖、苏、松、淮、扬等地广置田产，修建花园宅院，何来如此之多的金钱？
其四，欺君灭法，背公行私。高士奇置皇帝的谕旨于不顾，皇帝告谕严禁馈送，违者定以军法治罪，高士奇与王鸿绪竟公然违抗。在淮扬，王鸿绪招揽府厅各官，约馈黄金，潜在士奇。
疏末，郭琇言：高士奇、王鸿绪、陈元龙、何楷、王顼龄等，豹狼成性，蛇蝎其心，鬼蜮其形：畏势者即观望而不敢言，趋利者复拥戴而不肯言。为此，自己才不避嫌怨，加以弹劾。
对于高士奇、王鸿绪、徐乾学等人，康熙向来颇为器重，但是为了尊重舆论，兼之以弹章所引多属事实，康熙二十八年(1689)九月，康熙被迫令高士奇、王鸿绪、陈元龙等一起一致回籍。十月，副都御史许三礼又穷追猛打，上疏弹劾徐乾学律身不严，言其“乘修史为名，由于禁廷，与高士奇相为表里，物议沸腾，招摇纳贿，其子树毂不遵成例，朦胧考选御史，明有所悖”。且言“既无好运止，自无好议论；既无好事业，焉有好文章？”康熙命徐乾学明白回奏，徐乾学唯有乞罢归里。
不久，部议许三礼所劾之事不实，遂将许三礼降二级调用。许三礼不服，再次上疏弹劾徐乾学，列其考试舞弊、违禁取利、纳贿置产九大罪，而且牵涉徐乾学弟弟徐无文，疏中言：“乾学伊尔拜相之后，与亲家高士奇更加招摇，以致有‘去了余秦桧，来了徐严嵩，乾学似庞涓，是他大长兄’之谣。又有‘四方宝物归东海，万国金珠送澹人’之对。京城三尺童子皆知。”且指斥徐乾学“顺之则生，逆之则死，势倾中外，权重当时，朝纲可紊，成例可灭”。
康熙以其所奏多为不实之词，且有借机反复之意，着严饬行。徐乾学亦只得再次乞休，康熙遂允其所请，命以书局自随，且亲书“光焰万丈”
匾额赐之，以送其行。
言路开放以后，虽然整治了朋党，打击了党争，但亦发生了一些不良的后果。臣下有人借机报复，有人以此互相攻讦，以致是非不分。康熙三十年(1691)以后，康熙想法消除其不良影响。一方面广开言路，同时，又不为大臣之奏疏所左右。康熙能抓住问题的实质，不被奏疏的表面现象所迷惑。即如监察御史郭琇参劾河道总督靳辅，言其“治河多年，迄无成效。皇上爱民，开浚下河，欲拯淮、扬七州县百姓，而靳辅听信幕客陈潢，百计阻挠，宜加惩处”。不久，户部尚书王日藻又参劾靳辅屯田累民之事。康熙不因有言官参劾而盲目惩处了事，他让靳辅与主张疏浚的直隶巡抚于成龙辩论，各抒己见。
他表示说：“朕凡事都坚持公平，怎能顾此辈情面？让此人为非作歹呢？”
早在康熙二十三年十月，奉差福建、广东的内阁大学士席在就肩负着康熙密奏的任务。康熙向他询问了广东督抚，原任江南总督、河道总督、福建提督等人的情况。而从席柱的密奏中，康熙亦获知了一侍卫至铁索桥挂匾，“彼地督抚，馈银六千余两”之事。康熙后期，康熙更加重视大臣的密奏，他说：“朕令大臣皆奏密折，最有关系，此即明目达聪之意也。
其所奏之事，或公或私，朕无不洞悉，凡一切奏折，皆朕亲批。”他认为密奏有约束官吏之息：“诸王文武大臣等，知有密折，莫测其所言何事，自然各加惊惧修省矣。”
这样，康熙就可以不受各级官员的蒙蔽，并能随时掌握各级官员的真实动向。同时也在一定程度上防止了蓄意攻讦、无中生有诬陷之事。因而，康熙不无得意地说：“欲知天下事理，密折胜于微行私访。宋太祖、明太祖皆有易服微行之事，此或假为传闻，以警众人耳。然此等事，朕断不行。若如此行，举国臣民，以有汝等仆隶，未有不识朕者，非徒无益，亦于大体有伤。”
后来，在处理一些案件时，康熙即用密折了解情况，以使事件得到大致公正的处理。如处理量将总督噶礼与江苏巡抚张伯行互讦案件，即是最好的例证。噶礼为满洲贵族，与满臣阿山等朋比为奸。康熙四十四年时，两江总督阿山诬告江宁知府陈鹏年收受盐典陋规，将陈革职并下于江宁狱中。陈鹏年为官清廉，在江宁深得民心。江宁士民为之痛哭罢市，并质问陈鹏年落职之原因。诸生的养直大呼请保“清廉太守”，如果不能保，则愿入狱与陈鹏年同死。不久，误传的养直死于狱中，当时，学使正在句基督考，应试生童都说：“读书应试，何为也？”把试卷都烧了。诸生同士民“如丧考妣”。有人以大逆陈上，后来，会审不实，又说陈鹏年曾赶走娼妓，在南市建亭，宣讲圣谕，则是大不敬。但康熙从江宁织造曹寅等处获知，陈鹏年系清廉之官，而他南巡之时亦有所闻。遂诏从宽免罪，命人武英殿修书。
康熙四十八年，噶礼为两江总督，陈鹏年则为苏州知府，署理布政使职。他凡事坚持原则，毫不迁就，噶礼对他十分痛恨，遂上疏康熙，诬告陈鹏年所作《游虎丘诗》中有怨愤之语，该诗云：
“雪艇松龛四岁时，廿年踪迹鸟鱼知。
春风再扫生公石，落照仍衔短簿祠。
雨后万松全逻匝，云中双塔半迷离。
夕佳亭上凭栏处，红叶空山绕梦思。
尘鞅公余半晌闲，青鞋布袜也看山。
离宫路出云霄上，法驾春留紫翠间。
代谢已怜金气尽，再来偏笑石头顽。
楝花风后游人歇，一任欧盟数往还。”
为此，康熙一方面又通过曹寅等人的密奏了解情况，同时，自己亦对陈诗加以分析，觉得并无怨气，遂再次将陈鹏年调入京师修书，从而使噶礼的阴谋未能得逞。
康熙五十年，噶礼与江南副考赵晋交通关节，榜出哗然。江苏巡抚张伯行上疏参劾噶礼监考作弊，揽卖举人，勒索银两。噶礼亦弹劾张伯行挟嫌诬陷，不肯出洋捕贼等七大罪状，康熙派人处理，处理之人因噶礼之母是康熙乳母而偏袒噶礼，回奏张伯行弹劾之事全虚，而噶礼弹劾张伯行情况属实，并提出将张伯行降职处分。康熙令尚书穆和伦、张廷枢复审，亦如前议。康熙认为张伯行为天下第一清官，清廉公正，不会如此，因此又命江苏织造李煦暗中查访案情以及江南百姓之反映。噶礼与张伯行之间的互讦经过深入调查，李煦向康熙陈事情原委，言张伯行受诬、噶礼植党诸事。康熙遂据此密奏，力排众议，果断地处理此案，命张伯行复任，而将噶礼罢免，从而使这一案件得到了正确的处理。
由于从秘密奏折中，康熙获得了不少真实情况，因而在康熙五十一年，他下令扩大秘密奏折的实行范围。大臣、总督、巡抚、提督、总兵官皆许密奏。此外，派往各地的钦差，亦有密奏之权。而督抚对钦差大臣在地方上的所作所为，亦可密奏皇帝。这样，一方面允许朝臣及科道官员风闻言事，一方面又允许相当一批高级官员密折奏事。因此，康熙对各级官吏，尤其对高级官吏的控制空前加强，康熙的皇权得到了进一步巩固。
君臣一体
人们将要做什么，皆由其内心而定，故对于当权之人来说，服人之心才是长远之计。康熙处世，一大特点是以身作则、以德服人、以仁义除异己之念、以公允去不平之辞，视君臣为一体，使臣民百姓心悦诚服。
康熙将河务总督靳辅革职后，朝野之间刮起一股彻底否定靳辅之风。
认为凡是经靳辅历年完成的各项治河工程全是错的，必须废掉。尤其是在新任河务总督王新命尚未到任、无人负责情况下，这股风极易造成混乱，使治河计划的实施遭到破坏，以致影响漕运。了解到这种情况后，康熙于二十七年(1688)四月二日，特派学士凯音布、侍卫马武等，前往看阅靳辅在被撤职前刚刚完成的中河工程。
原来运道自清河至宿迁，借用黄河，因风涛险恶而常出事故。靳辅从二十五年始，自骆马湖，沿黄河北岸，于遥、缕二堤之间开渠，历宿迁、桃源至清河仲家庄出口，起名中河。对于这条中河，于成龙等人认为“无所裨益，甚为累民”，河道已被靳辅大坏。然而经凯音布等人调查证实：
中河内商贾船行不绝。据此，康熙于四月十八日，向大学士、学士、九卿、詹事、科道等官员宣布：
“近年来，治河之事并未中断，如你们所言此事无益，朕就不高兴丁。
于成龙是有问题，他不为民着想，为官不正，治河不力。朕并不是想重用靳辅，只是为治河着想，才这样做的，有人说，靳辅也不尽职，这怎么仃呢？”
凯音布等还向皇上奏报原总漕慕天颜破坏河工、漕运，中河所行漕船被他勒令退回，说是“支河之口，不许闭塞”。康熙谕令：将慕天颜提拿夹讯，追问唆使者。
由于形势复杂，康熙命兵部尚书张玉书、刑部尚书图纳、左都御史马齐等人，全面视察靳辅主持的河工，要求他们务将毛城铺、高家堰等地方情况总结归纳：就靳辅所修之处，其甚善而断不改者有几；不善而应改者有几；详悉商酌。五月一日，康熙再次谕令：尔等至彼处，从公详看，是是是，非是非，据实具奏。八月十五日，张玉书、图纳、马齐等回奏勘阅结果，对靳辅多年的治河成就予以肯定，其已建闸堤岸及已进引河，建议俱应如靳辅所定章程，毋庸更改。对中河工程也予以肯定，仅因中河狭窄，恐水大不能容蓄，建议于北岸建减水坝三座，以便减泄。待九卿等会议时不敢做主，于是请皇上再次监视河工，指示修筑，以折服众论。
康熙采纳九卿等官建议，于康熙二十八年一月八日起进行第二次南巡，命靳辅、于成龙随行，躬历河道，兼顾观览民情。三月十九日回京，历时七十天，康熙通过这次南巡，增强了对靳辅的进一步了解和认识，于三月二十一日听政时宣布：
“朕又一次南巡阅河，闻江、淮诸处百姓及行船夫役，俱称颂原总河靳辅，感念不忘。且见靳辅疏理河道及修筑上河一带堤岸，于河工有成效，且实心任事，克著勤劳。前革职属过，可照原品致任官例，复其从前衔级。”
“前革职属过”，意思是说对靳辅的革职是错的。作为一名皇帝，主动认错，意义非同小可。此事反映了康熙实事求是的精神和把握局势、拨乱反正的英明智慧。同年，靳辅奉旨纂修《治河方略》完成，进呈皇上，使以后凡遇河工方面的问题，俱问靳辅。靳辅这时也极为谦虚、谨慎，积极支持皇帝的正确见解，并加以补充说明，使康熙甚为满意。
靳辅复任时尚不满六十岁，未步入老年行列。但因其毕生辛勤工作，又遭遇坎坷，故体弱多病，加上复任后感恩图报，竟在奉命由黄河向山西督运救灾漕粮时，病倒在河南。经医诊治无效，于康熙三十一年十一月去世。
靳辅卧病时，自知时日不多，接连上疏黄淮两河善后之策及河工守成事宜数万言。又请豁开河筑堤废田之粮，并清淤出成熟地亩。康熙得知靳辅病重，特命自己的儿子前往省视，又命内大臣前往照料，等靳辅病故后，降旨悼念，下部议恤，赐祭葬，并对遗疏极为重视，仔细研究。其中仅高家堰堤外另筑小堤和引黄水内灌淤平洼地两项未用，其他诸如重视黄河险工，加筑中河遥堤、塞张庄运口、修骆马湖石闸以及占用民地豁免钱粮等等，均予采纳，并逐项予以落实。
康熙为了让继任的河道总督于成龙重视与贯彻靳辅的治河方略，于康熙三十三年正月十八日听政时，也算是基本实现了靳辅的遗愿。召于成龙当众问道：“你往日议河工事，曾面奏减水坝宜塞不宜开，朕今观减水坝果可塞乎？”于成龙回奏：“臣彼时妄言减水坝宜塞，于今观之，实不可塞。”康熙又问：“你前言靳辅浪费钱粮，并未尽心修筑河工。你今观如何？”于成龙答道：“臣今亦照靳辅所修而行。”康熙斥责说：“既如此，你则所奏为非，靳辅所行为是，为何不明白陈奏？你排陷他人则易，身任总河则难，此非明验？”康熙又向大学士等说：“于成龙奏河道两岸未见靳辅栽有柳枝，朕巡南方，指河岸权问之，无辞以对。”康熙接着又说：
“朕用人才乃朝廷之大权，非为臣者市恩沽名所可擅行之事。”
康熙治河成效已著，是非功罪，定论昭然，对曾附和于成龙排陷靳辅，至今仍文饰含糊：不认真交待的左都御史董讷、内阁学士李应荐、户部尚书王骘等人，分别给予革职一致等处罚。对因支持靳辅而被贬诸臣，除已故者之外，其他都按靳辅遗疏所提重新任用。
同时，经过十余年开浚下河的实践，康熙已逐渐认识到自己过去坚持开浚下河是错误的，而靳辅以地势低洼反对开浚则是完全正确的。明白这一点，康熙帝对大学士等说：“下河人海之处，朕虽未及亲览，但常听人说，盐城一带地势极低，海水反高，建闸无益。”至十二月，康熙又对大学士说：“曾命凯音布、孙在丰、于成龙、王新命等专司开浚。伊等俱奏工程告竣。民生大蒙利益，载在册籍、存部可考。由今观之，水势并未消减，田亩并未调出，所谓有益民生者何在？”
因此，康熙不再贸然地对待众臣，正确对待自己，为朝野人士所瞩目。这在历代皇帝中是属少见的。
严控核心权力
皇权至上，这是政治核心。如果大权旁落，纵有天子之位，又与傀儡何异？康熙相当重视中央集权，时刻注意加强其绝对权威，从而得以六十一载稳坐天下。
抑制诸王公在政治、经济特权，并借机予以惩治，目的在于削弱诸王公在国家政治生活中的地位和影响，保护皇上的权威，避免令出多门，一百个和尚乱当家。凡是被削爵的亲王、郡王、贝勒、贝子、公等，同时也削去了议政和宗人府的职务，并全部或部分撤消他们的所属佐领。
虽然这些被削王公的爵位一般仍由他们的儿侄承袭，但新被封的诸王公的地位和影响已远远不能与其父辈相比。康熙贬抑诸王公的明显效果是，宗室诸王中的子侄一辈的年轻者居多，并且都没有任何军功，而在一向崇尚武功的满族社会里，如果没有任何军功，或者虽有军功而又遭压抑，未得表彰，那就很难在社会上崭露头角，也不会得到属下的信服与敬重。《诗》有所谓：“天生丞民，有物有则，民之秉彝，好是懿德。”意思是说：“天下的人民大众，有事物有功业有法则有效法。人民常有的心情，就是爱好有德有功劳的人。”
对年轻诸王的状况康熙也并不很满意，康熙二十二年(1683)钦交诸王名单时，康熙帝曾对掌宗人府的安亲王岳乐说：“朕考察过了，这些王子有才气者甚少，虽说都跟朕围过猎，但出力者不多。上朝时也不熟礼节，除了外表，实在无才。但朕承蒙祖恩，也得对他们以教育、关心为主，应让他们改过，勤学上进，做一个有用之人。”
康熙八岁就登基，却对年幼的王公诸臣不满意，按这样说，似乎该是五十步笑百步了。其实，康熙是醉翁之意不在酒，年龄小也没什么，年龄大也未必好。就是那位年龄较大并有军功的安亲王岳乐，在康熙二十四年五月，也因为隐瞒一个外藩蒙古喇嘛，被康熙革去议政及掌宗人府事职务，并罚俸三年。
康熙抑制和削夺诸王公的特权，使得参与议政的宗室诸王人数日益减少。康熙十一年议政宗室诸王有：和硕康亲王杰书、和硕安亲王博果铎、和硕安亲王岳乐、多罗惠郡王博翁果诺、多罗温郡王孟峨、掌宗人府多罗顺承郡王勒尔锦、宗人府左宗正多罗贝勒察尼、多罗贝勒口额、多罗贝勒尚善等人。
同年十二月，庄亲王死，惠郡王、温郡王等上疏辞去了议政职务。其他诸王也先后被罢去议政职务。到康熙二十四年，原有的议政宗亲王就只剩杰书一人了。杰书在康熙三十六年死，到了这时候，康熙朝中就没有议政王，而只剩下议政大臣了。这样，八旗合议的机构就已不复存在，成了掌握在皇帝手中的一种普通议政机构。
为了提高皇权，除借惩办违法王公之外，康熙还采取扶植自己的亲兄弟和皇子的手段。如封自己的亲兄弟和儿子以爵位，令其参与议政领兵出征，管理旗务等。
康熙六年封福全为裕亲王，康熙十年封常宁为恭亲王。并分给佐领，命参与议政。
康熙二十九年七月，葛尔丹进犯至乌兰布通(即今蒙古国首都乌兰布巴托)，康熙废弃以往必派军功勋旧诸王领兵出征的惯例，而命裕亲王福全为抚远大将军，以皇长子允提为副，出古北口；命恭亲王常宁为安远大将军。以简亲王喇布、多罗信郡王鄂部副之，出喜峰口，迎战葛尔丹。三十五年二月，康熙帝又亲征葛尔丹，分兵二路，自统中路大军，下辖八旗大营，皇七子允领镶黄旗大营，皇五子允祺领正黄旗大营，皇四子允稹领正红旗大营，皇三子允祉领镶红旗大营。此外，又命皇长子允提和允稹与索额图共领八旗前锋、汉军火器营、四旗察哈尔及绿旗军先行。这一阵势，进一步改变了开国诸王孙掌握用兵大权的传统。俗话说：“打虎得是亲兄弟，上阵还是父子兵。”不过，康熙不是为了打仗，而是为了掌权。五十七年十月。康熙帝降旨指责各旗都统、副都统耽于安逸，旷废公务，因而指定皇七子淳郡王办理正蓝旗满洲、蒙古、汉军三旗旗务；皇敦郡王办理正黄旗满洲、蒙古、汉军三旗旗务；皇十二子办理镶黄旗满洲、蒙古、汉军三旗旗务。这样，就在很大程度上削弱了八旗的王公贝勒的权力，使八旗进一步盲属皇帝统辖。
