随着希波战争的结束，以斯巴达为首建立了伯罗奔尼撒同盟，以雅典为首包括爱琴海各城邦及小亚细亚的殖民地则组成了提洛同盟。为了争夺希腊霸权，公元前431一前404年，双方爆发了一场持续27年的大战。因为这场战争主要在伯罗奔尼撒半岛上进行，因此称之为伯罗奔尼撒战争。
公元前431年5月，斯巴达向雅典宣战，其精锐军队很快攻入阿提卡。然而，雅典人并没有急于同斯巴达军队在陆上硬拼，为了扬长避短，雅典领导人伯利克里采取了陆上主守、海上进攻的战略。他们坚壁清野，甚至不惜放弃农村，而通过港口在海上与外界保持联系并从海上攻击敌军。就在斯巴达军连续不断地向阿提卡进军之时，雅典的军队也在伯罗奔尼撒半岛登陆。他们封锁了伯罗奔尼撒半岛沿岸及其港口，还鼓动斯巴达的希洛人举行起义，以分散斯巴达的军力。同时，斯巴达的同盟各城邦也受到雅典人的侵袭。
战争初期的发展似乎对雅典人有利，但另一场更大的灾难却突然降临雅典。
战争的第三年，一队由埃及开来的商船带来了可怕的瘟疫。由于雅典城处于被围困之中，人口密集，瘟疫很快大面积流行，雅典人口迅速减少了四分之一。雅典最重要的领袖伯利克里和他的两个儿子也都在瘟疫中丧命，从此，雅典失去了一位人民信赖的伟大统帅。这场瘟疫不仅剥夺了许多人的生命，也改变了雅典与斯巴达战争的趋势。
此后，雅典政府由克里翁接管。他改变了伯利克里的防御战略，而采取进攻和侵略性的战略。公元前425年，雅典舰队进攻伯罗奔尼撒，占领了皮洛斯港的门户斯法特里亚岛。斯巴达采取将军伯拉西达的主张，避开雅典海军主力，而由伯拉西达率领一支精锐部队，穿过希腊半岛北进至雅典背后，一面打击这一地区的雅典盟友，一面对愿意脱离雅典的城邦采取拉拢的策略，使这一地区不少城邦倒戈投向斯巴达。
雅典人看到自己的同盟开始解体，克里翁连忙调集军队，直扑斯巴达人驻守的安菲波利斯城。在一场混战中，伯拉西达和克里翁双双战死沙场。双方都失去了自己的统帅，只好暂时停战，并在第二年的4月8日签订了停战50年的《尼西亚斯和约》，并把新征服的土地交还给原主。
然而，由于双方都没有真正停战的诚意，仅仅6年之后，战火又重新燃起。公元前415年5月，年轻的雅典“主战派”阿尔西比阿德率领着一支200艘战船的舰队，驶向西西里岛。他的计划是先占领西西里岛的“钥匙”叙拉古城，然后切断斯巴达和整个伯罗奔尼撒半岛的粮食供应。雅典军很快便攻占了叙拉古城北约48公里的卡塔那，形势发展似乎很顺利。然而，一个意外的事件扭转了整个战局。
原来，大军出发前一天，雅典城内的海尔梅斯神像被人打坏。由于阿尔西比阿德一贯不敬神，有人怀疑是他手下的人干的。他率兵出发后，雅典的公民大会通过决议，以亵渎神灵罪，要他回雅典接受审判，后来又要判处他死刑。在前线的阿尔西比阿德得知后十分震惊。一怒之下，他逃到斯巴达，投降了敌人。他不仅透露了雅典人的全部作战计划，而且献了两条计策：一是要他们赶快派海军到西西里岛，解救被雅典人包围的叙拉古城；二是要他们从陆上出兵，占领雅典城北20公里的狄克利亚高地，封锁雅典的对外通道。
斯巴达按这两条计策采取了行动。雅典被斯巴达人封锁以后，饥荒严重，2万多奴隶逃往斯巴达人一方。在西西里岛，就在叙拉古城即将被攻破之际，斯巴达派出的援军100艘战舰、3万名士兵及时赶到。他们立即制止了叙拉古城准备投降的打算，并打败了雅典的海军。接着又切断了雅典军队的陆地交通线，使已在西西里岛登陆的4万雅典人陷入绝境。战斗进行了7天，雅典人终于投降了，所有的人都被变卖为奴隶，指挥雅典军队的两个将军也被杀死。
公元前413年，战争进入了第三阶段。斯巴达决心最后消灭雅典的军事力量，不惜以小亚细亚西部希腊城市将来归波斯为条件，换得波斯海军的支持。在波斯帮助下，斯巴达长期围困雅典，使雅典经济遭到严重破坏，许多国家纷纷脱离了提洛同盟。公元前405年，在赫勒斯滂海峡附近羊河口的一场决战中，雅典军惨败。第二年4月，陷入海陆重围的雅典投降。战胜国斯巴达迫使雅典接受了屈辱性的和约：解散提洛同盟；交出雅典舰队，仅保留12艘军舰；撤销雅典防务。从此，斯巴达夺得了全希腊的霸主地位。
伯罗奔尼撒战争最后以雅典的失败而告终，但是，受到战争危害的是整个希腊。这次战争给希腊带来了空前的祸害和痛苦。从来没有这么多的城市被攻陷、被破坏，从来没有这么多的流亡者，从来没有丧失这么多的生命！战争之后，希腊社会和经济遭到严重破坏。雅典从此一蹶不振。到此，希腊繁荣富强的时代一去不复返了。
