在上海欢迎马占山的集会上，94岁的马相伯亲自参加，他激情地斟满了一杯酒，站起来说：“这第一杯酒是恭贺冯玉祥将军收复察哈尔四县，并盼望他更多收复失地。第二杯酒才是欢迎马占山将军。”“九·一八”事变不久，马相伯发表《为日祸敬告国人书》，提出全国人民“自赎自救”、“自息内争，共御外侮”、“对内绝对不多枉费一枪弹，对外必不许啬惜一枪弹”的著名主张，反对国民党的内战政策，他曾提出《国难人民自救建议》和《实施民治促进宪政以纾国难案》，并发起组织中国民治促进会、江苏国难会和不忍人会。先后在上海《申报》上发表了《新年告青年书》、《泣告青年书》、《为日祸敬告国人书》等主张不买日货，研究科学，唤起民众，号召为抗日将士劝募义捐。1932年“一·二八”沪抗战时，土山湾地处华界，亲友请他迁居租界以保安全，马相伯谢绝，独居危楼。楼前广场，曾落敌弹，他处之泰然。在马相伯建议下，丹阳旅沪同乡会从战区抢救难民3000多人陆续遣返回乡。马相伯对家人说：“国家存亡，不单不是匹夫有责，你们妇女也有责任。”
在他的启示下，他儿媳等联络了几位妇女自己买了一些医疗用品，在震旦大礼堂办了伤兵医院，多名战士伤愈归队。十九路军蔡廷锴派参谋长张仲昌向马相伯儿媳致谢，马玉章也得了全国红十字奖。淞沪战役后，日酋松津中将在开庆祝会时被朝鲜志士金某炸断了一条腿，日寇猖狂地在上海四处追捕，金某处境很危险，马相伯儿媳赠送盘缠并设法救他逃出上海。
对于蒋介石的不抵抗主义，马相伯非常不满，曾经说：“终身委员长就是皇帝，委员长做了这许多年，失地也失得不少了，难道委他的人民不应该有所表示么？”蒋介石50岁时，曾托很多人求马相伯给他写个“寿”字以讨吉利，马相伯不肯，学生林驺劝道：“先生给他一点面子罢！”马相伯以“吉一时”三字合成一繁写“寿”字，旁注“笼罩一切时期，无往不利。”蒋介石得到后大喜，如获至宝，又派人向老人家道谢。人走后，马相伯哈哈大笑，儿媳感到奇怪，便对女儿马玉章说：“看你爷爷的高兴劲儿啊！”马相伯的脸拉长：“你胡说什么了，我笑的是我叫这小子‘吉一时’，旁注的‘无往不利’，是说不论什么时候都无‘望’不利了，可他还很高兴，这不可笑吗？”从此“这小子”三字成了马相伯称呼蒋介石的别名。
马相伯看到震旦学生朱叔和曾问他：“这小子会打仗不会？”“这小子打仗了没有？”朱叔和开始不明白“这小子”是谁，后来才明白是指蒋介石。1932年，马相伯参加宋庆龄、鲁迅等组织的“中国民权保障同盟”。1934年，马相伯95岁生日，少长咸集，群贤毕至前来祝寿，26人合起来共1470岁，大家称之“千岁集”，马相伯首制一词，调寄《千秋岁》词云：“江山破碎，望眼空垂泪，吾老矣，言何忌！椎难沙浪博，笔柱锋头出，伤心也、史（鱼酋）已死春秋弛。国难无时已，有酒今朝醉，少长集，群贤萃，老髦耆耋艾，醵成千岁，君知否？掀髯一笑昭光逝。”吴兴姚劲秋丈作白雁图，金山高吹万丈作松寿图，陆规亮首制长歌为寿，沈信卿、黄炎培、陈陶遗、高吹万、沈思齐、王培孙等都有诗，之后大家合影。
1935年12月，上海文化界人士组织救国会，由于马相伯的社会地位和救国热情，被公认救国领袖，一切通告，文件均由他领衔。1936年7月，他与宋庆龄等发了成立“全国各界救国联合会”，要求国民党政府停止内战，释放政治犯，建立抗日统一政权。全国各界救国会第二次执委会是在马相伯寓所乐善堂开的，马相伯特别写了“耻莫大于亡国，战虽死亦犹生”的对联送给出席的各委员。
同年11月，救国会沈钧儒、邹韬奋、李公朴、沙千里、史良、章乃器、王造时七君子被国民党当局逮捕时，马相伯和宋庆龄、何香凝等发表宣言呼吁爱国无罪，他又打电报给冯玉祥，其中有“老夫愿以头颅作保。”蒋介石对于右任说：“你先生闹得实在太凶了！”于右任不得不叫天主教主教来南京，由主教于斌出面请他到南京襄理教务。马相伯听说江南教区有了中国主教，很高兴地说：“我是中国人，应该归向中国的教区去！”他不顾众人的劝阻决定去南京。宋庆龄懂得老人的心意，便说：“马先生既然答应去南京，就让他去罢，在南京也一样可以和我们领导抗日之运动的。”
1936年11月24日，马相伯离开上海，清晨之时，宋庆龄对马相伯秘书万国华和马家人说：“你们要千万照顾好老先生身体，老先生是国宝呀！”马相伯在赴南京时，将他在上海寓所乐善堂全部藏书8700余册，捐献给丹阳相伯图书馆。在交付藏书时，他向家人恳切嘱咐注意五点：（1）过目成诵，是人们的天才，读书得间，在人们的学习。（2）兀兀穷年，方知老夫手不释卷的回味。（3）钻在故纸堆中，要活读，才免做蠹虫。（4）学海茫茫无梁筏，留心我下的苦功夫，便知所选择。（5）有些书成了海内外的孤本，应该爱惜更加勤读。
可惜藏书运到丹阳不久，即遭日军战火全部焚毁，其中还有他出使高丽日记一巨册，康有为未刊行著作数种等。由于于右任、冯玉祥的张罗，马相伯到南京时十分隆重，坐了“花车”——扎彩的火车，从上海出发，沿途各站都有震旦、复旦的校友设宴接待迎接。
到达南京后，震旦、复校友齐出动，举行盛大的欢迎会。12月12日，西安事变，于右任急忙向马相伯报告，马相伯说只要“这小子”肯抗日就放了他。亲笔拟了电稿：“兄弟阋于墙，外御其侮，请释中正，一致抗日。”1936年夏，马相伯生病，震旦大学的法国人看到局势对他们不利，企图将震旦大学迁到越南西贡。顾守熙知道后暗中通知邱任我。邱任我就到南京面告于右任，于右任听后大怒，派审计处徐可澄到震旦同法人办交涉。徐可澄原是震旦学生，他以事实为依据，向法国传教士办交涉，加上于右任的势力，法国传教士才尔孟不得不低头承认学校是马相伯出资办的，法国人无权任意他迁。慑于公愤，他们主动提出在校内建立马相伯铜像，并在马相伯寓所安装电梯，每月供应生活费600元。
马相伯自从到南京后，法国传教士背信停付生活费，造成马相伯家窘困，于右任闻知，怒道：“我们不用他们的钱！”他和冯玉祥将军相商后，冯玉祥把国民政府委员一职让给马相伯，以便他有丰厚的薪俸。1937年，张治中和朱培德来看马相伯，商谈抗日大道。马相伯很高兴，当场挥毫各送一副对联，两人问马相伯对蒋介石有什么要求，马相伯摇摇头。数日后蒋介石也派人来问有什么要求，马相伯就叫秘书万国华写了“释放政治犯”五个字。7月31日，“七君子”从苏州监狱得到释放，8月3日即来南京大方巷12号向马相伯道谢。同来的还有杜重远，9人在门前合影留念。照片上由沈钧儒题了“唯公马首是瞻”六个字，由于马相伯的积极参加救亡活动，马相伯被称为“爱国老人”，极受人民的尊敬。
马相伯到南京不到半年，复旦同学会在南京国际联合社举行庆祝马相伯98岁寿辰，群贤毕至，盛况空前。香港名人何东爵士特地从香港来南京参加祝寿。马相伯童颜鹤发，笑逐颜开。马相伯曾跌过一交，行走不便，置一推车代步，冯玉祥身穿将军服，亲自为马相伯推车，登上主席台，首先冯玉祥祝词，之后何东爵士等相继祝词，并由丹阳姜证禅报告马相伯生平，最后马相伯作答词，讲了一半忘掉了，他风趣地说：“老机器不灵了。”马上架上老光镜，看一下稿子继续讲下去。他认为抗日救亡比祝寿重要，期望诸公积极投入抗日救亡运动中去！
会后摄影留念，坐在前排的都是朝野名流。丹阳旅沪同乡会中有一位老医生，年近古稀，银须飘拂地站在邵力子座位后面，旁边站的是邵的夫人傅学文。她看到这位老人就向邵打招呼，邵马上站起来让座。这位丹阳老医生受宠若惊。事后啧啧称赞，邵氏夫妇没有官气，都是相伯老前辈教育出来的。
1937年11月上海沦陷，日军逼近南京，冯玉祥与李宗仁请马相伯移居广西桂林叠采山，李烈钧特备汽车，派其公子李赣驹专程陪同护送到风洞山，这时马相伯已经99岁了，广西省主席黄旭初为他祝寿，马相伯亲自撰文，呼吁团结御侮，愿拼老命和爱国人民一道抗日救亡。
1938年广州沦陷危及广西，于右任请马相伯移居重庆，在赴昆明途中，马相伯因体力不支留居越南谅山。
1939年4月6日，是马相伯百龄大庆的日子，全国各大城市（包括沦陷区）都分别遥祝大会，国民政府明令“褒奖”称他为“民族之英，国家之瑞”。中共中央电尊马相伯为“国家之光，人类之瑞”。《新华日报》发了《马相伯先生百龄庆典》的短评，各大报纸都有专论祝寿。当时在陪都重庆银行工会，举行庆典遥祝，政府和各界人士都参加，于右任挥毫题词曰：当全民族抗战之时，遥祝百龄，与将士同呼万岁！
自新教育发萌而后，宏开复旦，论精神独有千秋。
同时，于右任又撰寿联：“大邦人瑞，民族导师。”之后，又写了长文《百岁青年马相伯》来颂扬老师一生奋斗精神。祝寿每人发“寿”字红纪念章一枚。
孤岛上海，复旦同学会为庆祝马相伯百岁寿辰举行执行会，金通尹宣读了相伯由谅山寄上海的亲笔信：“国无宁日，民不聊生，老朽何为，流离异域，正愧无德无功，每嫌多寿多辱！”反映了他身处异域，目睹大好河山沦陷，激起无穷愤怒。在谅山，有人去看望马相伯时，他总是问：“蒋介石打了没有？他会打吗？现在要到哪里了？”马相伯又给宁波旅沪同乡会发去谢电：“年齿徒增，愧无济世之术；嘉惠灾黎，益增荣褒之感。拜领高情，特电驰谢。”悲天悯人的怀抱，爱国思乡的感慨，全从字里行间跃出。
震旦学院学生祝寿贺马相伯的寿词《水龙吟》，作者是中央大学文学院院长、镇江人汪东，百龄词是这样写的：好春常住人间，百年桃李盈天下。
伏波勋业，扶风经学，畴能传者？
殿好灵光，里名通德，更添佳话。
记仙家岁月，沧桑三见，算此语，浑非假。
滟滟霞浆倾泻。被铙歌惊吹寒夜。
先生笑谓：汝曹今日毋欢咋！虏骑凭凌，
四郊多垒，是吾羞也。待收京功就，语溪颂了，进长生斝！
这时卢沟桥事变向日寇开第一炮的宛平县长王冷斋来谅山祝寿，马相伯要王冷斋替他写遗嘱：“余一子早故绝嗣，女孙玉章所生长男应承嗣马姓，为余之继承人。”三个月后马玉章生了一个女儿，玉章母亲邱任我告诉马相伯，马相伯说：“可惜是个女儿。”邱任我安慰他说：“叫猴子再给你生个男的。”马相伯叹了一口气说：“我看不到了。”尔后，他自我安慰道：“生个女儿比没有好，女的我也要，告诉她家，玉章的孩子我全要。”他还问邱任我：“好吗？”邱任我说：“好得很！”
马相伯还有遗嘱是：“余年已百龄，遭逢国难，深知救亡图存惟赖团结英才，齐一心志，生平信奉天主教，致力教育，斥资兴学，创设震旦学校于上海，迄今已四十年，人才辈出，蔚为国用，冀此后益宏良模，以副余之大愿。”
马相伯日夜惦念着于右任这位高足，百龄后，他集了一幅对联回赠于右任，一片深情溢于字里行间：古之遗直也，中国有人焉！
马相伯去世前数天，他突然对马玉章说：“你是爷爷唯一的宝贝，爷爷没留给你什么，连你的钱，爷爷也没留给你。你恨爷爷么？”马玉章听了心里很难过，流着泪回答说：“爷爷，是您把我教养成人，您给我的恩德也够多了。”马相伯又说：“我连累了你。我死后，你回国去参加抗日。”
胡愈之去谅山访问，马相伯对他说：“我是一狗，只会叫，叫了一百年，还没把中国叫醒。”他一生为国为民为真理，奔走呼号的劳苦精神都包括在这句话里了。
1939年10月，马相伯得知湖北大捷，异常兴奋，夜不能寐，病势加剧。11月4日6时（河内时间），马相伯弥留时，静静微笑，犹念念不忘收复失地，争取抗日胜利，他声音微弱地连呼：“消息，消息！”
马相伯的逝世噩耗传遍中国后，举国一致深表哀悼，国民政府明令哀悼，并发给治丧费3000圆，生平事迹存备宣传史馆，用以表示国家留念勋耆至意。各方纷纷函电交驰，其中有毛泽东、朱德、彭德怀联名电唁马相伯家属。
马相伯家属先生家属礼鉴：
惊悉相伯先生于本月四日，蘧归道山，老人星黯，薄海同悲，遗憾尚多，倭寇未殄，后死有责，誓复国仇，在天之灵，庶之稍慰，特电驰唁，敬乞节哀。
毛泽东 朱德 彭德怀
国民党中央执委唁电曰：
相伯先生，天下元老，一代大师，方期召伯修龄，永为人瑞；兹闻溘逝，震悼殊深。
各报刊都发悼文。中央日报称：“马老为百年来之伟大人物，也是近百年世界伟大人物。”重庆《新华日报》短评《悼马相伯先生》，号召学习他的精神，为中华民族解放而奋斗到底。于右任挽联：“生我者父母，育我者先生”；“光荣归上帝，生死护中华”。在重庆各界举行的追悼大会上，于右任代表重庆各界宣读祭文，一字一泪，在场的人无不为这动容。邵力子在《新华日报》发表《救国老人马相伯先生》一文，称“我们此时此地哀此救国老人，就应效此救国老人的言行。纪念救国老人，就是救国的大瑞”。
全国各地都举行追悼大会，孤岛上海顶着日寇镇压和制止，各方奔走，直到1940年1月27日，才为马相伯举行追悼仪式。
抗战胜利后，于右任曾对马家子女讲：“政府准备将先生灵柩迎归国葬。”但到1949年前，也没实现。
1952年，上海陈毅市长即派蒋子和科长陪同邱任我和马百龄去越南谅山将灵柩迎归，胡志明主席也派人在谅山专门招待，并将灵枢送进睦南关。当灵枢运到上海时，在震旦女子学院礼堂举行了“反帝爱国老人马相伯先生安葬纪念会”，党政领导同志出席了大会，会后大家恭送灵柩安葬在息然公墓，陈毅市长说：“马相伯老先生是一位反帝爱国者，也是近代杰出的教育家。他毁家兴学，创办震旦和复旦，为祖国培养了不少人才。他为人民做了好事，人民是不会忘记他的。今天党和政府从越南将马老灵柩迎归安葬在祖国大地，我们的人民是永远会纪念他的。”
1984年11月4日，是马相伯逝世45周年冥诞，上海市政协于10月27日举行迁墓仪式，将马相伯的坟墓迁入宋庆龄陵园以垂永久。1990年马相伯诞辰150周年和复旦中学85年校庆之际，上海市复旦中学和校友会为马相伯校长树立铜像以贺校庆。
