李石曾在法国的时候，看到法国的罗浮宫，突然联想到中国的紫禁城，希望有朝一日把紫禁城办成一个属于人民大众的传播文化历史知识的博物馆。
辛亥革命推翻了清王朝的统治，大清皇帝溥仪宣告退位，民国政府成为中国的最高权力机构。但是，在以后的13年里，已经逊位的皇帝溥仪及其后、妃、宫女、太监依然像以往一样住在紫禁城皇宫里。当然，辛亥革命后，民国政府在《清室优待条件》中曾经规定很多对清皇室的优待办法和礼遇，逊帝及其皇室的其他成员依然享受优厚的待遇。然而，他们的所作所为却依然故我，无视民国政府的存在，照旧沿用辛亥革命以前的一些做法，在很多方面超出了《清史优待条件》的规定，因此引起了社会上的民众和民国政府官员的不满。比如：溥仪仍然享有“大清皇帝”的尊号，不用民国纪年，照旧使用宣统年号等等。于是根据参议院的建议，在1914年12月26日民国政府又制定了有关的《善后办法》，正式提出要求清逊帝使用民国纪年，禁止与现行法令抵触的一切行为。在这种情况下，清逊帝皇室仍然无视《善后办法》，并不按照规定行事。据说，在这十三年里，傅义经常召见家里的兄弟等人，以“赏赐”和“借出”的名义将宫中文物字画携带出宫，致使皇宫中的文物流失很多。
当时的各派军阀，各有各的利益，各有各的势力。他们分别为了各自的利益对清逊帝采取不同的态度和做法。1922年12月1日，逊帝举行大婚的时候，婚礼大典的一切礼仪照旧沿用以前皇帝大婚的老规矩和老程序，而且大总统黎元洪，军阀张作霖、吴佩孚、徐世昌等人全都送了厚礼。
1924年10月，冯玉祥的部队突然从滦平前线班师回京，发动震惊中外的北京政变。一夜之间，全力保护清室的贿选总统曹锟被冯玉祥以迅雷不及掩耳之势赶下了台，而且成为冯玉祥总司令的阶下囚。在这期间，废帝溥仪被冯玉祥指派的京师警察总监张璧和卫戍总司令鹿钟麟驱逐出宫，移居后海醇王府。当时李石曾在场，他是遵照内阁会议的决定，作为国民代表参加的。
溥仪出宫之后，在养心殿、储秀宫等处的太监、宫女也经神武门被遣散出宫。李石曾连日与清室洽商解散清室警卫队、太监、宫女等等事宜，并接受国玺三十颗，其中包括皇后印宝五颗。同时，也进行宫殿房屋的清点和登记。
按照《清宫善后委员会组织条例》的规定，将成立清室善后委员会。委员会设委员长一名，由国务总理聘任。委员若干名。当时聘任李石曾为委员长，汪精卫、蔡元培、鹿钟麟、张璧、范源濂、俞同奎、陈垣、沈兼士、葛文浚、绍英、载润、耆龄、宝熙和罗振玉（后五人为清室代表）为委员。另设监察员六人，张继为特聘监察员。其职责是清点及接收宫内的一切物品，其中包括点收和封存各宫殿房屋，把公有物品和私人的物品加以区分。如果是公有之物则收归国有，如果是溥仪及家人的私有物品，则归还给溥仪本人及家属。委员会的设立期限为6个月。
1924年11月20日，清室善后委员会正式成立。该委员会成立后第一件事就是发还溥仪十万一千三百二十八两白银。送往清室指定的盐业银行储存。另外由醇亲王府派人将清理出来的溥仪及其妻妾的衣物，珠宝首饰和日常用品，经双方核对无误以后取走。次日，在清室善后委员会的安排下，同治帝的两位老太妃，携带他们自己的所有私人财物，由贴身宫女陪同出宫，暂住在大公主府。在溥仪出宫后的18天，紫禁城里已经没有原清皇室的人员。清点公众物品的工作很快即将开始。
可是，在溥仪出宫和《清室善后委员会》成立的前后，北京又发生了一次政府的更迭。清点故宫物品的工作受到严重干扰。1924年10月22日北京政变后，孙中山曾在10月27日致电冯玉祥，表示要即日北上和冯玉祥、胡景翼等人晤商，并于11月10日发表《北上宣言》，提出结束军阀武装割据的局面，召开国民会议的主张，并决定即日北上。
孙中山的主张触犯了段祺瑞和张作霖的利益，段张两派军阀相互勾结，决定联手反对孙中山。段祺瑞立即组织了中华民国临时执政府，并于24日就任临时执政。他宣布不另设总理，本人直接主持国务会议。同日，张作霖也率兵进京，以支持段祺瑞的临时执政府。
段祺瑞和张作霖对逐溥仪出宫极为不满，并下令解除了对溥仪的监视。与此同时，他却对《清室善后委员会》密切监视起来。在这种情况下，原清宫的遗老和王公旧臣，以为形势对自己有利，可以挽救被逐出宫的厄运。于是借机在社会上散布流言飞语，中伤诋毁《清室善后委员会》，并扬言要搞垮这个组织。《清室善后委员会》成立的当天召开委员会会议，清室方面的四名委员竟拒绝出席。他们甚至以清室内务府的名义致函临时执政府，建议该政府设法改组善后委员会。段祺瑞和张作霖更是大权在握，想方设法来为《清室善后委员会》的正常工作设置障碍。段祺瑞政府的国务会议决议五项清查办法，明显破坏《清室善后委员会》工作。因此遭到李石曾的严词拒绝，并公开宣布仍按照原来的计划进行。
李石曾于12月20日组织召开《清室善后委员会》的第一次会议。决议通过了《点查清宫物件规则》18条，作为清点工作的准绳。会议还决定于22日召开清点预备会，并于次日开始清点。
就在召开预备会的前一天，12月21日，临时执政府秘书厅致函国务院内务部，下令停止《清室善后委员会》点查清宫物品。其用心已是司马昭之心，路人皆知。原来包括在清室善后委员会中的5名清室代表，看到临时执政府的态度，就更是受到鼓舞，他们居然把原来给他们的聘函退回给善后委员会，表示不合作。在当时如此混乱的形势下，如果不及时清点清宫物品，清宫物品会遭到怎样的流失是可想而知的。
李石曾不顾重重的压力和干扰，仍然照旧召开清点预备会，并在会议上明确表示，临时执政府这种做法既不符合民意，又不符合手续。《清室善后委员会》并非政府机构，也就不必执行政府的命令。当时，吴稚晖和易培基都支持李石曾的意见，并且抨击临时执政府的做法。最后一致决定按照预定的日程进行清点。同时，他们还拟定了一份函件，交给国务院内务部，说明必须及时清点清宫物品的理由。在李石曾的一再坚持下，清点工作得以于24日照常进行。
总之，《清室善后委员会》经过了风风雨雨，冲破段祺瑞临时执政府的重重阻拦和干扰，经过近一年的紧张清点和整理工作，终于在1925年9月29日制定了《故宫博物院临时组织大纲》 、《故宫博物院临时董事会章程》和《临时理事会章程》及组成人员名单。此举为建立故宫博物院奠定了基础。董事会董事有：吴敬恒、李石曾、于右任、黄郛、严修、卢永祥、蔡元培、熊希龄、张学良、张壁、庄蕴宽、鹿钟麟、范源濂等21人。理事会理事由李石曾、黄郛、鹿钟麟、易培基、陈垣、张继、马衡、沈兼士、袁同礼9人组成。李石曾被推举为理事长。并决定于10月10日正式成立故宫博物院。
1925年10月10日，举行了故宫博物院成立典礼。当日神武门外搭起了花牌楼，门洞上镶嵌着李石曾手书颜体大字“故宫博物院”青石匾额；顺贞门内竖起了大幅《全宫略图》。隆重的庆祝成立大会在院内乾清宫前举行。大会由庄蕴宽主持，各界应邀前来参加典礼者近万人。会上李石曾以善委会委员长的名义，报告故宫博物院筹备经过。他说：“自溥仪出宫，本会即从事点查故宫物品，并编有报告，逐期刊布。现点查将次告竣，为履行本会条例，并遵照摄政内阁命令，组织了故宫博物院。内分古物、图书两馆。此事赖警卫司令部、警察厅及各机关与同仁之致力，方有今日之结果”之后理事会理事黄郛及鹿钟麟等也讲了话。
故宫博物院的开幕，轰动了社会各界人士。那天的北京万人空巷。历代帝王居住的宫苑禁地变成面向全国，乃至世界公众开放的博物馆，使人民群众得以一睹我国古代的建筑艺术精华和曾为帝王一人所有的大量稀世瑰宝。因此群众奔走相告。神武门前车水马龙，人山人海。故宫内更是摩肩接踵，人流如潮，出现了空前的盛况。从此故宫博物院驰名于世界。封建王朝独据紫禁城、老百姓不得靠近的时代，一去不复返了。
故宫博物院对外开放之后不久，政治风云的变换又使故宫博物院的院务工作受到严重干扰。1926年3月12日，日本军舰协助奉系军阀的军舰驶进了天津大沽口，奉军向驻守在那里的国民军进行攻击。国民军在反击中把奉系军阀的军舰给击退了。于是，三天之后，日本帝国主义又纠集了英、美等八个国家向段祺瑞临时执政府提出要拆除大沽口防卫设施。这也就是当时轰动一时的“最后通牒”。18日，北京爱国学生和群众举行请愿，要求段祺瑞政府拒绝“最后通牒”，遭到段祺瑞执政府的镇压。这就是震惊中外的“三·一八”惨案。
惨案发生后，段祺瑞执政府又以“假借共产学说，啸聚群众，闯袭国务院”的罪名下令缉捕李石曾、易培基和李大钊等人。这次缉捕李石曾和易培基的原因主要是上次段祺瑞临时执政府要求他们停止继续清点故宫文物，他们拒不执行命令，依然雷厉风行地清理。所以段祺瑞怀恨在心，以致伺机报复。
在这种形势下，李石曾不得不避居六国饭店，夫人姚同宜住进法国医院。易培基也离开北京，事实上造成故宫博物院的领导层形同虚设，致使日常工作无法进行。所以，为了保证院务工作的顺利进行，博物院的理事又临时推举了几位维持员。
以后，张作霖又插手故宫博物院的工作，使博物院的正常工作受到很大干扰。但是，几经周折，致力保护故宫博物院的李石曾始终没有放弃，或者改变建立人民所有的故宫博物院的初衷。他与其支持者持续不断地和来自各个方面的干扰和破坏进行着周旋和斗争。
1928年10月5日，国民政府公布了故宫博物院组织法。8日，又公布了故宫博物院理事会条例。李石曾、易培基、鹿钟麟、于右任、蔡元培等37人为故宫博物院第一届理事。
在召开的第一届理事会上推定李石曾、易培基、张继为常务理事，李石曾为理事长。从此，故宫博物院的工作开始走上正轨。
1929年10月，故宫博物院举行成立四周年纪念会。李石曾与会并作了题为《清故宫须为活故宫》的演讲。他说：“故宫为历史上遗留之建筑物。自废帝出宫后，此数年中，经过许多政治之变化，军事领袖之种种关系，而故宫同仁仍在努力维持，以图发展。现已到了发展时期，希望故宫不仅仅为历史上遗留下的一个死故宫，必将成为世界上几千万年的一个活故宫。以前的故宫，系皇帝私有，现已变为全国公物，或亦为世界公物。其精神全在一个公字。”
