傅斯年以后立志于教育和学术，成为教育救国的中坚分子，除了深受北大学风的影响之外，也深受蔡元培的影响。傅斯年自从与蔡元培结成师生关系以后，一直保持着密切的关系，用傅斯年自己的话说：“受师训备僚属有二十五年之长久”。他一生对蔡元培推崇备至，蔡元培对傅斯年也十分欣赏和爱护。傅斯年在北大读书时，蔡元培曾给他写了一个内容为“山平水远苍茫外，地辟天开指顾中”的条幅，对傅斯年的期望和赞赏可以说尽在其中。在此后的长期交往中，傅斯年对蔡元培的尊敬不仅仅是学生对师长的敬仰，更重要的是人格的尊敬，他曾经评价蔡元培说：“蔡先生实在代表两种伟大的文化，一是中国传统圣贤之修养，一是法兰西革命中标揭自由、平等、博爱之理想。此两种伟大文化，具其一已难，兼备尤不可得，先生殁后，此两种文化在中国之气象已亡矣！至于复古之论，欧化之谈，皆皮毛渣滓，不足论也。”
从古至今，师长的榜样和垂训对后代的影响都是深远的。蔡元培对傅斯年的学识和立志教育的影响主要表现为三个方面：一是蔡元培教育救国思想的影响，二是蔡元培为救国医民献身的人格作用，三是蔡元培提倡民主与自由改革的学风。傅斯年曾评论说：“试想当年的情景，北京城中，只是些北洋军匪，安福贼徒，袁氏遗孽，具人形识字者，寥寥可数，蔡先生一人在那里办北大，为国家种下读书爱国革命的种子，是何等大无畏的行事。”由此可见，傅斯年对蔡元培为文化教育献身的风格和胆识不仅叹服，而且始终将蔡元培视为楷模。他曾把蔡元培比做孔子，而自比子路，这既形容他们二人的品格，也确切地说明了他们二人不同寻常的师生关系。
胡适是影响傅斯年献身教育的另一个代表人物，两人自北大结成师生关系之后，终生都保持着深厚的情谊。由于两人都长期在教育界任职，对教育的改革虽然有时观点不同，但胡适对傅斯年立志献身教育方面的深刻影响却是无庸置疑的。胡适在北京大学任教期间，一方面积极参加新文化运动，一方面全力支持和协助蔡元培对北大进行改革，尤其是1919年4月，胡适在美国留学时的老师、著名实用主义教育家杜威来华，胡适亲自陪同他去各地讲学，在中国教育界留下广泛的影响。傅斯年在这一时期与胡适的关系甚为密切，于是对教育产生了浓厚的兴趣。另外，李大钊、陈独秀等人也对傅斯年教育救国思想的确立有着不同程度的影响。
第四是家庭的影响。傅斯年的父辈和祖辈都是受人尊敬和爱戴的塾师，尤其是父亲傅旭安，曾任东平龙山书院山长，由于知识渊博，爱生如子，倍受学生尊崇。他英年早逝，其学生联合起来资助傅斯年兄弟成才。家庭重教爱生的传统对傅斯年投身教育产生了熏陶和感染作用。
教育独立观念
中国近代，随着西方教育思想不断传入，各种教育学说在中国流行，同时中国的知识界、教育界也不断觉醒，对各种教育理论、学说进行学习、研究、比较、融合，形成了许多派别，构成了多种多样的理论体系，进而又融汇成了许多思潮，其中包括教育独立思潮、平民教育思潮、乡村教育思潮等。在这些教育思潮中，以教育独立思潮和平民教育思潮影响最大。傅斯年是教育独立思潮的代表人物之一，他与蔡元培、胡适等人为教育独立进行了长期的努力和奋斗。从某种意义上说，20世纪30年代以后，教育独立思潮的中坚分子当属傅斯年，他一生都在不懈追求教育独立。他强调，要办好教育必须实现教育独立，反对各级政府干涉教育，他说：“教育如无相当的独立，是办不好的。官治化最重之国家，当无过于普鲁士……当年以德皇威廉第二之专横，免一个大学校长的职，竟是大难……其用人行政，一秉法规，行政官是不能率然变更的”。晚年任台湾大学校长时，他的这一点表现得更为突出。他极力坚持教育独立，反对政治干预。在其任台湾大学校长期间，正是国民党政权撤退到台湾的初期，这个时期局势混乱，政治斗争激烈，国民党政权为了稳固一隅统治，实行白色恐怖，乱捕乱杀，对台湾大学师生也是如此。傅斯年对此极为不满，亲自出面和国民党政府交涉，不准军警随便到台湾大学逮捕师生，即使有确凿的证据，逮捕人也必须经过校长批准，并且定为一项制度，形成这样一个传统。这一传统至今仍继续保留。傅斯年力争这项权利，反映了他坚持教育独立、摆脱政府控制教育的思想。当时国民党政府还要求各机关学校实行连保制度，其方法是公教人员自愿结合，相互保证，甲保证乙的思想纯正，同样乙也保证甲思想纯正，万一发现有人思想不纯正，除他本人受严厉制裁外，连保者也要受牵累。当局其时也要台大师生办理连保手续，傅斯年出面进行抵制，他一个人进行保证，有问题发生，他愿意负全部责任。其结果连保制度在台大没有得以实行。
傅斯年的行为体现了他教育独立的思想，即学校是教育的主要阵地，尤其大学是独立的学术研究和教育的场所，应该具有相对的独立性，政治机构不能随便干预。正如傅斯年去世后台湾的一些报纸所评论：“傅斯年先生执掌台大两年最大的成就，在保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气；但遭遇到最严重的打击，攻讦、阻挠，各种困难也在此。许多不学无术的党棍子想混进台大，许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭，栽赃诬陷，就地打滚，集无耻之大成的各种手段，都对傅先生施用过，而傅先生英勇坚定地绝不为所动，贯彻自己的主张，且与这些丑恶势力对垒作战。”傅斯年坚持教育独立，目的就是抵制政治势力和专制统治者控制教育，把学生培养成为巩固自己政权的工具。作为大学校长，傅斯年同样坚持自己的独立地位，不像某些政府官员那样有严格的等级思想。他的教育独立思想实际上包含了中国传统思想中的“道德”观念和西方的自由平等观念。
坚持教育平等
就教育本身而言，它并没有阶级性，而且历代教育家都曾提倡有教无类，倡导教育平等的思想观念。但是实际上教育是阶级统治的工具，在阶级社会，教育始终是为统治阶级服务的，教育平等很难真正实现。傅斯年作为具有自由主义倾向的教育家，虽然他不可能向教育民众化方面走得太远，但他一生都在为实现教育机会均等的理想而努力。从早年他就一再强调贫富人家子弟受教育的机会应该均等。虽然他自己也认为这在当时是不可能的，但是作为他的理想和追求，他一生都在为实现他的理想积极奋斗。他在任职中山大学、兼职北大、参与教育讨论时不止一次地提出以多设奖学金的方式帮助出身贫苦的优秀子弟，使其不失去求学的机会。他在出任台湾大学校长后，更是在力所能及的范围内实现自己的理想。他在台湾大学设置了多种奖学金、奖助金，如工读奖助金、成绩奖、台籍贫寒学生救济金等，除此以外，他还多方设法，争取为贫苦学生的学习提供方便。更为难得的是，他把这一切作为办学的一项目标努力促其实现。他去世前列席台湾省参议会，回答参议员对台湾大学校务的质询，在谈到扩大招生和保留奖学金制度时，他坚决地说：“奖学金制度不应废止，对于那些资质好、肯用功的，仅只为了没钱而不能升学的青年，我是万分同情的，我不能让他们被摈弃于校门之外。”他还强调说：“我们办学，应该先替学生解决其所有之困难，使他们有安心求学的环境，然后才能要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决，不让他们有求学的安定环境，而只求他们努力读书，那是不近人情。”傅斯年作为一个教育家，虽然他无力实行教育向社会平等开放，而只是以多设奖学金的方式解决贫苦学生的求学问题，只能使极小的一部分人受益，但他在当时已经意识到教育不平等的问题，并为此而积极努力，说明他对此问题已有相对成熟的思想。而这种观念正是教育应实现的根本目标之一。
批判传统教育思想
虽然傅斯年早年所接受的是系统的传统教育，但他的思想基本上是在新文化运动时期成熟和定型的，也就是说，他教育思想体系的确立主要是建立在对传统教育思想批判和否定的基础之上的。正因为如此，他对传统教育基本上持否定和批判的态度，于是，在以后长期的教育实践中，对封建传统教育的批判和改革便成为他教育思想的组成部分。
第一，对传统读书做官的士大夫思想意识进行批判。历史证明，思想意识的变革难于行政体制的改革，这在中国近代教育的变革方面表现得特别明显。清朝末年，一些具有新思想的人士认识到，若不改革封建传统的教育和科举制度，必会导致中国亡国。清朝统治者迫于内外压力，开始设立新学堂，学习西方，改革教育内容，但是从学生到社会，思想意识的改变并不明显。辛亥革命后，孙中山自信地向教育界宣告：“今破坏已完，建设伊始，前日富于破坏之学问者，今日当求建设之学问。”于是民国政府开始对教育体制进行改革。蔡元培出任第一任教育总长，提出“五育”并举方针，废止尊孔读经，倡导男女同校，试图改革教育的传统思想意识，但自袁世凯执政后，又出现封建传统的教育内容和思想意识回流的现象。这种状况使许多教育家认识到：几千年的封建教育，以儒家文化为主要内容，以培养仕宦之才为主要目的，由此而产生的重道轻艺、贵义贱利、读书做官的教育观念和价值取向已经广泛地渗透到社会各阶层，形成了一种深沉的文化心理积淀。要改革教育，必须首先破除旧的思想意识和观念，至少要与教育体制和内容的改革相应进行。
傅斯年早在青年学生时期就已经意识到，中国的所谓新式教育，实际上仍是传统封建教育的继续。他在20世纪30年代曾深刻地指出：“中国的学堂自满清末年创办的时候起到现在，从不曾上过轨道，而近来愈闹愈糟，直到目前教育界呈露总崩溃的形势”。其根本原因是“学校教育仍不脱士大夫教育的意味”。他认为改革教育必须重视改革传统的士大夫思想观念，“去遗传的科举思想，进于现世的科学思想；去主观的武断思想，进于客观的怀疑思想；为未来社会之人，不为现在社会之人；造成战胜社会之人格，不为社会所战胜之人格”。只有教育思想意识的改革才能促使教育彻底改革。因此，变革中国传统的士大夫思想意识便成了傅斯年在教育方面的一个重要努力方向。
第二，对以儒家经学为主的教育内容的看法。儒经是中国传统文化的主体组成部分，也是秦汉以后教育的基本内容和选拔人才的基本依据，几千年来一直为统治阶级所提倡和推崇，直到近现代仍在思想教育领域具有相当的权威性，传统文人将其视为“国粹”而加以保护。教育中儒经的保留与摒弃成为教育界长期争论的重点问题。傅斯年一直坚持批判儒学，反对读经。早在新文化运动时期，傅斯年就追随蔡元培、胡适、鲁迅等人对尊孔读经进行了尖锐而激烈的批判。他在20世纪30年代强烈反对国民党政府宣扬读经。他认为：经学从来就是专制统治者愚弄士人知识分子的工具，在现代，经学作为学生学习内容，不可能促使国家强盛、社会进步，他说：“读经从未曾独自成功过，朝代的缔造也不曾真正靠它过，只不过有些愚民的帝王用它笼络学究。”尤其是历史发展到现代，学生迫切需要科学知识，而统治者提倡读经，是背离社会发展方向的。他强调指出：“六经中的社会不同于近代，因而六经中若干立义不适用于民国，整个用它来训练青年，不定出什么怪样子，更是不消说的了。以世界之大，近代文明之富，偏觉得人文之精华萃于中国先秦，真正陋极了。”因此，他坚决主张以现代科学知识代替儒经作为学生学习的基本内容。
第三，反对压抑个性的传统教育方式。发展和压抑个性是中国近现代资产阶级教育和封建传统教育的重要分歧。传统的封建统治者和教育家重视规范，培养人们服从的习惯和奴性，极力压抑个性，培养人服从专制统治，要求人们无条件服从君父长上。而资产阶级教育家和民主主义革命家则强调发展个性，独立、自由地认识自然和社会，充分发挥个人才能。傅斯年将这种思想阐发为：“为公众的福利，自由发展个人。”他还进一步阐述了个性与社会的关系，指出社会的“善”是“个性”发展的结果。“‘善’是‘个性’发出来的。没有‘个性’就没有了‘善’”。傅斯年一生以此为准则，他的一位学生曾对此评论说：“此种观念，先生不仅言之，且亦身体而力行之，三十年如一日。惟其主张自由发展个人也，故其行则独立，言多谠论，惟其主张为公众谋福利也，故其一生最乐于成人之美，尤乐于指导青年，提携后进。”主张尊重和发展个性，不仅是他一生的行为准则，而且是他教育思想中颇有价值的组成部分。
综上所述，在批判封建传统教育方面，傅斯年实际上吸收了资产阶级自由主义思想，与同阶级属性的人相比，无论在思想方面还是立场方面，都显得更为激进，对问题的认识也比较深刻，但与持马克思主义思想的人相比，则难以相提并论，这在分析、认识问题的角度方面表现得尤为突出。
