前已提及，燕铁木儿在大都发动宫廷政变后，对众多不愿归附的元廷官员进行诛杀或流放。致和元年七月，燕铁木儿在大都手缚平章政事兀伯都剌、伯颜察儿，分命勇士逮捕中书左丞朵朵，参知政事王士熙，参议中书省事脱脱、吴秉道，侍御史铁木哥、丘世杰，治书侍御史脱欢，太子詹事丞王桓等。八月，燕铁木儿将兀伯都剌、铁木哥诛杀，朵朵、王士熙、伯颜察儿、脱欢等被流放远州。另外，在两都之战中，辽王脱脱，左丞相倒剌沙，平章政事乃马台，驸马孛罗帖木儿，平章蒙古塔失、雅失帖木儿，枢密副使阿剌帖木儿，阳翟王太平，诸王朵罗台、灭里铁木儿、脱木赤，御史大夫纽泽以及撒的迷失、也先铁木儿、忽剌台、安童、塔海等大臣皆被杀，大批在上都的诸王、大臣，如泰定帝太子，梁王王禅，诸王秃满迭儿、阿剌不花、秃坚等兵败逃亡。这些被诛杀、流放以及逃亡官员的家赀、封地等，则大多被充公或转赐他人。至于那些在上都被围后投降大都方面的官员，后来虽免于追究，但很多仍被削去官职，不复任用。可以说，两都之战导致了元廷内部的又一次大分裂。
天历元年十月，文宗以梁王王禅府邸赐给诸王铁木儿不花。甲辰，晋邸及辽王所辖路、府、州、县达鲁花赤均被罢免囚禁，选流官取而代之。乙卯，文宗以倒剌沙宅邸赐给不花帖木儿，倒剌沙子泼皮的宅邸赐给斡都蛮，内侍王伯颜的宅邸赐给唐其势。十一月，中书右丞相燕铁木儿奏请以纽泽田宅赐给钦察台。燕铁木儿同时上奏，晋王及辽王在自己封地所任命的达鲁花赤虽然已被罢黜，但他们所推荐的宗正府札鲁忽赤、中书断事官，都是他们的亲信，也应该予以革罢。文宗随即采纳了燕铁木儿的意见。十二月，文宗又以梁王王禅的奴婢赐给镇南王铁木儿不花及右丞相燕铁木儿，以王禅弓矢赐燕铁木儿、伯颜。燕铁木儿还奏准以马某沙等九人的田宅赐给燕不邻等九人。
天历元年十二月，中书省大臣奏准，陕西行省、行御史台的官员，曾经焚毁文宗的诏书，论罪当被流放，文宗虽然赦免了他们的罪行，但以后应永不录用这些官员。同月，江南行御史台奏言：“辽王脱脱，自其祖父以来，屡为叛逆，盖因所封地大物众，宜削王号，处其子孙远方，而析其元封分地。”辽王为世祖朝东道诸王乃颜的后裔，是蒙古黄金家族的重要成员，在东北地区拥有辽阔的封地和众多附属民。不过，天历二年八月，文宗封辽王脱脱的后裔牙纳失里“为辽王，以故辽王脱脱印赐之”。足见江南行御史台御史奏言并没有被完全采纳。蒙古札剌亦儿部木华黎国王五世孙朵罗台，也因为在两都之变中支持上都的泰定帝后王而被杀。“天历元年，朵罗台国王自上都领兵至古北口，与大都兵迎敌。事定，文宗杀朵罗台。”天历二年，文宗以木华黎六世孙朵儿只袭国王爵位，并下诏让他返回在辽阳的封地。（《元史》卷三十二、三十三《文宗本纪》；《元史》卷一百三十九《朵儿只传》）
泰定帝朝，以左丞相倒剌沙为首的回回人受到重用，文宗即位后，回回人的势力受到打击。天历元年八月，中书左丞相别不花奏言：回回人哈哈的自英宗至治年间持官钞，违制前往番邦贸易，获得大量宝物，按照朝廷法令，这些宝物应该没收充公，而泰定朝倒剌沙偏袒本族人，不同意这样做，现请籍没哈哈的之家产。文宗同意了左丞相别不花的奏言。同月，文宗诏谕朝廷内外：近来以奸臣倒剌沙、兀伯都剌阴谋不轨，变易祖宗成宪，现已将他们治罪。凡没有参与他们阴谋的回回人，可以安心生活，不必惊恐，有借机煽动、蛊惑人心者，必将严惩。天历二年正月，朝廷下令回回人户与普通百姓一样都要服差役。（《元史》卷三十二《文宗本纪一》）
如果说两都之战导致了蒙古统治者中武宗后王的支持者与泰定帝后王的支持者之间的分裂，那么文宗与明宗之间的皇位之争则导致了武宗后王支持者内部的进一步分裂。在很多朝臣看来，明宗的暴卒显然与文宗及其支持者有关，所以明宗死后，朝中官员有人借口有病不出来理政。至顺元年（1330）六月，知枢密院事阔彻伯、脱脱木儿，通政使只儿哈郎，翰林学士承旨教化的、伯颜也不干，燕王宫相教化的、斡罗思，中政使尚家奴、秃乌台，右阿速卫指挥使那海察、拜住等，阴谋发动政变，计划败露后，这些人均被诛杀弃市、籍没家产。至顺三年（1332）四月，安西王阿难答之子月鲁帖木儿，与畏兀儿僧人玉你达八的剌板的、国师必剌忒纳失里沙津爱护持图谋不轨，文宗得到消息后，命宗王、大臣将他们拘押，随后三人皆被杀并籍没家产。有些反对文宗统治的诸王、官员甚至借着“明宗太子”的口号煽动政变。
文宗朝，四川行省与云南行省纷纷起兵反对文宗统治。天历元年十一月，四川行省平章政事囊加台自称镇西王，以其省左丞脱脱为平章政事，前云南廉访使杨静为左丞，并杀害四川行省平章政事宽彻等官员，烧毁栈道，举兵对抗朝廷。据载，囊加台起兵实际上是欲“翊戴明宗”。文宗迅速调兵镇压囊加台的反叛，同时下诏安抚。天历二年四月，湖广行省参知政事孛罗奉诏到四川，赦免囊加台等人的罪行，囊加台等人愿意归附，至此，文宗平定了四川行省的叛乱。不过，天历二年八月明宗暴崩后，文宗担心囊加台会再度反叛，立即派人将囊加台杀害，以绝后患。
云南行省在两都之战中持观望态度，天历元年九月、十二月，文宗两次遣使召云南行省左丞相也儿吉尼，可能也儿吉尼此时已受制于云南蒙古诸王，便没有去朝见文宗。天历二年三月，云南诸王答失不花、秃坚不花及平章马思忽等，集众五万，历数丞相也儿吉尼专擅十罪，准备将他杀害，也儿吉尼趁机逃到八番之地，答失不花等随即自行任命云南行省参知政事等官。文宗为了安抚诸王，对此事没有追究到底。到至顺元年正月，云南诸王秃坚及万户伯忽、阿禾、怯朝等正式举兵反叛，此次云南行省境内的反叛规模甚大。元廷命豫王阿剌忒纳失里、镇西武靖王搠思班等统帅云南、四川、江浙、河南、江西、陕西、朵甘思、朵思麻等处军队进行镇压。直到至顺二年（1331）三月，元廷才基本平定云南行省境内的叛乱。从云南诸王的反叛时间来看，这次反叛应该与明宗被弑杀有密切的关联。天历二年十月，文宗诏：“云南八番为囊加台所诖误，反侧未安者，并贳其罪。”可见云南称兵虽晚，举事原因则与四川囊加台相同。（《元史》卷三十三、三十四、三十五《文宗本纪》；《金华黄先生文集》卷十三《史惟良神道碑》；《金华黄先生文集》卷二十五《拔实神道碑》；《宋学士集》卷六十一《危素神道碑》；陈得芝主编《中国通史》第八卷）
