继成吉思汗为蒙古可汗的，是其三子窝阔台，这既不符合长子优先权，也不符合蒙古传统的幼子受产权，它是诸王子争权夺利的结果，却也反映出成吉思汗的知人之明。
兄弟相争
蒙古传统的继承权是“幼子守灶”，即儿子们长大以后，都要自己出去创建事业，建立家庭，只有最年幼的孩子可以继承父亲的遗产。成吉思汗铁木真本身是长子，靠着自己的努力创建了蒙古帝国，但他起初并没有考虑身后之事，是按本族传统传给幼子，还是按所征服各民族的习惯传给长子。
成吉思汗和孛儿帖共生四子，即长子术赤（1177～1225）、次子察合台、三子窝阔台和四子拖雷（1193～1232），这四个嫡子中，术赤和察合台勇猛善战，但脾气极其暴躁，另两个则温和得多。
成吉思汗西征花剌子模前，他的次妃也遂进言说：“大汗远涉山川去征战，如果某天发生了万一，四个儿子以谁为主？最好先宣布出来让众人知晓。”成吉思汗点头说：“也遂说得是。这种话，兄弟、儿子和爱将们都不曾提过，我也几乎忘了。”于是召集四个嫡子和爱将们商量，首先问术赤说：“我的儿子里面你最年长，你有什么要说的吗？”
术赤还未回答，察合台先跳出来，大声喊道：“父亲问术赤，莫不是想将国家交付给他？他是蔑儿乞人带来的，我怎么能受他管辖？！”术赤闻言大怒，起身揪住察合台的衣领，喝骂道：“那个谣言，父亲都从来不提，从来不曾以外人看我，你怎么敢这样说？！你虽刚强，但有何本事能压倒我？我和你比赛射箭吧，你如果胜过我，我就将大拇指剁掉；我和你比赛摔跤吧，你如果胜过我，我就倒在地上再不起来！”察合台也针锋相对地揪住术赤的衣领，二人相持不下。
推举窝阔台
成吉思汗早就知道二子不和，这也是他迟迟不肯决定继承人的重要原因，当下他一言不发，面色阴沉。众将上前劝解，阔阔搠思说：“察合台，你为何着忙？你没出生时，天下纷扰，互相攻劫，人不安生，所以你贤明的母亲不幸被掳。你这样说话，岂不伤了你母亲的心？你父亲初立国时，与你母亲一同辛苦，将你等儿子们抚养成人，你母亲之恩如日同明，如海同深，你尚未报答亲恩，怎敢这样讲话！”
众将扯开二人。成吉思汗责备察合台说：“你怎么那样说术赤？我儿子里他最年长，你应该尊敬他这个当哥哥的才是，以后不可再提那样的谣言！”察合台回答说：“我知道术赤的力气和技能，也不用争。诸子中我和术赤最为年长，愿意共同为父亲出力，如有退避，可即刻杀了。但术赤脾气不好，我不服他，窝阔台性格敦厚，我愿意推举他作为父亲的继承人。”
察合台既然这样说了，术赤也就不好再争，他也表态说：“我和察合台共同出力辅佐，就让窝阔台当继承人吧。”成吉思汗这才转怒为喜，说：“你们二人既然相互不服，也不用总呆在一起，天下广大，土地众多，我让你们各守封国好了。你们二人今天所说的话，都要牢牢遵守，别让他人耻笑。”然后转头问窝阔台的意见。窝阔台看父亲确实属意自己，就说：“父亲既然有这个意思，我也不敢退缩，我只能尽力谨慎地去干。只怕后世子孙不才，无法继承下去。”
成吉思汗点头说：“窝阔台说的话，很合我的心意。”再问拖雷，拖雷说：“父亲既然点了窝阔台的名，我也没有异议。今后兄长有所遗忘，我会提醒他；兄长睡得沉了，我会唤醒他；兄长派我去征战，我即刻启程。”于是成吉思汗就正式决定汗位由窝阔台继承，下令合撒儿、别勒古台等四个弟弟，也都选一个儿子继承家业，这作为蒙古人新的继承规矩。
成吉思汗死前对诸子重申：“他（窝阔台）比你们高出一格，他的旨意坚定卓绝，他的见识聪敏优越，凭借他灵验的劝告和良好的见解，军队和人民的管辖以及帝国边界的保卫将得以实现。因此，我指定他为我的继承人，把帝国的钥匙放在英勇才智者的手中。”窝阔台继承蒙古汗位后，重用契丹人耶律楚材，采用汉法，制定赋税制度，又遍设驿站，加强和诸汗国之间的联系。中国史书上称他为元太宗。
