1799年10月16日，拿破仑回到巴黎。他认为自己应先在督政府中争取到一个位置。为此，他做了充分的准备。他先拉拢塔列朗、富歇等大资产阶级代表人物，然后，他考虑从现任五位督政官中选一个合作伙伴。督政官中唯有巴拉斯和西艾耶斯不好对付，拿破仑原本想选择巴拉斯与自己联手，但此君的贪污腐化恶名早已遐迩相闻，法国人对其屡有诟病，都不屑与之为伍。这样，就只剩因撰写《什么是第三等级》而出名的西艾耶斯了。
10月31日，西艾耶斯被邀请到拿破仑的弟弟吕西安的家中。吕西安借哥哥威名，已被选举为五百人院主席。在这里，他们三人秘密策划政变。最终，他们决定于政变当天散布雅各宾派大搞阴谋的谣言，以使元老院和五百人院迁到巴黎近郊的圣克鲁镇；同时为以防万一，还须令元老院委任拿破仑为巴黎武装部队总司令。密谋之后，拿破仑又争取到军方高官或中立或支持的表态；而西艾耶斯也游说督政官罗歇·杜科参加政变，巴拉斯那边则以贿赂令其不会碍手碍脚。
11月9日，即共和历雾月18日，拿破仑发动雾月政变。虽然五百人院代表们多有不服，但军队开到时，他们也不得不宣布解散议会。至于督政府，因为西艾耶斯和罗歇·杜科参与了政变，所以他们自行解职，巴拉斯和另两名督政官也很快辞职。这样，督政府不存在了。当天晚上，元老院宣布建立共和国最高权力机关——执政府，选举拿破仑、西艾耶斯和罗歇·杜科为三大执政官，行使法国的最高权力。
正当人们对拿破仑的执政能力多有怀疑时，他已经开始修改宪法草案了。1800年初，拿破仑的宪法草案经全民投票表决，结果以压倒多数获得通过，这就是著名的“共和八年宪法”。八年宪法确定第一执政的政治体制。作为第一执政的拿破仑可谓大权独揽，无论是军政高官，还是法官或者驻外使节，都可由他任命并且对他负责。
拿破仑法典
拿破仑所有的内政举措中最值得称道的是他制定了民法典，这部俗称“拿破仑法典”的《法国民法典》于1804年3月正式公布实施。而此前，各项法案经过了3年多周详充分的讨论，拿破仑不时参与其中。草案拟定后，参政院先后召开了100多次讨论会，拿破仑尽管要务缠身，还是参加了其中过半数的会议。法典共有2281条，宣布保护私有财产权，否定封建等级特权，规定所有公民平等，保证自由买卖、等价交换和契约自由等原则。其中也有不合理之处，如它限定了妇女的地位，并规定工人没有罢工和结社的权利等。不过就时代而言，拿破仑法典是先进的，它是资产阶级国家最早的一部民法典，为法国资本主义发展奠定了法律基础，并成为欧美各国民法的范本。
拿破仑是靠军事起家，他当然知道军队的力量。所以，他一上台便任命亲信贝赫尔为军政部长，把国家的军权牢牢控制在手中。他还创立了一支完全属于自己的预备军团，为其配备最好的装备。这支军团成为他平内乱、攘外寇的有力武器。
1800年8月，拿破仑主持并亲自参与起草《法国民法典》，到1804年3月，这部法典正式颁布施行，这就是《拿破仑法典》。它以法律条文的形式保护法国人民享有自由、平等、民主的权力，巩固了法国资产阶级革命的胜利果实。
在推行新政的同时，拿破仑还采取一系列措施加强社会秩序的治理。他设置警务部和司法部，大力镇压国内保王党人的叛乱，粉碎各种潜在的对国家构成威胁的阴谋活动。很快，法国国内又恢复了和平稳定。
当国内政局稳定下来时，拿破仑开始着手对付第二次反法同盟的进攻。这一次拿破仑又将第一打击目标锁定在奥地利身上，因为它地处英、俄之间，消灭这个结点，则英、俄两国连接枢纽断裂，定会各自退兵。1800年5月，拿破仑再披戎装，亲率4万大军南下意大利北方战场。在那里，奥地利军队正在梅拉斯的统领下围攻热那亚的马塞纳一部。梅拉斯万万没想到拿破仑会领兵通过阿尔卑斯山的圣伯纳德隘口，所以，他并没有在那个天险地段设置重兵把守。拿破仑大军轻易通过隘口，紧接着一个急行军，于6月2日攻下米兰。然后，法军一路势如破竹，在6月14日时，与梅拉斯的奥军遭遇于马伦哥地区。战斗之初，人数不占优势的法军一度处于下风，但拿破仑镇定自若，要求将士们必须战斗到最后一刻。正在生死关头，德塞将军带领一支法军赶到。原来，他是被拿破仑派去切断奥军从热那亚的退路的。德塞军宛如神兵天降，给了那些因胜利而大大懈怠的奥军以致命一击。奥军败退了，而德塞将军却不幸牺牲。拿破仑为此流下了热泪。
1802年8月2日，法国议会选举拿破仑为法兰西共和国终身执政。1804年5月18日，议会又通过决议建立法兰西帝国，以确保法兰西共和国的成果不被保王党分子攫取。拿破仑成为法兰西帝国第一任皇帝，即拿破仑一世。12月2日，拿破仑一世及皇后约瑟芬在巴黎圣母院大教堂举行了盛况空前的加冕典礼。
