进入90年代以后，两代作家在“三条战线”的创作高峰过去，创作重心也逐步由中短篇向长篇小说转移，军旅文学逐渐黯然；此时，60年代出生的“晚生代”军旅作家中，以阎连科、陈怀国为代表的农家子弟，从当代农民“逃离土地”的人生选择中，在社会结构的松动和社会利益调整的时代大背景下，对“农民军人”进行冷峻而真实的剖析，吟唱出了一组在现代化建设中艰难跋涉的“农家军歌”，让军旅文学在90年代初又成为文坛的一道亮丽风景。陈怀国的中篇小说《毛雪》《无岸的海》《农家军歌》，和阎连科的《夏日落》《和平雪》《中士还乡》《寻找土地》等开始贴近中国农民军人的生存环境、生命意识和生存景况，把关注的目光瞄准了农民军人与乡土中国这一症结，既注意到了前者对后者的反叛，更注意到后者对前者的制约。“农家军歌”可说是“新写实小说”在军营里的别调，因为其叙事伦理与艺术特征均与“新写实小说”无二致，最突出的特点就是作家视点下沉。他们放弃了传统现实主义的理想及批判立场，将自己完全融化于现实生活之中，表达了对世俗和大众的生存现实及思想情感的认同。“农家情结”既让他们对自己的主人公施以更多的同情、怜悯、惋叹或歌赞，又阻碍了他们形而上的批判意识与自审意识的张扬，未能达到应有的高度。刘震云的《新兵连》（1988年）无疑是诱发军旅文学这一思潮的始作俑者，对军旅文学具有重要意义。唱响“农家军歌”的主要是中篇小说，但之后的几部长篇小说却使得这组军歌更具有了厚重感。主要作品有周大新的《走出盆地》（1990年）、黄国荣的《兵谣》（1996年）、陈怀国的《遍地葵花》（1997年）等。
这一时期非军旅作家的军旅题材中篇小说也颇值提及，其中，毕淑敏（《昆仑殇》）、乔瑜（《少将》）、邓一光（《父亲是个兵》）、周梅森（《大捷》《军歌》《国殇》）、尤凤伟（《五月乡战》《生存》）等作家的作品引人瞩目，其浓郁的反思倾向及对人性的深度开掘，为军旅文学注入了一股新鲜血液。
自从“两代作家在三条战线作战”的基本格局于80年代末瓦解后，伴随意识形态语境的淡化与商业环境的强化的双重挤压，军旅文学似乎已经被边缘化。但这样的沉寂似乎正好暗合长篇小说创作自身的规律，也意味着军旅文学作家自身的“转型”，走向长篇几乎成为军旅作家一种文学共识与心态。蓄势已久的军旅长篇小说在90年代中后期终于爆发，军旅作家再次以集团军的方式冲击了文坛，而且以一批优秀之作将军旅文学推上了新的高峰。朱苏进的《炮群》（1991年）和《醉太平》（1994年）、朱秀海的《穿越死亡》（1995年）、韩静霆的《孙武》（1995年）、乔良的《末日之门》（1995年）可以作为这批小说的代表，它们从四个不同的角度——当代军营、当代战争、历史、未来，全面而深邃地展开了对军人形象的新的塑造，对军人价值的沉重追问，对战争与和平的深刻思考。
90年代末，徐贵祥、柳建伟、裘山山、邓一光等作家开始发力，他们先后奉献出《我是太阳》（邓一光，1997年）、《突出重围》（柳建伟，1998年）、《仰角》（徐贵祥，1999年）等作品，为军旅长篇小说在世纪末画上了一个圆满的句号。《仰角》以士兵提干这一敏感话题为切入点，聚焦于W军区别茨山炮兵教导大队7中队63名预提干部苗子一年的训练、生活，进而考察中国当代军人德才素养、个人进退与强军备战的关系，无疑是对军旅文学表现空间的一次拓展。《突出重围》则以过人的胆魄与敏锐，站在谁来保卫21世纪的中国的高度，直面世纪末中国军队的现实处境和可能面临的未来挑战，热切地呼唤“质量建军、科技强军”，表现了对国家利益、民族命运深切的忧患意识和勇于承担的盛世危言品格，拨动了时代与民族最敏感的神经。《我是太阳》是90年代军旅长篇小说中极具分量的力作，作品浓墨重彩地叙述了关山林的传奇人生，刻画了一个钢筋铁骨、爱憎分明的硬汉形象，处处显露出强悍之气，虽带有浓郁的民间色彩，但其永远燃烧的、凄婉悲壮的生命之光照亮了英雄的天空。
新时期30余年文学在中国新文学百年历史中的地位会，与“五四”新文学在多个向度上不仅异曲同工，而且完全可以比肩。军旅文学在这30年中与其它“题材”文学基本上是一种同构关系，80年代中期前的中短篇小说，可谓黄钟大吕，振聋发聩，对思想解放运动及人道主义精神的阐扬和“人”的文学的建构，起到了积极的促进作用；80年代中后期的先锋文学不能不让军旅作家们背负上“文学性焦虑”：如何从集体叙事走向个人叙事，从现实真实走向虚构世界。从现实主义走向吸取多元方法的开放式格局，成为多数军旅作家，尤其是中青年军旅作家的探索与追求。进入90年代，军旅文学一度陷入整体性的低迷。因此，九十年代初的“农家军歌”无疑是军旅文学的惟一亮点。军旅文学首次远离“英雄”，走进军营现实，走进普通士兵世俗的内心世界，长期以来被崇高理想与宏大叙事所遮敝的普通士兵的现实命运与内心挣扎被作家冷静客观地展开。90年代中后期，在全国长篇小说倍受关注和青睐的背景里，蓄势已久的军旅长篇小说终于爆发，军旅作家再次以集团军的方式冲击文坛。他们开始了对战争更深层次的多向度思考，在解构中对历史进行颠覆性言说，以还原更为真实的历史，而且其文学性探索也达到了军旅文学从未有过的高度。
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进入新世纪之后，军旅文学不仅没有停下矫健的步伐，而且以长篇小说为主体的“第四次浪潮”席卷而至。在坚守主流表达和自身文学传统的同时，新世纪军旅长篇小说呈现出了开放性、多样性、复杂性的全新面貌，其中最为核心的变化是“双重回归”：一是回归长篇小说叙事性文体本源，开始注重故事性和形式探索；二是回归文学对象的生命伦理和生活本体，开始关照复杂人性和个人命运，重视日常生活经验的表达。前者，注重个人化写作、自由地虚构、强调叙事及叙事主体自身的意义等等，标示着新世纪军旅长篇小说的叙事观念觉醒和文体观念的自觉；后者，开始关注军人的个人命运和个体经验，在历史、战争和现实层面探寻更为广阔的人性空间和精神存在。
新世纪军旅长篇小说，鲜明地体现出作家借助于诗学诉求建构“非传统”的历史叙事伦理的主体性。整体来看，这种“非传统”大致可以被理解和表述为“非意识形态性”，它首先意味着作家对于“史诗性”宏大叙事模式的放弃与悖离，其次意味着作家在个人化、边缘性和日常经验性的叙事理念之下建构起消弭历史深度和崇高美学风格的“个人化历史”，彰显了迥异于传统的“个人私语”式叙事风格。如《我在天堂等你》《亮剑》《历史的天空》《八月桂花遍地开》《英雄无语》《音乐会》《楚河汉界》《零炮楼》《城门》《寂静的鸭绿江》等。海登·怀特认为，任何历史叙事都是创作主体的个人化叙事，任何历史事实都是在想像中重生。90年代以来，随着“新历史主义”理论的引入和批评方法的兴起，“新历史小说”作为一股文学创作潮流渐趋成熟，军旅作家们放弃了“史诗性”的“宏大叙事”视角，从微观的个人化“视点”切入，把历史改写成了片断式的、具体可感的生命过程与人生经验。这样，宏大的政治历史场景被处理成了具体的生命流程与生存境遇，这既赋予了“历史”以生命感，又感性地还原了历史的原生状态，实现了从历史的“判断性”向历史的“体验性”、历史的“事件性”向历史的“过程性”以及历史的“抽象性”向历史的“丰富性”的转变。
“英雄主义写作”作为当代军旅文学的主导话语和主题叙事，长久以来规约着军旅文学的核心价值和写作伦理，也构成了军旅文学的恒久魅力。新世纪军旅长篇小说“军人伦理叙事”对“战场”的重塑主要包含着三个向度：一是重返战争历史，从当下的历史观念和审美取向出发，更为全面而深刻地表现战争、叙写英雄传奇，如“爷爷”（《英雄无语》）、梁大牙（《历史的天空》）、沈轩辕（《八月桂花遍地开》）、严泽光、王铁山（《高地》）等“另类英雄”形象在电视剧热播的带动下，产生了广泛的社会影响；二是在和平环境下建构“战场”形式，通过演习、突发性军事行动或对过往战争的回忆来“虚拟”战场环境，“设计”战争行动，书写新型军人的英雄情怀，如苗长水的《超越攻击》、徐贵祥的《特务连》、刘猛的《狼牙》、冯骥的《火蓝刀锋》等作品；三是围绕战争准备和部队建设，抒发和平年代军人的战争渴望和战争焦虑，表现新型职业军人一心一意谋打赢的责任感和使命感，如王玉彬与王苏红的《惊蛰》、徐贵祥的《明天战争》等作品。从这些小说中可以看到，战争焦虑和战争渴望已经上升到国家、民族和军队集体的高度，成为一种普遍且有代表性的新世纪军人的职业情绪。这一主题所表征的爱国主义、英雄主义精神不仅切中了军队新军事变革的现实脉搏，强化了军旅长篇小说直面“明天战争”的硬度和质感，同时也必将在广大官兵和普通读者中间产生凝聚人心的作用和不可估量的精神动力。作为“军人伦理叙事”的另一翼，新世纪军旅长篇小说对“职场”的守望，主要基于三个方面：一是在军队特定体制所形成的“职场”氛围中，观照军人的个人前途和职业命运，如《楚河汉界》（马晓丽）、《中国近卫军》（方南江）、《戎装女人》（刘静）等作品；二是以士兵为主要对象，描写基层部队日常生活状态，如《我们的连队》（陶纯、陈怀国、衣向东）、《当兵》（北乔）、《战士》（刘健）、《士兵突击》（兰晓龙）、《兵者》（魏远峰）等作品；三是反映军队特殊战线官兵生活，在不平凡的工作岗位上，书写军人甘于寂寞，牺牲奉献的高尚情怀，如《赌下一颗子弹》（郭继卫）表现军队医学科学工作者的传奇，《向天倾诉》（王秋燕）展现当代航天军人的情感秘密和精神世界，王锦秋、刘慧的《雪落花开》写青藏高原汽车兵的故事等等。
在当代军旅文学中，关涉个人心灵和身体的生命体验式爱情书写，更多地是以点缀性的情节设置和“功能性”的修辞方式而存在。进入新世纪之后，涌现出大量描写军人情爱和婚恋生活的作品，如，《美丽行旅》（张慧敏）、《大校的女儿》（王海鸰）、《家国天下》（王霞）、《爱在战火纷飞时》（柳建伟）、《我是我的神》（邓一光）、《向天倾诉》（王秋燕）、《幸福打在头上》（王棵）、《姐儿门前一棵槐》（何存中）等。上述作品颠覆了既往男性主导下的两性关系，改变了女性对男性英雄的被动、依附和从属的姿态，从女性的生理感受和生命体验出发，将男性置于观照视野中进行审视，开始寻求女性主体意识的自觉和女性情感生活的独立，并且有意识地规避政治话语的束缚和意识形态负载，建构起一种本体性的情爱伦理叙事样态。《大校的女儿》展现了一个女军人对爱情从憧憬、矜持、幻想到失望、妥协、弃绝的人生历程，从女性生命经验出发，耐心而冷静地书写了韩琳从女孩到女人成长的全过程，细腻地建构起一段当代女性军人的心灵史。个人情爱得以凸显、身体经验和生理感受得到尊重，两性关系趋于平等和谐，对真情真爱进行本体性书写，这些根本性的变化标志着新世纪军旅长篇小说，真正回归到了人性立场，回归到了文学本体，回归到了精神和心灵的至深至柔之处。
伦理只有进入叙事或者说进入生存才能凸现它的存在价值。但这并不意味着军旅文学可以顺从甚至迎合大众的世俗化娱乐消费。当代军旅作家对此当有清醒的认识并意识到，当人们摆脱了基本的物质生活的困扰之后，对精神文化的需求就变得格外迫切与重要。只有在中华民族的伟大复兴过程中为建构和弘扬国家/民族核心价值观不断地提供精神引导和支撑，军旅文学才能永葆生机和活力。
