马上得天下，但不能靠马上治天下。对此，朱元璋有着非常清醒的认识。因此，明政权建立后，他采取了一系列的思想、文化方面的建设和政治体制的改革。一方面用儒家思想来控制人的行动，维护自己皇权统治的合理合法性，为封建国家培育人才；一方面削弱了重臣元勋的政治、军事实权。皇权则因此而得以空前的加强。从而防止了权臣擅权、军阀割据隐患的发生。
□设太学，重儒教，兴文化
洪武元年（至正二十八年，1368年），为使封建土子后继有人，朱元璋又在都城应天设大本堂，取古今图籍充实，延儒臣教授太子诸王，选才俊之士充伴读。以孔子五十六世孙孔学袭封衍圣公，进秩二品。第二年又增设国子学舍。他说：“太学是培养人才的地方自古君王都很注重太学。”
这些儒生进入各级学校后，学习儒家经典，成为合乎朱元璋要求的治国人才，为兴礼乐、明教化、推行封建礼法制度准备了新的梯队。接着，他重开科举，于至正二十七年下令设科取士：“盖闻上世帝王创业之际用武以安天下，守成之时，讲武以威天下，至于经纶抚治，则在文臣，二者不可偏用也，兹欲上稽古制，设文武二科，以广求天下之贤……有司预为劝谕，民间秀士及智勇之人以时勉学，候开举之岁，充贡京师，其科目等第各有出身。”
朱元璋对科举制度的贡献在于，他在历史上首次以八股文取土。所谓八股文，亦称时文、制义或制艺。每篇由破题、承题、起讲、人手、起股、中股、后股、束股八部分组成，由破题至人手，都只是为议论所做的准备。自起股至束股才是正式的议论。四股之中，规定须各有两股排比对偶的文字，合共八股，故称八股文。八股文的题目均于《四书》、《五经》文句中选出，考生答题也均须按照朱熹《四书集注》等书，所谓代圣人立言，不许自由发挥，每篇以三百字至七百字之间为宜。这种文体是朱元璋和刘基共同创制。本来在一开始，具有考察考生对圣贤经传的掌握程度和运用理解程度的较积极作用，但由于这种文体本身形式呆板，极易束缚创造意识，结果弊大于利。朱元璋之实行八股文，起初提出“代圣贤立言”的宗旨，规定不许发挥自己见解主张的原则，用意就是使考取的读书人循规蹈矩，作圣贤的忠实门徒和听话守本分的臣子，其精神统治之严密和强大，由此亦可见其一斑。
在“独尊儒术”的指导思想下，朱元璋任用了一大批听话的儒士，建立了一整套合乎儒家规范的礼法、宗法制度。自唐以降到了宋朝，以朱熹、程灏为代表的宋儒理学兴起，进一步加深了封建礼法对人们思想行为的束缚和迫害，而儒家思想在接受了宋儒理学这一新衍生思想之后，进一步失去了在指导国政、规范世态人情方面的积极作用，而彻底沦落为封建统治者的御用工具。到了明朝，资本主义萌芽已有前生，自由思潮也已渐起，但礼法制度不但没有宽松迹象，反倒比宋、元时期更为严谨和禁锢，正说明了朱元璋在维护集权统治上的苦心。
封建专制的历史早已表明，儒家思想是封建王朝的有力精神武器，但由于思想体系十分博杂，能透彻理解掌握精义的只有那些经过“十年寒窗苦”的读书人，一般百姓因不具备学习条件，只能受到一些间接的影响。为了加强对普通百姓的教化，使普通百姓也能掌握儒家思想中对他们起麻醉作用的那一部分，朱元璋将儒家思想工具化、功利化，将要旨归纳为“敬天”、“忠君”、“孝亲”三点精要，编成专书，在民间流传，书名叫做《精诚录》。其中的“敬天”，可以说是维护君主权力的重要工具，借“天”来抬高君主的地位，将王权染上一种神性的色彩，宣扬君主受命于天，亦即所谓的“真龙天子”，以此来证明封建专制统治和维护这种统治的三纲五常是上天的安排，是天理的体现。朱元璋所要求的敬天，其实就是敬君，敬君主的“神圣王权”，也就是说臣民们要俯首帖耳地服从帝王统治。“忠君”则规定臣民须无条件服从君主意志，忠于君主。儒家的“三纲”为：“君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲”，朱元璋视为至宝极力鼓吹。“孝亲”则与“忠君”相辅相成。《大学》道：“身修而后家齐，家齐而后国治，国治而后天下平。”抓住治家也就是抓住了根本，只有家庭秩序得到维持稳固，君主的专制才能确保无虞。为了宣扬“孝亲”思想，朱元璋命制《孝行图》，同时又御制《大诰》，规定：“臣民之家，务要父子有亲，率土之民，要知君臣之义，务要夫妇有别，长幼有序，朋友有信，众尊有德。”可见，朱元璋所宣扬的“孝亲”思想其实还是以“忠君”为目的。
□对国家行政机构的改革
扩张皇权，集军政法三权于一身，如此专制必成封建制国家的政体，自然是按照封建统治者统治天下的需要而建立起来的，因此封建的国家行政机构，处处都要体现统治者一人独裁的意志。为了使行政机构更适合君主的需要，历史上很多帝王都曾对政体做过削足适履的改革，以防止个别成长起来的势力危害君主的权威地位。朱元璋强化集权统治的关键一步，也是对国家政治体制的改革，集政、法、军权于一身，使皇权扩张至顶峰。
皇权的至高无上是实现皇帝独裁、大臣辅政的先决条件，既然这是必由之途，首先就要在政治体制中确立、体现出来。元朝时于中央设中书省以总理全国政务，中书省的大权实际是在左右丞相手中掌握，如此则中央权力必然会过分地集中于中书省，造成左、右丞相权力的膨胀，因而丞相虽然起到了辅政的作用，可同时又起到了限制政权发展的作用。而在地方设置行中书省，从建制上仿效中书省，掌握了各地的政、法、军权，号称“外政府”。正缘于此，元朝后期各自为政，往往擅权自专，不听朝廷调度，形成了分裂割据的局面。正如我们所知，朱元璋渡江后建立的宋政权江南行中书省，也仿效了元朝这种政体，因此一应军国大事均不需向小明王奏请，朱元璋得以扛山坐大。因而可以说元制的种种弊端，是朱元璋亲历亲闻，所以他既然在前期从这种行政制度中得到了好处，后期却担心部下起而仿效。
正如朱元璋所担心的那样，明朝建立以后，臣僚越礼非分、违法通制的事件层出不穷。有鉴于此，他已经感觉到改革行政机构势在必行。
洪武三年，朱元璋指出：“夫元氏之有天下，固由世祖之雄武，而其亡也，由委任权臣，上下蒙蔽故也。今礼所言不得隔越中书奏事，此正元之大弊也。君不能躬览庶政，故大臣得以专权自恣。”他之所谓的“躬览庶政”，就是指皇帝要亲预朝政。本来如完全遵照元制，各种政事的处理在中书省便已基本定案，至皇帝处批准就行了。而将政事公文直接递交皇上，越过中书省，也就违背了元制逐级奏请的定制。朱元璋在这里提出要亲预朝政，就意味着他允许这种逾制，将一部分本由中书省处理的政事揽在身上，这标志着他着手削弱中书省的权力职能，进一步扩大皇权的开始。
至洪武九年六月，经过六年的经验准备和思想准备之后，他下令改行中书省为承宣布政使司，废除行省平章政事、左右丞等官职，改参知政事为布政使，以“掌一省之政”。主要管民政和财政。布政使是皇朝派驻地方的使臣，朝廷的政策、法令和派给地方的多种任务，通过他们下达各府、州、县的地方官员。全国除南京为京师直辖外，分为浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西十二个布政使司，随着云南的平定，又增设云南布政使司，共为十三个布政使司。各布政使司的管辖范围与元朝行中书省相仿，但不包括各处的卫所。相较而言，布政使司的职权比元朝的行中书省大大缩小，性质也发生了改变，布政使司的长官是朝廷分派各地的使臣，凡事皆需秉承皇帝意旨，使地方的权力集中于中央，有效地避免了各地的擅权自专。
在承宣布政使司之外，各行省还设提刑按察使司，以按察使为长官，掌一省刑名按劾之事。又设立都指挥使司，以都指挥使为长官，管辖所属卫地，掌一方军政。都指挥使司与布政使司，提刑按察使司同为朝廷设在地方的派出机构，合称“三司”。三司互不统属，在地方三司分立行使各自职权，均由皇帝直接指挥。凡遇重大政事均需由三司会议，上报给中央的部院。这样不仅削弱地方的权力，强化了中央集权，而且各地方机构职能专一，互相牵制，既力口强了统治效能，又便于皇帝直接控制。对布政使司之下的地方政治机构，朱元璋也加以极大地简化。将元朝的路、府、州、县归并为府、县二级，除府、县外，个别保留州的建制，分府属州和直隶州，地位分别等同于县、府。这样，地方政权的层次简化减少，皇帝命令的逐级下达也就通畅起来。
接着，朱元璋又回过头来对中央机构进行进一步的改革。由于洪武初期先后发生的李善长为代表的淮西集团把持朝廷事件和胡惟席党案，朱元璋感觉到元朝丞相制度是君主专政的障碍，为此他说：“昔秦皇去封建，异三公，以天下诸国合为郡县，朝廷设上、次二胡，出纳君命，总理百僚。当是时，设法制度，皆非先圣先贤之道。为此，设相之后，臣张君王威福，乱自秦起。宰相权重，指鹿为马。自秦以下，人人君天下者，皆不鉴秦设相之患，相人而命之，往往病及于郡国者。”及至洪武十三年正月，左丞相胡惟庸因“谋危社稷”被处死，朱元璋对大臣们宣布道：“朕欲革去中书省，升六部，仿古六卿之制，仰之各司所事，更五军都督府，以分领军卫。如此则权不专于一司，事不留于塞蔽。”接着便废除了中书省和丞相，将中书省的权力分属于吏、户、礼、兵。刑、工六部，将各部尚书由原先的正三品升至正二品，侍郎由正四品升为正三品，下属郎中、员外郎。
六部职权加重，同时又分司政务，取代中书省成为全国最高行政管理机构。至此，中国历史上相沿已久的丞相制度被彻底废除，皇权空前扩大了。
在废除中书省的同时，朱元璋又撤销大都督府，改设前、后、左右、中所谓的五军都督府，以分散中央军事机构的权力。并规定五军都督府管兵籍，掌军政，但无调动军队之权，兵部掌军官控选和军令，但无直接指挥军队的权力。“征伐则皇帝命充总兵官，调卫所军领之；既旋则上所佩印，官军各回卫所”，“兵部有出兵之令，而无统兵之权；五军有统军之权，而无出兵之令……合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”，这样，军权也就会完全掌握在了皇帝手中。
御史台本是中央的监察机构，但在洪武十三年，朱元璋宣布废除，而于十五年改置都察院，并赋予更大的职权，代表皇帝对行政和军事系统实行监督。都察院的长官为左、右都御史，负责“纠劾百司，辨明冤枉，提督各道”，凡“大臣奸邪，小人构党，作威福乱政者”、“百官偎葺贪冒，坏官纪者”、“学术不正，上书陈言变乱成宪，希进用者”，均可举发弹劾，遇有朝勤、考察，还可“同吏部司贤否陟黜。”朱元璋说：“以六部为朕总理庶务，都察院为朕耳目。”
洪武十四年，朱元璋又置大理寺，长官为大理寺卿，“掌审诚平反刑狱之政令”。刑部、都察院、五军断事官所推问的狱讼，均需将案牍和囚徒移交大理寺复审，“凡狱具，未经本寺评允，请司勿得发遣”。它与刑部。都察院合称三法司，组成了一个纠举、审理、复核的完整司法过程。这样，司法部门也被分散了权力，并互相牵制，利于皇帝操纵。
经过改革和整顿，明朝中央集权制度在唐、宋基础上又大大地向前迈进了一步。行政、军事、司法监察三大系统分立，最高决策权则统于皇帝，朱元璋因此成为历史上权力最大的封建独裁者，明朝也成为中国历史上封建中央集权最为成熟最为完善的封建专制王朝。
