2000年6月，陈慧琳身为“联合国儿童基金中国大使”远赴青海山区，探访当地儿童。
2002年7月成立其“陈慧琳儿童助学基金会”，迄今为止已在内地援建希望小学28所，并其基金会曾捐资予内地白内障儿童医病，同年，成立“陈慧琳儿童助学基金”，已经帮助了成千上万名香港和内地的儿童完成了自己的学业。她还亲自到内蒙古和青海，为失学儿童筹款。在贵州兴建了两所翰林小学，频繁出席公益活动。因其在慈善事业上的努力，10月，陈慧琳被评为香港“十大杰出青年”。
2004年10月20日，被选为“世界杰出青年”。
2005年9月，陈慧琳响应“大学生圆梦行动”为100名困难大学生捐助一年学费44万元人民币。
2008年2月：为中国南方雪灾捐款30万港元。5月12日：为汶川地震捐款60万元人民币。（合资人：演唱会主办单位）9月，陈慧琳应邀出席香港ECCO举行的2008秋冬时装秀，这次担任嘉宾却没有分文进袋，而是请主办方捐赠了30万港元予自己创立的“陈慧琳儿童助学基金”，以资助香港及内地建设学校和教学配套之用。
陈慧琳表示被之前四川大地震中失去学业的孩子感动，便决心利用她的“陈慧琳儿童助学基金”帮助他们回到校园，到目前为止助学基金已经在四川建起了4所希望小学。不过陈慧琳显然还没有满足，她表示现在四川的孩子失学情况依然很严重，自己希望在婚后的最短时间内再建立8座希望小学，更通过在场媒体的声音呼吁社会上的善长仁翁多多捐助。大婚前夕不忘宣传慈善工作，如此乐于为慈善公益事业出尽每一份力，看来她不单是“最勤劳新娘子”，还是“为善最乐新娘子”。
2009年，曾受惠于基金的香港市民已超过10000人。基金更先后于中国内地，包括：贵州、云南、四川、山东及甘肃等地兴建超过30所学校。
2011年，负责调查慈善机构的评级结果和资金需求分析的网站“明施慎选”评“陈慧琳儿童助学基金”为“最佳慈善机构”。
