唐太宗平定吐谷浑之后，继续经营西域，用兵高昌。
西汉时的车师前王庭国是高昌国的前身。晋朝时，那里人丁昌盛，地高宽敞，遂以此地为高昌郡，以交河城为郡治所，设太守统辖。后魏文帝末年，这一地区为茹茹占据，立阚伯周为王，这是高昌称王的起初阶段。
伯周去世后，其子义成继承王位，后来其堂兄首归害死他，首归自立为高昌王后，铁勒阿伏至罗又将其杀死，铁勒立敦煌人张孟明为高昌王。不多时候，孟明被手下杀死，马儒被立为王。马儒派使者到后魏请求内属，但依恋故土的高昌人不愿东迁，遂杀马儒，立金城榆中人麴嘉为王，又成了茹茹的属地。铁勒击败茹茹后麴嘉随而臣服于铁勒。麴嘉死后，子坚嗣位。
高昌的都城交河城，周长达一千八百四十步。主要官员有令尹、田北公、交河公，这都由王子担任，其他官职大致与中原王朝相同。大王决定并主管朝中大事，太子和交河公、田北公决定并评断、处理日常琐事。
高昌气候温暖，地多沙漠，可耕地土质肥沃，谷麦一年可以两熟。还适宜种棉花，俗称“白叠一条”。高昌人以采花织布来做衣料，用之所剩也拿到市场上做买卖。又盛产葡萄，能酿出醇美的葡萄美酒。民俗信奉天神，也兼信佛法。男子身穿胡服，辫发到背，女子身穿汉人的裙襦，发辫长至地面。文字以汉文为主，兼用其他文字。赋税计田收银，无银收麻布。刑法及婚姻丧葬风俗也似于中原汉族。
长安到高昌的距离大约是四千三百里，有两条通道：一条称伊吾路；另一条是捷径，要横穿沙漠千余里，从武威西北出发，茫茫大漠中，需寻人畜遗骨及骆驼粪行进。有时会有哭声在途中飘荡，但是，如果真的去寻找，则是绝对找不到的，这是毫无疑问的。于是传说有魑魅魍魉作祟。因此商客东西往来多取伊吾路。
唐初，高昌疆域南北五百里，东西八百里，有二十一城，拥兵万人。武德二年（公元619年），麴伯雅死后，子麴文泰掌权，仍旧以华容公主作为自己的妻子，并派使者到唐告哀。朱惠表被高祖派去前往吊祭。武德七年（公元624年），麴文泰进奉拂林狗雌雄各一。此种狗长尺余，高六寸，能曳马衔烛。中原自此始有拂林狗。太宗李世民即位，麴文泰派使者献玄狐裘，华容公主被太宗回赏了花钿一对，接着太宗又得到了华容公主进贡的玉盘，其真心和好的意思是显而易见的。而且，麴文泰经常向唐通报西域各国的动态。贞观四年（公元630年），麴文泰亲自入唐朝见，太宗以礼相待，归时赏赐丰厚。在华容公主的请求下，唐太宗下令赐她姓为李氏，并改封她为常乐公主。次年正月麴文泰又入唐朝见，太宗也盛宴款待。
贞观六年（公元632年），唐、高昌两者关系急剧恶化。这年七月，焉耆国使者入唐进贡，并请求重新开通由焉耆到唐的大碛路，以便于往来，唐太宗答应了他的请求。这条大碛路自隋末以来就阻塞不通，高昌国是高昌西面国家人唐必经之地，因此，它垄断了丝绸之路的贸易往来。大碛路一旦开通，高昌就不是西域各国使者和客商入唐的必经之路了，自然就影响了它的经济利益。因此，高昌竟然派兵袭击焉耆，大掠而去。此后，麴文泰经常阻遏西域入唐朝贡使者和客商通过。为了抗衡唐的压力，高昌又与和唐对立的西突厥乙毗咄陆可汗结盟，与唐明争暗抗，从而更加有恃无恐。唐太宗下诏令麴文泰归还逃奔到高昌的中原汉人，这些人有一部分是逃到东突厥以避隋末战乱的，而颉利可汗被唐战败后，又有一些人逃到高昌；但麴文泰隐匿不还。
高昌王麴文泰多次阻止西域诸国向唐帝国进贡。西突厥先使伊吾臣服，不久唐又使它归属唐朝，西突厥同麴文泰共同讨伐伊吾。太宗寄书责备麴文泰，召回大臣阿史那矩，想与他议事，麴文泰不让他出来，而派其长史麴雍前来谢罪。颉利可汗死后，大多数生活在突厥的人投奔于高昌，太宗下诏令麴文泰放他们回到唐朝，麴文泰不将他们释放。又与西突厥一同进攻焉耆，焉耆将此事向唐朝廷汇报。太宗派虞部郎中李道裕前往征询情状，并且对高昌来使说：“高昌也太不把我大唐放在眼中，区区一个小国，这几年以来，不向我大唐进献贡品，不行藩臣的礼节，官职称号，均同大唐的设置相同，为防备大唐的讨伐，掘沟挖城。我大唐使者到那里，麴文泰对他说：‘鹰飞翔在天空，猫戏游于厅堂，鸡伏窝于草蒿，鼠嚼食于洞穴，各得其所，肯定能让他们发展，得到喘息的机会。’再派使者对薛廷陀说：‘你既然身为可汗，就应同唐皇帝平等，为何要拜他的使者呢？’离间周围邻国作恶，又待人无礼，不除去他，怎么能劝善止恶！高昌将被讨伐。”
贞观十四（公元640年）三月，薛廷可汗闻听唐要东征，派使入唐请求为唐军作向导，于是太宗派民部尚书唐俭和执失思力带缯帛赏赐薛廷陀，谋划合力攻取高昌。但是太宗对麴文泰幡然悔悟、归顺大唐抱着一线希望。随后又下玺书晓谕祸福，还召麴文泰到唐朝，但是他都装作有病不来。太宗震怒，在十二月初四，以侯君集为交河道大总管，薛万均为副，与东突厥各部等步骑会合，共数万人出师征讨。
听说唐朝已发兵前来讨伐，高昌王麴文泰对其臣僚说：“从唐到此相隔七千里，而且光沙漠就绵延四千里，既无水草，而且热风如同火烧一般，怎么能派大部队呢？以前我去过唐朝的陇北一带，当时只见眼前人烟稀少，一片萧条，不能与隋朝时相比。现在唐朝派军队来攻伐，粮草必定供给不足，兵少了，又奈何不了咱们，我们应当以逸待劳，坐等他们疲敝。如果他们陈兵城下，二十天之内，只管叫他粮尽兵退，然后我们就能趁机把他们俘虏。难道还有什么忧虑的吗？”但等到听说唐朝部队兵临碛口，他又内心恐惧，不知所措，最后发病死去，他的儿子智盛即可汗位。
唐朝的军队到了柳谷，探子说近日要安葬麴文泰，高昌国内人士都聚集在葬地。将领们都觉得这时候正好发动袭击，侯君集说：“不可。大唐天子以为高昌怠慢无礼，因此才派出正义之师。如今要是在安葬墓地袭击他们，我们就不配称作‘正义’了。”于是擂鼓进军，到达田城，下书晓谕他，高昌不应，于是在清晨开始攻击，到了中午便攻下城池，将七千多百姓俘获。然后又命中郎将辛獠儿为前锋，当夜，进逼其都城，把前来迎战的高昌人打败，而后，唐朝大部队也来到高昌城下。
麴智盛给侯君集写信说：“是我的父亲得罪了大唐天子，他遭了天罚，已经死去。麴智盛刚刚即位不久，请尚书宽恕！”侯君集回信写道：“你如果是真心悔过，应当主动到营门投降。”智盛还是不出来。于是侯君集下令攻城。同时，从城外把如雨一般的飞石投射进去，城内人均躲在房屋中。唐军又造高十丈的巢车，将城内状况尽收眼底。城内人走动以及飞石所投目标，唐军都可以通过巢车上的人得知。先前，麴文泰和西突厥可汗达成互助协议，约定一方遇急另一方相救援西突厥可汗便将专人派去驻守可汗浮图城，做为麴文泰的援助力量。
等唐朝大军开到城下时，西突厥可汗仓皇逃走，驻守大臣举城投降。麴智盛处境狼狈，开门出城投降。侯君集分兵占领各地，后来统计，一共拿下二十二座城池，获得八千零四十六户，一万七千七百人，所控制的土地东西八百里，南北五百里。
太宗想改高昌为州县建置，魏征劝谏道：“陛下刚即位时，受到文泰夫妇的拜竭，文泰以后逐渐骄傲自大，所以加以诛伐。有罪的只有文泰一人。我们应该安抚当地百姓，把它的社稷保存下来，让他的儿子做可汗，则皇上的威德及于荒远之地，四方都会向您归顺。现在要是将其地改置州县，那么还要经常有一千多人镇守，几年一换，这样一折腾，十有三四的人就会死掉，而且还耗费军资，拆散家庭，十年以后，陇右地区将钱财耗尽，大唐还是得不到高昌供给的粮食布匹。正所谓分散有用资财以供奉无用之地，臣觉得此法不要。”太宗不听从其建议，九月，将高昌所在地改置西州，把可汗浮图州改称庭州，并各设所辖县。在交河城设立安西都护府，留下兵力镇守。
侯君集攻高昌时，曾派使者约焉耆出兵与唐合力，焉耆遵命。等到高昌被灭亡后，焉耆王亲自到唐军营拜见侯君集，请求归还被高昌夺去的三城。侯君集奏请后把城连同被高昌掠去的焉耆百姓一起归还了焉耆王。
随后，侯君集携被俘的高昌可汗和君臣及豪强等得胜而归。太宗免麴智盛罪，封他为左武卫将军、金城郡公，还把一并擒来的高昌乐工编入太常寺，原九部乐增高昌乐后形成唐国家法定的十部乐。至此，东起大海，西至焉者，南起林邑，北至大漠，全部成为唐的直属州县。东西九千五百一十里，南北一万九百一十八里。
自麴嘉建立高昌国起到麴智盛亡国止，中间共经历了九代，历时一百三十四年。而唐得高昌后设安西都护府并留兵镇守，使之成为唐朝进一步向西域发展势力的跳板。
