慈安身体一直很好，遗诏上也说“体气素称强健”，认为会“克享遐龄，得资颐养”。一个素称体健之人，怎么得点小病，不足两天就死了呢？人们对此议论纷纷，对她的死因作了种种猜测。
第一种说法是清朝官方的“正常病死说”。在朱寿朋的《光绪朝东华录》中载有慈安的遗诏，说她在“初九日，偶染微病，皇帝侍药问安，祈予速痊。不意初十日病势陡重，延至戌时，神思渐散，遂至弥留”。但是这种“因病致死”是那样的快速而又突然，连当时的当事者也大为怀疑。据《清稗类钞》载，在慈安初感身体不适时，御医薛速辰为她诊脉，认为“微疾不需服药”，没想到当晚就听说“东后上宾，已传吉祥板（棺木）”，大为诧异，还以为是外间谣传。后来噩耗证实，他大戚曰：“天地间竟有此事，吾尚可在此？”是不信慈安是因病致死。另一位当事人左宗棠，当时任军机大臣，突然听说慈安得病身亡，顿足大声说：“昨早对时，上边（指慈安）清朗周密，何尝似有病者？即去暴疾，亦何至若是之速耶？”
第二种说法是因慈禧与慈安交恶，慈安激愤自杀说。据《清稗类钞》另一种记载，慈安与慈禧共同垂帘听政，慈禧权欲极重，慈安却倦怠少闻外事，并不与之争权，因此倒也相安无事。但到了1881年年初，慈禧患血崩剧疾，不能视事，慈安有一段时间独视朝政，致使慈禧大为不悦，“诬以贿卖嘱托，干预朝政，语颇激”，以致慈安气愤异常，又木讷不能与之辩，恼恨之下，“吞鼻烟壶自尽”。
第三种说法，也是被大多数后人深信不疑的，是被慈禧下药毒死说。
据《慈禧外记》载：当年咸丰临终时，曾秘密留下了一个遗诏给慈安，要她监督慈禧，若慈禧“安分守己则已，否则汝可出此诏，命廷臣传遗命除之”。但老实的慈安将此事告诉慈禧。阴险毒辣的慈禧听了，表面对慈安感泣不已，实际上已起杀机，遂借向慈安进献饵之机，暗下毒药，加以谋杀。恽毓鼎的《崇陵传信录》也持这种说法。
据记载，在光绪七年（1881年）的某一天晚上，慈安太后在自己宫中置办酒宴，说是为慈禧太后祝福。酒至半酣，慈安太后屏退左右侍从人员，先热情详细地追述了在热河行宫，肃顺擅权，两宫太后受挤，随后果断谋划辛酋政变，以及同治朝十一年间两人同时垂帘听政的事情，动情处抽泣垂泪良久。慈禧太后听了也悲不自胜。慈安见打动慈禧，忽然话题一转道：“咱们姊妹现在都老了，说不定哪天就要离开尘世。相处二十多年，所幸从来都是同心协力，连一句冲撞对方的话都没说过。而我这里存有一件东西，是从先帝文宗那里得来的，现在它已经没有什么用了。”
说完，慈安太后从袖子里拿出一个精微的信封递与慈禧太后，让她拆开看一下。慈禧太后接过信封，好奇地启封后细看，吓得脸色顿变，羞惭得不敢抬头看慈安太后。这封函内装的不是别的，正是清文宗交给慈安太后的遗诏。遗诏的大意是：叶赫那拉氏是皇帝的亲生母亲，母以子贵，日后定会尊封为皇太后，我对此人实在是不能深信。此后如果她能安分守己也就罢了，否则，你可以出示这一纸诏书，命廷臣宣布我的遗命，把她除掉。
慈禧看后，才知道咸丰皇帝到底还是对自己留了一手，当时惭愧与恼怒的心情交加，心中十分害怕。不过慈安太过仁厚，竟当着慈禧的面把遗诏放到烛火上烧掉了。慈禧当下装出感激泪下的样子。慈安太后又对她百般劝解安慰，至此酒宴方才结束。此后几天，慈禧太后对慈安太后礼节周全非常恭敬，一反过去那种骄狂放纵，连伺候的太监宫女都感到很奇怪。慈安太后也暗自高兴，认为是前日自己烧密旨的做法收到了预期的效果。
孰不知慈禧已动了杀心。光绪七年（1881年）三月十日，慈安在庭院中看金鱼休闲，慈禧那边来了一位太监，送来一盒点心说：“这种点心，西佛爷觉得好吃，不肯独用，送一点给东佛爷尝尝。”慈安高高兴兴地当场尝了一块，顿时就觉得不舒服。当天慈安忽然得病，不料到了第二天晚上，竟撒手归西，享年仅45岁。
还有一种说法见于《清宫琐闻》摘自葛帔道人的《云海楼随笔》。
光绪当皇帝后，虽说是东西两太后同训朝政，实际上慈安不大管事，在宫中吃斋念经，一切都是慈禧说了算。于是，慈禧得以为所欲为。当时有名伶杨月楼，被召进宫演戏。慈禧看上了他，经常召他进宫，甚至留他在宫中过夜。一天，慈安有事找慈禧，慈禧不在，只见杨月楼睡在慈禧床上。慈安大惊而退。慈禧知道后，大惧。马上让杨月楼吃下一碗杏酪后出宫。杨回家后就死了。慈安并不打算追究此事；但慈禧一直忐忑不安。一次，朝廷讨论表彰某大臣家人节烈的时候，慈安借这个机会好言好语地规劝慈禧。慈禧不安，心里更不是滋味。过了几天，慈禧让宫婢给慈安送去点心，慈安吃过后便暴薨，连太医都来不及叫。
作者说，这是当年在宫里一位宫监告诉他的。王无生《述庵秘录》所记与此说相同，但有小异，同慈禧来往的名伶姓金。光绪六年（1880年）冬季，慈禧太后得病，请御医诊治无效，朝廷便诏令各行省的总督巡抚推荐各省的良医进京会诊。李鸿章、刘坤一等都推荐了良医进京。不过慈禧太后久病不愈，慈安太后即前往探望，到那里却看到慈禧太后正与她宠爱的伶人金某睡在床上，慈安太后气愤之极，严厉地痛斥慈禧太后的丑行，慈禧太后吓得跪地谢罪，尔后将金某驱逐出宫，不久将他赐死。
另文廷士《闻尘偶记》却认为慈禧是因与人私通怀孕，事为慈安察觉，准备废掉慈禧太后称号，慈禧闻之，先下手为强，设计毒死了慈安。不管怎么说，慈禧毒死慈安之说还是得到了绝大多数人的认同。
推测慈禧之为人，心胸狭窄，诡计多端，为争权夺势，是什么事情都干得出来的。只要慈安太后一死，慈禧太后在宫中就可以独断专行了。
慈安皇后以她的宽厚善良成为皇宫内的道德楷模，也因为她的过分仁慈使自己处于权力斗争中的被动地位。更为可惜的是，因为她的一片善念，造就了在清末历史上为所欲为的慈禧，不但使她自己死得不明不白，连整个清朝的根基都被慈禧所动摇。最终，她还是造成了一个养虎为患的结局。
