主要部署于东太平洋，“科罗纳多”号是世界上最先进的指挥舰之一，号称美国海军“海上战争试验室”，并成为驻扎在美国夏威夷的美国第三舰队的旗舰。该舰于2004年3月份抵达日本接替两栖指挥舰“兰岭”号担当第7舰队的旗舰，这艘16910吨的新式战舰在一定意义上代表了美国海上综合作战指挥能力的最高水平。
“科罗纳多”号杂务指挥舰是由1艘“奥斯汀”级两栖船坞运输舰“科罗纳多”号（LPD11）改装而成，该级的其它11艘舰目前仍在服役。1980年，“科罗纳多”号改装成旗舰，随后换防了在1981年至1982年进行大修的“拉萨尔”号，并临时作为第6舰队旗舰服役3年。
1985年担任第3舰队旗舰，母港设在本土圣迭戈。“科罗纳多”号于1995年底开始改进，1997年完成了18个月的全面改装，包括一个由3层甲板临时暂代的井形甲板，3.5万平方英尺的新的指挥、控制、通信空间及220人住舱的指挥机构。经过改进后的“科罗纳多”号，可以在未来战时和危机冲突中作为一艘联合部队指挥舰使用。
该舰外形酷似两栖船坞登陆舰，但在该舰后部不设有舰尾舱门。舰顶部有一庞大的白色半球体，这是目前世界上功能最强大的通信系统之一，名为“挑战雅典娜”。除了可提供电子邮件、公开或加密的互联网通信联络及电话通信服务外，该通信系统还能提供数字图像传输及其它大容量、超大容量的通信服务。
该舰主要利用卫星与各舰艇、作战飞机及海军陆战队进行计算机联网。实现指挥、控制的高度自动化舰上装备有先进的“联合海军指挥信息系统”，多台超级计算机、数百台终端与卫星、导航、预警、通讯及全球定位系统相连，构成复杂完善的电子信息分析、处理系统，可同时对来自地面、海上、空中、水下的多类电子情报进行实时综合处理，是名副其实的战时海上指挥中心。由于该舰在舰队中的特殊地位，为确保安全，在执行任务时通常由多条战舰随航护卫，并选择远离战区的后置配备。
“科罗纳多”号舰体内部建有各类舱室、办公室、会议厅和指挥中心、电视机（包括大屏幕电视）、计算机、电话、传真机等现代通信设施一应俱全。该舰作为美海军联合特混部队指挥控制舰，主要设有如下各类功能中心：
A：联合空军作战中心。面积1100平方英尺，具备指挥一场战区一级战役能力。
B：作战室。面积3500平方英尺，配备有大屏幕电视；可同时供几十名指挥官召开各类作战会议。
C：联合作战指挥中心。面积625平方英尺，拥有最先进的通信设备和情报接收、处理及传送设备。
D：军民两用作战中心。该中心更多的是在非战时使用，如为执行人道主义的红十会官员提供办公场所，或在组织非战斗人员撤运时用作政府官员的指挥所。
E：作战中心。面积6000平方英尺，可供216人同时工作。
F：危机反应中心。这是一个供12人工作的工作站。使用该工作站的好处在于当指挥官处于异地时仍可参与计划的制定，从而大大缩短了计划制定所需的时间。计划制定过程中，指挥官还可随时与上级指挥部门进行联络，如与美海军太平洋舰队进行联络协商等。
G：联合后勤、医疗中心及联合图像情报处理中心。这两个中心分别位于舰体左右两舷的夹层舱室中。其中，联合图像情报处理中心的建立使美军首次实现了舰船对间谍卫星传送信号的直接接收与利用。此外，舰上还设有一个海上新闻中心，一个数字照相实验室和一个印刷车间。
H：备用住宿舱。除舰上编制人员的住宿舱室外，舰上还备有规格不等的住宿舱若干，为6名将官、22名高级军官、130名低级军官提供住宿。同时，该舰还计划增加30个办公室和50个水兵住舱。
