政府机构
早在即位之前很长时间，蒙哥就为了可能将转移到拖雷系手中的皇家权力建立了一个影子政府。新的中枢机构代替了由镇海和合答为首的政府，以皇家护卫军的指挥官忙哥撒儿为首脑。忙哥撒儿是一个来自札剌儿部的蒙古人，职位是也可札鲁忽赤。他负责管理中央政府的日常事务，并监督诸王分地的管理。仅次于他的是克烈部的孛鲁欢，一个聂思脱里派的基督徒。他负责书记和财产管理，安排会见，并且随时记录大汗的旨意。忙哥撒儿死于1253年，此后，孛鲁欢继承了死去的同僚的职位，但未改变他原先的职能。
在两届政府中，中枢机构在汉语中都被称为中书省，其下再划分出几个部，各自有自己的长官。这些部分别负责祭祀和萨满、管理斡脱商人、驿站（站赤），以及国库和武器库。在政府的上层官员中，掌权的几乎都是蒙古人。然而具体办事人员，大多数都是非蒙古人，因为每个上层官员都需要一大群能流利地使用帝国疆域内各种主要语言——比如汉语、吐蕃语、畏兀儿语、党项语、波斯语以及蒙古语——的书记，以协助他进行工作。办事机构是如此之大，保存的记录是如此广泛，以至哈剌和林的1/3归他们专用。他们在许多大营帐中生活和工作，并且经常陪同大汗出巡。
根据一种固定的制度，蒙哥用他自己的扈从以及拖雷系的部众充实了中央政府，其核心人物都是从他的父亲那里继承来的。忙哥撒儿和孛鲁欢的经历显示了这种选拔人才的模式。最初这两个人的祖先在成吉思汗的护卫里担任低级职务。成吉思汗死后，他们的家庭由拖雷继承，从此忙哥撒儿和孛鲁欢开始了在拖雷护卫中任职的生涯。拖雷死后，这两人都为唆鲁和帖尼别吉效力，并且在蒙哥即位前的年代里被提升到了蒙哥家族机构中显著的地位。这种选拔和效力的模式在低阶官员中同样适用。中书省里所有的汉人书记的经历都从担任拖雷或蒙哥的怯薛中的必阇赤开始。总之，蒙哥手下所有官员的能力和忠诚都在拖雷系完全控制政府之前而效命于拖雷系的年代里被考验并进一步证实了。在早期的蒙古帝国里，试图在这种选拔的过程中区分出护卫、家族和中书省有什么机构上的明确差别是困难的，这样做也许是没有意义的。从任何角度来讲，它们都是一个统一体，它们同时作为护卫机构、精锐军队、法庭和帝国政府而存在。
在中书省之下，蒙哥保留了由窝阔台最初设立的地区行政机构体系。这些机构被恰当地称为行省（汉语称作行中书省），实际上是中书省的分支机构。蒙哥选择的掌管这些行省的人——中原的马合木·牙老瓦赤，阿母河的马思忽惕伯，还有伊朗的蒙古斡亦剌部人阿儿浑阿哈——都是自贵由时代留下来的。这三人之所以能够在政权的更替中生存，是因为他们都是有经验的行政官员，而且，至少从理论上讲，他们是在帝国定居部分中成吉思汗整个族系的代理人。
蒙哥尊重在各地区共同掌权的原则，允许有关蒙古诸王各自任命代理人（在波斯的记载中称作“那可儿”）在行省任职。例如，在中原，马合木·牙老瓦赤的主要助手是忽必烈的一个汉人助手赵璧。值得一提的是，这位花剌子模人的另一个助手，是大汗自己家庭的长期追随者不只儿。同样的情况也在伊朗通行，拔都、旭烈兀、唆鲁和帖尼别吉以及蒙哥都在阿儿浑阿哈的幕府里安插了他们指派的那可儿。在地区一级，本地的精英人物，例如，斡罗斯公国的贵族和吐蕃寺院的教派通常留在适当位置，在由大汗从家臣中指定的达鲁花赤（在西部地区通常被称为八思哈）警惕的监视下执行政府职能。这样的管理体系本质上是在蒙哥以前诸汗时形成的。实际上，蒙哥并非是改革者，他仅仅是运用流传下来的制度。然而，他是一个成功地支配着政府机构的强有力并且从不倦怠的管理者。当然，他能够直接驱使和牢固控制他的中书省，因为他与他的机构生活、工作、饮食都在一起。而且在他的直接监督下，中书省从上面严密地监控着地方政府的工作，经常审计他们的账簿，审查各级官员。另外，蒙哥的那可儿被直接派往行省，从内部监视那些机构，而且，他的达鲁花赤从基层仔细地检查那些人的所做所为，向大汗报告任何反常行为。蒙哥对他的帝国的各项管理活动——从策划到实施——都了如指掌，并且专心致志，因而在绝大多数场合他有可能不顾宗王或地方势力的反对，推行他的政策。
宏大设想
不同于他的前任贵由，蒙哥登上汗位时已胸有成竹。他对帝国有着宏大的设想，既包括国内的改革，又包括对外扩张。在计划中，蒙古人民，无论是贵族还是百姓，都将注意力和精力完全投入其中，并为他的统治成功做出重大贡献。
大汗在1251年的忽邻勒台之后很快就首次宣布了他的改革措施，其目的是要保证中央政府自由利用帝国的财物并削减诸王和官员们无限制的征税。作为第一步，蒙哥废除了自成吉思汗时代以来所发布的象征权力的牌符、印章和札儿里黑（诏旨）。这样做的目的是为了从他的对手那里夺取帝国的资源，使他们不能继续未经许可就占用物品和劳役。他还严格地限制了他们使用站赤即驿站系统。诸王、官员、宗教的显要人物和斡脱商人早已习惯利用站赤为他们的个人需要服务，这妨碍了帝国驿传的使用，还增加了被分配去维护驿站的平民家庭本已沉重的负担。此后，只有官方授权的个人才有权力使用这个系统。分地宗王的权力也受到严密的监视，如果没有首先与帝国宫廷协商，他们再也不许对他们私人领地中的百姓随意召集和征税。最后也是最重要的，蒙哥在他整个帝国里对估税和征税制订了统一和固定的体系。作为保证最大征税量的措施，大汗发布旨令，在已归属蒙古人统治的领土内恢复经济；在各个战场，破坏和屠杀要控制在最小程度；遗弃农耕地和被破坏的城市对帝国国库毫无益处。
这些改革的效果是很难衡量的。1258年对报达的掠夺表明破坏性的行为仍在继续。但即使旧习性非常顽固，蒙哥仍在认真地努力去阻止对定居地区进行不必要的破坏。事实上，严重违反旨意的蒙古官员受到严厉处罚。1258年的某个场合，大汗鞭打了他儿子阿速带的随从，原因是在汉地干涉农业活动。同时，他对从汉地农民的菜园里抢夺蔬菜的官员处以死刑。在另一事例中，一名被控谋杀了一个波斯平民的蒙古万户长在犯罪地点呼罗珊的城市徒思的城门前被处死。复兴的计划也产生了一些实际效果。1219年～1223年间遭到严重破坏的突厥大城市的经济生活恢复到了被征服前的水平；中原的一些区域，例如河北的邢州，也被重建。为了支持这次改革，蒙哥将斡脱商人置于控制之下，大幅度减少宫廷的支出，并且成功贯彻并实施了新的税收措施。分地内部的状态的资料是有限的，但是只要大汗感到帝国利益受到危害，他就会对这些领域进行干预。
蒙哥不是出自道德的考虑，而是为获得并控制支持扩张计划所需的资源而减轻和调整他的臣民的负担。他打算同时对南宋、高丽和西亚展开大规模的进攻，这样，从掠夺成性的诸王到逃税的农民，任何妨碍和阻止物资流动的人都会引起蒙哥的愤怒和憎恨。在计划中，平民仍然被压榨，但这是在一个正规和有系统的基础上，并且限制在帝国代理人的管理下。通过将内部的改革和新一轮扩张相结合，蒙哥完成了两个较为重要的目的：首先，他使分裂的蒙古的统治精英忙于准备和实施军事作战行动；其次，以为军事行动取得物资为名，他使权力集中于中央，因而得以巩固对汗位的掌握。在这些情况下，对不满的诸王来说，在帝国贯彻成吉思汗命令他的人民去征服世界的遗愿时，是很难对蒙哥的权力发起挑战的。多数蒙古人，不管他们在其他问题上有什么分歧，通常都同意蒙古帝国的主要使命就是征服。无论这些政策中有多少是为自己利益服务的，都不能认为蒙哥只不过巧妙地利用成吉思汗的言语和声望来为自己的个人利益服务，他看上去是真诚地相信蒙古人有一个伟大的使命——统治全世界，并且对他来说，使他祖父的遗愿化为现实是义不容辞的。
人口调查
为了确保进一步的征服战争所需的物资，蒙哥要求进行新的并且精确的全国性人口调查。这次人口调查旨在认定并动员帝国的财富和人力以投入战争，因而将牲畜、果园、原料（例如铁和盐的储备）还有人都列入清单。无论是调查范围还是严密程度，蒙哥的统计清单都超越了以前窝阔台和贵由的成就。
在中原进行的调查始于1252年，是在蒙哥派驻马合木·牙老瓦赤机构里的代表不只儿的指导下进行的。在1255、1257和1258年进行的补充调查弄清了流动人口的数字，并对新近投降地区的居民进行登记。在西亚，人口调查由阿儿浑阿哈负责。他与大汗的私人代表密切合作，在阿富汗、伊朗、伊拉克以及外高加索进行调查，时间在1253和1258年间。在金帐汗国所做的登记最初于1254年发出命令，事实上统计在1254年开始于北高加索，1259年在斡罗斯公国最北端的城市诺夫哥罗德达到高潮。
在这次调查里，就像以往一样，进行人口调查的队伍由大汗、各地区的汗以及其他有关的皇室成员的代表组成。积累起来的资料登记入册，调查一结束，就直接呈送给蒙哥。因为最新的人口调查数字都在控制之下，中书省能够对他们预期从特定地区或者附属国所得到的征税数量和军队征兵数目做出合乎情理而又精确的估计，这样使地方势力很难克扣应当上缴中央的资源。按照马合木·牙老瓦赤于13世纪30年代在突厥斯坦创立的制度，平民百姓的纳税负担在被登记的时候就分别确定了。依照他的设计，一共只有三种基本税：向成年男子征收的人头税，以钱币支付；由农村人口以实物支付的农业税，以及在城市的市场和许多关卡所有商业交易以现金收取的商业税。
忽卜绰儿是在帝国的每一处按照个人的支付能力而确定征收的。最初的税率在每年穷者1个第纳儿和富者11个第纳儿之间。但在事实上，这种方案只在最初制定和进行试验的地方——帝国的伊斯兰地区实施过。在中原分等课税的原则被保留下来，但忽卜绰儿（汉语科差或差发）的几个重要方面被修改，以适应汉人的习惯。在那里，收税以家庭为基础，而非个人，而且交纳珍贵物品，特别是丝绵以及白银。而且，最初每户每年为六两白银和半斤丝绵的最高税额，很快就减少了。蒙哥时代的科差，除了用白银交纳的部分数量增加了之外，与耶律楚材1236年进行的税制改革以后的情况差不多完全一样。为了促进这项赋税的征收，蒙哥做出努力，在帝国各地，至少在那些已经有了货币经济经验的地区，投放更多的货币进入流通。在中原，根据皇帝的命令，在1253年建立了一个纸币流通的管理机构（交钞提举司）。毫无疑问，根据1254年鲁不鲁乞在哈剌和林所观察到的实例，交钞提举司实际上发行过纸币。但汉文史料没有指明这种货币的流通范围和支付科差款项的作用。然而，正如鲁不鲁乞在他著作中的某个地方特别提到的那样，汉人定期向他们的领主交纳不明数量的丝绵，以及1500个雅思科特。由此可以做出合理的推测，至少在蒙哥统治初期，纸币实际上并未被广泛地运用于纳税上。在中亚、伊朗和外高加索确实有迹象表明，地方造币厂在13世纪50年代中叶制造了大量的第纳儿，忽卜绰儿实际上是用这种货币交纳的。在金帐汗国的疆域内，只有伏尔加的不里阿耳地区在交纳贡赋时使用货币。斡罗斯公国从没有制造货币的传统，所以蒙古人满足于征收毛皮或其他价值昂贵的商品作为忽卜绰儿。
在游牧民之中，忽卜绰儿仍然是依照畜群的规模进行计算的。蒙哥即位后，开始于斡兀立海迷失时期的过高的什一税很快就被废除，恢复了以前的百一税。至于农业税，蒙古人在许多地方都依照当地旧例，在中原，他们保持了由耶律楚材精心设计的体系，征税的数目，在土地的数量和质量的基础上进行估价。在西亚，则普遍使用流行于伊斯兰地区的什一税。因此，概括地说，蒙哥很快就设立了三种税，实行于全帝国的定居地区。每一种税种的估税和税率都有明确的规定，而且规定了贡品和农业税每年只征收一次。虽然不合理的现象继续存在，过度征税也没有完全杜绝，但政府继续不断努力，参照各地方的惯例和经济现实状况，对征税清单进行调整。即使存在不断的调节（通常在地方一级），在帝国极其复杂的居民中仍实行着相当统一固定的体系。
蒙古人为了实现军事目的而进行的新兵征召与人口调查也有着密切的关系。人口统计以后，中国北方的人口被分为三个基本种类：军户、民户、投下户。军户以“土绵”（汉语称为万户，意为1万个家庭）为组织，在理论上，每个万户可以提供1万个士兵作为蒙古正规军的辅助兵种参加战斗。在蒙哥统治期间所动员的新军总数已无法知晓，我们可以从不同地区报告的数字做出判断，那会是一个很大的数字：1255年，山东建起一支2万人的军队；1257年，格鲁吉亚提供了10个万户。此时的蒙古野战军队具有两方面特征，一是庞大，二是多民族化。在1253年到1259年之间进攻宋朝的军队，除了蒙古人和突厥分支军队以外，还包括了汉人、西夏人、高丽人、畏兀儿人，以及阿速人。阿速人是北高加索的居民，在1254年的人口调查之后被迫服役。
除了正规的新兵征集之外，人口调查还被用于甄别有技能的工匠，然后将他们分派到帝国的武器制造部门、矿山工作，或者作为特殊兵种在军队中服务。蒙古人的人力动员系统的有效性和灵活性可以用下面的事情说明：一支由1000名汉人炮手组成的军队随同旭烈兀西征，帮助他攻破了报达的城墙。蒙哥之所以能够向他的弟弟提供这样一支军队，是因为在1252年的人口调查期间，所有中国北部的铁匠、木匠和黑色火药的制作者都被登记为炮手，并建立了专门的名册。所以当后来他们认为西亚需要那些专门人才的时候，蒙哥和他的顾问们只需要打开专门的名册，找出所需数量的适当人选就可以了。
征服战争
1251年的忽邻勒台达成协议，开始计划向西亚、高丽和中国南部发动一系列战役，蒙哥决意要完成成吉思汗的遗愿，而且自信他可以动员到所需的军队和物资，于是便迅速地实行了新的征服计划。随后的一年，已经准备好能够同时展开三个方面的行动。出征西亚的军队集中于蒙古西部。先锋军于1252年夏天出发。次年，主力出发。虽然名义上是由大汗的弟弟旭烈兀负责，但当军队抵达预定目标后，战场实际的作战指挥便被委托给怯的不花。他是先锋军的指挥官，蒙哥家族的管家。遥远的征途，大量的人畜，随军携带的辎重和围城的装备，由此可以想见后勤方面的困难是多么的巨大，旭烈兀挥军西进的计划需要多么精心的安排。西征军的主力于1256年抵达呼罗珊，在那里会合了来自金帐汗国和察合台汗国的增援部队，还有根据最新的人口调查动员起来的为数众多的地方辅助部队，包括波斯人、亚美尼亚人以及其他民族的成员。最初使人感受到这支联合军团令人生畏的力量的是他们击溃亦思马因派的战斗。亦思马因派（他们作为刺客集团而为欧洲人所知）是伊斯兰教的一个派别，以暗杀作为政治武器而名声昭著，并且令人生畏。刺客们隐藏在伊朗西北部的群山之上，用众多的城堡组成网状防御系统，并进行了殊死的抵抗。但在蒙古军持续数月的攻击之下，他们开始投降了。1257年年初，亦思马因人的多数城堡停止了抵抗，他们的领袖也被蒙古军俘获。蒙哥深深地认识到亦思马因人的特殊技能，出于对自身安全的考虑，他下令将所有幸存的亦思马因人处死，从该派大师开始。
接着，旭烈兀挥师前往阿拔斯哈里发王朝所在地报达。哈里发谟斯塔辛拒绝了旭烈兀让他们投降的命令，此举无异宣布了他自己和大多数报达市民的死刑。蒙古的各路人马在1257年下半年会师城下，并且构成了严密的包围圈。1258年2月，怯的不花的攻击部队攻克了报达，在接下来的七个充满血腥的日子里，蒙古军肆意地在城中进行掠夺和大屠杀。与此同时，还进行着一些次要的战役：伊拉克和伊朗西部的中等城市都受到攻击，大量的远征军被派往克什米尔和昔思田。1259年，这些战役结束了，旭烈兀完成了蒙哥交付的任务，在西亚牢固地建立了蒙古人（拖雷系）的统治。旭烈兀试图扩展他新建立起来的王国，又将攻击的矛头指向了更遥远的叙利亚。但是，其结果是一场大灾难，埃及的马木鲁克王朝于次年九月在爱音扎鲁特击溃了入侵者，并俘虏了蒙古军的统帅怯的不花。
在亚洲的另一端，于1252年下半年展开了对高丽人的攻击，指挥官是成吉思汗的弟弟拙赤合撒儿的长子诸王也古。这一次，蒙哥错误地选择了指挥官，也古既不忠诚，也不服从命令，而且拙于处理各种事务，因此，大汗在1253年下令由皇帝护卫军的官员札剌儿带取代了他的职位。札剌儿带在以后的五年里取得了一些进展，但是仍然无法彻底战胜勇敢地进行抵抗的高丽人，这迫使蒙哥在1258年又向半岛派遣了大量援军。虽然向战场上投放了大量生力军，在高丽人勉强地承认了蒙古的宗主国地位之前，蒙古军仍然在苦战中度过了一年。
在中国南部前线，也有大批蒙古军队在调动中。如果对宋进行正面攻击，就需要冒险强渡长江下游，其代价将会很高。为了避免这一点，蒙哥决定在中国西南部建立一个作战基地，从那里可以发动侧翼的攻击。出于这个想法，在1252年夏末，蒙哥派遣他的弟弟忽必烈远征并占领南诏——或者更严格地说是大理，这个王国被云南的段氏家族所统治，连接着宋朝防御很薄弱的西部和西南部边境。蒙古军自陕西出发，在秋天抵达黄河上游的一条支流洮水。先锋军由汉人将领汪德臣率领，攻入四川盆地，击溃宋朝地方守军，在利州城（后称保宁）建立起蒙军的主要基地。通向南方的道路已被扫清，交通线安全可靠，于是忽必烈率领主力部队向大理国前进。1253年秋天，在越过了荒凉多山的地区之后，忽必烈将指挥部设在了云南西部的金沙江畔。在这里，他将军队兵分三路，目标直指王国的首都大理。
1253年十二月到1254年一月之间，大理被征服了。虽然大理的统治者曾经拒绝了忽必烈要求他们投降的命令，但首都及其居民们还是被饶恕了。如同曾经在其他许多地方所为，蒙古人保留了当地的王朝，将其置于蒙古官员的监管之下。国王段智兴在晚些时候被送往蒙古，并且授予“摩合罗嵯”的称号。
1254年底，忽必烈回到蒙古本土，与他的大汗兄长会面。速不台的儿子兀良合台是蒙哥派给忽必烈作远征军指挥官的，他留在西南指挥进攻当地的蛮人和罗罗部落。他的平定工作确实是成功的，1257年初，在与宋军的一次交锋后，他回到了甘肃北部。从那里，他派遣使者前往蒙哥的宫廷向大汗禀报：云南已经牢牢地在蒙古人的控制之中。皇帝对兀良合台的成绩感到满意，因此给予他荣誉和慷慨的赏赐。随后兀良合台又返回云南，着手准备蒙古人对东南亚的第一次入侵。1257年下半年，他进入安南，迫使统治该地的陈王朝逃往一个孤岛以求安全。第二年春天，安南国王意识到任何进一步地抵抗都是徒劳的，便将他的儿子作为人质送往大汗的宫廷，表示承认蒙古人的宗主权。现在，到蒙哥亲自出场的时候了，长期计划的征服南宋的战争开始了。
蒙哥在位期间，中国北部的管理在很大程度上被他和他的弟弟忽必烈之间的关系所制约。这种关系的基本特征，通过将忽必烈在中原的地位与旭烈兀在西亚的某些类似状况加以比较，可以得到最好的展示。
他们所得到的相似的地位来自于大汗有意识的安排：1251年秋天，忽必烈和旭烈兀同时被授予了作为宗王的管辖范围。正如拉施特所指出的那样，这一次大汗明确地而且直截了当地让两位王子作为他的左膀右臂。他们的任务也是完全相同的。旭烈兀被分派在西亚扩展并巩固蒙古——拖雷系的努力，忽必烈则是在东亚做同样的事情。为了实现他们的任务，两个王子分别得到了由怯的不花和兀良合台指挥的蒙古野战军队，这两人是蒙哥从自己的私人护卫里选拔出来的。出于行政管理的考虑，两个王子被允许各自建立一支由当地的专门人才组成的官员队伍——旭烈兀手下主要是中亚的回回人，忽必烈手下则是汉人，以帮助他们管理他们的领地。然而蒙哥保留了在两个兄弟的管辖范围之内任命或解除重要官员职务的权力。换句话说，二者都是“伊利汗”，也就是从属的汗，他们对各自领地所拥有的权力，完全取决于大汗的意愿。另一方面，因为他们的土地都是在再次分配中由他们的长兄所授予的，而不像术赤系和察合台系在成吉思汗进行最初的封赏时就得到了各自的土地和封号，所以他们二人都没有得到像其他地区的汗一样的地位。尽管他们的地位实际上相同，他们的职责也完全一致，但兄弟二人和蒙哥的私人关系却在几个重要方面有所不同。拿旭烈兀来说，他满足于他的身份。他通过正式采用伊利汗这个称号的方式大肆宣扬他对大汗的服从，而且，根据记载，他从未与蒙哥发生严重的争执。作为另一个臂膀的忽必烈，是比较难驾御的。他时常向大汗的权威挑战。深藏不露的觊觎大汗权力的野心，使忽必烈对中央政府进行详细的研究，还经常与大汗及其代表发生冲突。例如，1252年，他与不只儿发生争执，因为他发现对方过于倾向将在法律上犯有小过失的汉人臣民处死。毫无疑问，在这一年，由于那些试图阻止把回回的理财方式引入中国的儒生谋士的影响，忽必烈及时向大汗表示了他对花剌子模人马合木·牙老瓦赤被重新任命为中国北方行省首脑的不满。随后在马合木·牙老瓦赤与忽必烈在行省的代表赵璧之间出现的关于管理方式的冲突，其实不过是反映了大汗与忽必烈之间不断增长的紧张关系而已。
在忽必烈管理中国北部的问题上，他们之间最严重的对抗爆发于1257年。事件的发端在1251年。这一年，忽必烈获得了对中国北部的宗王管辖权，他当即在河南、京兆（在今陕西）和邢州（在今河北）开始了一系列的改革，计划在这些地区重新建立中国模式的政府，使这些地区经济得到复苏。1252年，当蒙哥宣布他决定为皇帝家族分配新的封地的时候，忽必烈采纳了他最信任的儒士幕僚之一姚枢的建议，要求并得到了位于战略要地又极富饶的渭水流域作为他的私人分地（忽必）。过了两年，在云南战役及与大汗的会面之后，忽必烈回到封地，倚仗谋士们的帮助，继续着他对管理体制改革和使经济恢复元气的努力。他在京兆进行的工作，就像在河南和邢州所做到的一样，取得了相当大的成功和进步，而且在1257年以前一直没有受到干扰。1257年，蒙哥对忽必烈的行为发动了一次出人意料的大规模调查。他有理由怀疑他的兄弟试图在京兆及河南建立一个独立的政权基础，并且可能借此对汗位发起挑战。
开始进行调查的理由显然是因为有人控告在陕西存在着贪污受贿的情况。领导调查的是哈剌和林护卫军的副长官阿蓝答儿。他率领的调查组迅速地前往陕西和河南地区，查封了大批行政档案，下属地方官员都受到了严厉的审问。基于他们所发现的情况，在报知大汗并得到了准许之后，调查机构将忽必烈任命的陕西宣抚使罢免，并且迅速将他的一些下属处死。为了进一步表现大汗的权力，蒙哥命令在这个省份征收特别税。这种税在对其支付和运送方法稍作调整后，实行全额征收。受到了这种颠倒黑白伤害的忽必烈，此时尚无力与大汗对抗。按照姚枢的劝告，他采取了惟一可以选择的行动，在1258年初前往蒙古本土，以此重申他对大汗的忠诚，并请求他长兄的原谅。后者从这一谦恭的行动中得到了安慰，虽然严格地制约了忽必烈管理中国北部的权力，但是没有采取进一步的惩罚措施。
蒙哥先发制人的清洗得到了完全的成功，现在他认为事情已经结束，而且作为对忽必烈恢复了信任的表示，大汗邀请他那悔过了的弟弟协助策划并实施进攻宋朝的第二阶段的战役。
蒙哥之死
当兀良合台所指挥的云南战役看来已必胜无疑的时候，蒙哥开始认真考虑对南宋进行大规模的正面攻击。从1254年开始，蒙古人沿南宋北部边界的袭击和侦察活动增加了，同时展开了政治攻势，其目的是促使宋朝边境官员叛逃。1256年的夏天，以宋朝扣押蒙古使者为理由，大汗正式宣布了攻击宋朝的意向，并为这一军事行动的计划进行了初步的商讨。1257年初，进攻部队被派往南方，蒙哥决定亲自指挥参与此次战役的三路兵马中的一路。一年以后，大汗在前往南方的路上经过戈壁，在那里他会见了忽必烈和其他宗王，仔细检查即将到来的战役的细节。在1258年春天，蒙哥和他的军队抵达甘肃的六盘山，并建立了临时的大本营。他在这里度过了无月，为长驱直入四川做最后的准备。
尽管在忽必烈攻打大理的时候，四川曾被蒙古部分地占领过，它仍然牢牢地掌握在南宋的手中。宋的统帅调动可以利用的所有军队以加强散布在这一地区各处的堡垒城市。因此，蒙哥将他的军队划分为三支独立的队伍，然后着手一个接一个地攻陷那些堡垒。大汗作为其中一支军队的指挥官，于1258年秋天攻入四川北部，通过猛烈的攻击占领了一些城市，随后到达了自1253年起就在蒙古人掌握中的利州。在检查了利州的防御工作之后，他移师前往四川盆地的中心地带。在那里，他将1258年的剩余时间都用来围困各城市，还接受了为数颇多的南宋官员的投降。1259年初，他挥师前往四川西部进攻雅州（今雅安），于一月将其攻克。然后，蒙哥回师向东，挺进到嘉陵江畔的一个主要堡垒城市合州，并在其周围集结了数量可观的军队。对这座城市的攻击于二月开始，战事在整个春天和夏天愈演愈烈。但是，合州进行了顽强的抵抗，成功地击退了蒙古人的进攻。7月，由于无法攻克此城，蒙哥下令解除包围。在留下了3000人对合州加以封锁以后，大汗派遣了大部分部队前往袭取四川南部的重庆。在此期间蒙古军的两支偏师投入了战斗，从不同的方向攻入宋的领土。当蒙古宗王塔察儿在东翼谋取淮南（今安徽省）的时候，忽必烈在1259年八月统领中路军在湖北开辟了新的战线，进攻长江中游的南宋城市鄂州。与这些战役相配合，兀良合台统军自云南南部向东北进入南宋疆域，其目标是与忽必烈的军队会师长江。现在，蒙古野战军队从北、西、南三个方向同时发动了攻击，宋朝的防线受到了严重的威胁，偏安的朝廷处在生死关头。终于，他们所面对的不幸局面得到了暂时的缓解。1259年八月，因为痢疾，或者是因为在合州城外的山岭中被宋的抛石机击中所受的创伤，蒙哥死了。他的将领们停止了在四川的行动，将他的遗体运回北方，并将他的死讯通知皇族。一个月后，忽必烈得知了长兄的死讯，他立即终止了对鄂州的围攻，同时取消了所有即将对江南进攻的进一步计划。对宋朝来说，蒙哥之死意味着他们得到了20年的喘息机会。而对蒙古帝国来说，此事带来了一场新的引起分裂的继位冲突，其所造成的伤害是永远无法完全恢复的。
1259年二月，蒙哥率全军渡鸡爪滩，至石子山，猛攻钓鱼山（今四川合川东），因宋将王坚恃险坚守，屡攻不克。天气暑湿，军中疫疠流行，兵士多病死，蒙哥亦染疾，七月逝世于钓鱼山。后追谥桓肃皇帝，庙号宪宗。
斡兀立·海迷皇后
海迷失（1249年～1250年）元定宗贵由长皇后。贵由一死，其遗孀斡兀立·海迷失正式宣布摄政。多桑认为斡兀立·海迷失出身于斡亦刺惕部，尽管伯希和对此已作纠正，认为她属蔑儿乞部。1250年，在塔尔巴哈台的叶密克和霍博地区，或者说，在窝阔台家族的世袭领地上，她接见了来自法兰西路易九世的使者、天主教多米尼克修会的三位教士：安德烈·德·朗朱米和他的兄弟盖依，以及让·德·卡尔卡松。他们经波斯（桃里寺）和沿怛逻斯河而来。她把他们转呈的、法王送给她的礼物作为贡物接收，并要求法王应该更明确地表示臣服于她。使者们最早是于1251年四月才在凯撒里亚见到路易王。
斡兀立·海迷失很想把王位传给窝阔台系的一位王子，要么是贵由的侄儿失烈门，或者最好是传给她与贵由所生的忽察（当时还很年幼）。但是，作为成吉思汗家族之首的拔都在这些事情上起了主导作用，他决定排除窝阔台系。更准确地说，他与拖雷的遗孀唆鲁禾帖尼（或名莎儿合黑塔尼）联合起来，唆鲁禾帖尼是克烈部人（王罕脱斡邻勒的侄女），因此也是一位聂思托里安教徒，她不但精明，还很明智。早些时候，当贵由对许多成吉思汗宗王们有损于国家的、滥用权利的罪行进行严肃调查时，已经证实了由于她的缘故，拖雷家族的行为自始至终被认为是无可指责的。现在，在她看来，她家族的转机来到了。她可以说服拔都提名她与拖雷所生的长子蒙哥为大汗。因此，大约于1250年在伊塞克湖以北、拔都的阿拉喀马克营地，为此目的召开了库里勒台，会上，拔都推举和强加于大会的人选正是蒙哥。然而，投票赞成蒙哥的只有术赤和拖雷家族的代表。正如巴托尔德所指出的那样，窝阔台和察合台家族的代表们或者是未出席这次集会，或者是在选举前就离开了阿拉喀马克。当他们得知蒙哥的提名后，他们拒绝承认这次选举，理由是这次集会是在远离成吉思汗的圣地的地方召开的，无论如何，参加的人数很不充分。因此，拔都决定在斡难河，或者怯绿连河畔的原蒙古圣地上再召集一次有更多的人出席的库里勒台。他邀请窝阔台和察合台家族的成员们参加，当然，他的邀请遭到了拒绝。不顾他们的反对，拔都委托他的弟弟别儿哥在怯绿连河畔的阔帖兀阿兰重新召集了一次库里勒台。别儿哥不顾窝阔台家族的抗议（该家族的成员们拒绝承认他们从王位上被排挤掉），也不顾支持该家族的察合台兀鲁思首领也速蒙哥的抗议，宣布蒙哥为大汗。于是，帝国的统治权最终从窝阔台家族转归拖雷家族。
这次政变相对而言是轻易地获得了成功，其原因由以下事实可以说明：蒙哥是强者的典型，与他相比，正统的窝阔台诸王们既年幼又不受尊重。此外，拔都作为成吉思汗家族的长者和长支之首，在王位空缺期间居于一种行使独裁权利的地位。然而，窝阔台家族被赶下王位和拖雷家族获胜是对正统性的侵犯，主要受害者不可能不进行任何反抗就接受它。被罢黜的窝阔台宗王们（其中最突出的是失烈门）在库里勒台快结束时到达，好像是来对新选出的大汗表示效忠，而实际上似乎是想袭击并推翻新汗。但他们的计划被发觉。他们的卫队被缴械，他们的顾问被处死，其中包括合答黑和镇海。他们自己也被拘捕。
蒙哥严厉地惩罚了这些不幸的堂兄弟们。前摄政皇后斡兀立·海迷失被剥去衣服受审，然后被缝入一口袋，投入水中淹死。蒙哥十分憎恨她（他告诉卢布鲁克说，“她比一条母狗更卑贱”）。蒙哥的弟弟忽必烈把失烈门带往驻扎在中国的蒙军中而暂时救了他，但是，后来他未能阻止蒙哥把这个可怜的年轻人投入水中淹死。贵由年幼的儿子忽察被放逐到哈拉和林以西的地区。合丹像海都一样，主动投降，得到赦免。当时很可能有一位与合丹同名的人行使了蒙哥对贵由安置在波斯的高级大臣野里知吉带的报复。因此，合丹和海都仍保有叶密立兀鲁思。后来海都举起窝阔台正统性的旗帜，给蒙哥的继承者造成了很大的麻烦。最后，蒙哥处死了察合台兀鲁思的首领也速蒙哥，他曾站在反对蒙哥的一边，蒙哥以察合台家族的另一个王子、哈刺旭烈兀取代了他。以后又以哈刺旭烈兀的遗孀、兀鲁忽乃公主继位（1252年）。察合台的另一个孙子不里被交给拔都，拔都处死了他，因为他在欧洲战争时犯下了反对拔都的罪行。
唆鲁合贴
唆鲁合贴，即唆鲁和贴尼，她一共生了四个儿子，其中有三人终身称帝，还有一个儿子运气稍差，没能把皇帝这个工作干到底就被撤了职。
四帝之母
按照出生的先后顺序，这四个儿子的名字分别是：蒙哥、忽必烈、旭烈兀、阿里不哥。——蒙哥是蒙古帝国大汗，忽必烈开创元朝，旭烈兀为伊利汗国（波斯）皇帝，阿里不哥则曾经与忽必烈争夺帝位并一度占上风，称蒙古帝国大汗（皇帝）近四年（1260年～1264年）。而这四个儿子之所以能够登上人间巅峰，关键的原因在于他们不但有一个深得成吉思汗信任的父亲拖雷，更有一个睿智精干的母亲唆鲁和贴尼。
唆鲁和贴尼是什么时候嫁给拖雷的，已经难以考证。可以确定的是，她是拖雷诸妻中年纪最长、最早嫁给拖雷、也最受宠的。在拖雷的十一个儿子中，出自她腹中的就有四人。做为后妃、做为母亲，唆鲁和贴尼无疑是幸运并且成功的，但是做为一个女人，唆鲁和贴尼却四十岁左右就成了寡妇。造成这两种情形的理由都只有一条：她是拖雷的妻子。
成吉思汗铁木真嫡妻孛儿贴一共为他生下了四个儿子。在这四个嫡出儿子中，拖雷是最幼子。按照蒙古习俗，幼子为“守产”之子，理应继承父亲的财产和牛羊。除此之外，拖雷本人更是同胞四兄弟中最有胆略才干的。因此，成吉思汗对拖雷的喜爱是不言而喻的。成吉思汗曾经让他担任监国，还曾经将拖雷称为自己的“那可尔”（同伴）。
成吉思汗曾经想将帝位传给拖雷，但是在家族内部纷争之中，他最后决定将帝位传给嫡三子窝阔台。大约是为了补偿，更因为蒙古习俗使然，成吉思汗随后将绝大多数的财产分给了拖雷。——有一个最直接的对比是这样的：拖雷所得军户为十万一千户，汗位继承人窝阔台仅得四千户。不过，蒙古帝国时期有一个这样的规矩，即使老皇帝有遗嘱，也必须通过忽里勒台大会的最后批准，新帝才能继位。这是一个必须得走的过场。
成吉思汗死于公元1227年七月十二日，在他死后两年间，蒙古汗国都没有正式确定新汗。最终，在公元1229年八月，蒙古诸王大臣齐聚，召开了忽里勒台大会。
会议由拖雷主持，由耶律楚材从中周旋。经过长时间的议论考量，实力最雄厚的拖雷表示愿意接受父亲的主张，将汗位给予三哥窝阔台。由于拖雷的实力实在太雄厚，虽然他已经点头应允，窝阔台仍然颇为踌躇，说当着这位弟弟的面登上汗位，自己很过意不去。经过多次推让，窝阔台终于被二哥察合台、弟弟拖雷、叔父斡惕赤斤一起又推又拉地登上了蒙古帝国的大汗宝座。窝阔台登上帝位之后，拖雷遵守诺言，尽心尽力地辅佐他。不过我们可以想象，窝阔台心里面不可能不对这位实力超群的弟弟满心忌惮。
公元1231年，窝阔台和拖雷率大军南征，目的地是金国。早在成吉思汗临死前，他就已经预言蒙古大军一定能够分头灭金灭宋，其中最重要的一条理由，就是金与宋之间有“靖康”的死仇，宋朝绝对不可能给予金国任何协助，反而会给蒙古帝国帮大忙。灭金之后再灭宋也就只是时间问题了。不幸的是，事实再一次证明了成吉思汗的战略远见，在这方面，他对战国年间“远交近攻”的策略即使不是再次发现，也可以算得是活学活用。当蒙古大兵压境之后，金哀宗果然接连遣使向南宋求和请援通好，宋理宋不予理睬，并且与蒙军结成了同盟。金国在左右夹攻之下，经过三年的挣扎，终于在1234年灭亡了，37岁的金哀宗自尽。勉强也算是一个祖辈造孽儿孙还债的下场。然而就在蒙古汗国凯旋北归的路上，窝阔台突然患病，口不能言。病情发展得很快，自起病后不到一个月间，窝阔台已经到命悬一线的地步了。随军的巫师用了所有的方法也不能阻止大汗走向死亡的步伐。最终得出的结论是：由于蒙古军队灭金之时杀戳太过于惨毒，触怒了金国土地上的鬼神，他们一定要报复，因此任何祭祀都没有作用，除非大汗自己死掉，或者堪与大汗地位相比拟的皇族死掉，才能平息他们的怒火。这时，拖雷站了出来，他认为自己正是有这个资格的人选：“父亲选择汗兄继承了汗位，承担了统率万国的至高任务，我辅佐汗兄，要把忘了的事情提醒你，睡着了唤醒你。如果失去汗兄，我能提醒谁唤醒谁？我愿意代死。何况在征战中杀人最多的正是我，造下无边罪孽的也是我，应该让我被带走。”既然他这么说了，窝阔台自然不会客套。巫师立即将木碗端来，里面盛着据说是抹过窝阔台身体后又施了咒语的水。拖雷将这碗水饮下之后，窝阔台果然霍然而愈，而四十来岁的拖雷却死了。由于拖雷有这样代兄赴死的“义举”，整个蒙古帝国上下，都将他奉若神明，窝阔台也非常感激。不过这事儿实在透着糊涂。被蒙古帝国灭得寸草不生的国家多了去了，金国的百姓好歹还剩了那么一些，怎么说，金国鬼神的怒气也不至于能高过那些国家的鬼神吧！再者说了，如果灭了一个国家，那国家的鬼神就要立即现世报灭掉仇家的一个高级成员，那蒙古帝国的宗王老早就该一个不剩了。何况，北宋王朝那般惨烈的靖康之耻，咋没见鬼神出来效个力啥的！
抚养子女
拖雷之死，成为元史中最大的一桩谜案。拖雷临死前，曾经嘱咐窝阔台照料自己留下的孤儿寡妇。然而再怎么照料，孤儿寡妇就是孤儿寡妇，何况从后来发生的事情来看，窝阔台照料的方法并不是很地道。
蒙古汗国盛行的是萨满教，当时的萨满教仍然带着原始宗教的印记，巫术、人牲、天意……以巫师的说法来解释拖雷之死，不但冠冕堂皇，而且还可以得到绝大多数人的认可。然而——唆鲁合贴尼却有一个特殊的身份，她是成吉思汗义父王罕之弟扎合干不的女儿。王罕的克烈部被成吉思汗灭掉，扎合干不也被杀。但是唆鲁合贴尼仍然坚持着克烈部的信仰。她信仰的可不是萨满教，而是“景教”，即基督教中的聂思脱里派，蒙语称之为“也里可温”。因此巫师的解释几乎不可能在唆鲁合贴尼这里过关。
几乎是从知道丈夫死讯的那一刻起，唆鲁合贴尼就敏锐地感觉到了事情另有隐情。不光是因为宗教信仰差异太大，更因为她深知蒙古汗国皇族内部的许多隐事——早年，成吉思汗就曾经派三名力士杀死了威胁自己权威的巫师阔阔出并毁尸灭迹，还声称是“上天”取走了阔阔出的性命和尸体。
不过，唆鲁合贴尼的理智很快就战胜了感情，再说人死不能复生，拖雷“义举”的名声肯定是比被大汗铲除的名声更符合实际需要，她没有做任何反应。与此同时，做为拖雷家族的当家人，唆鲁合贴尼开始严格地约束诸子及部属，既不让他们做任何违拗窝阔台大汗的事情，更不让他们彼此之间争执。总之，不能给别人任何整治拖雷家族的理由。然而，唆鲁合贴尼的默不作声，并不能平息窝阔台的疑心。他开始用各种方法挑衅拖雷家族。
窝阔台很清楚，拖雷家族如今的主心骨就是唆鲁合贴尼。于是他忽然颁下了一道诏书，要唆鲁合贴尼改嫁，而且是嫁给自己的长子贵由。拖雷死时，贵由刚27岁，比唆鲁合贴尼的长子蒙哥大不了几岁（蒙哥小的时候还曾经做过窝阔台一段时间的养子）。如今居然要让养子的母亲嫁给自己的儿子，很明显这不是一椿般配的婚姻。虽然说氏族中有“收继婚”制度，但为什么窝阔台放着那么多年貌更相当辈份更尊长的宗室王公不选，偏要选自己的儿子？隐藏在背后的真正原因，应该还是他想借机将拖雷家族的兵权财富统统纳入窝阔台系的囊中，也顺便使拖雷诸子没有母亲可依靠。（唆鲁合贴尼是王罕的侄女，本应与成吉思汗平辈，却嫁给了他的儿子；现如今窝阔台更要将弟媳妇变成儿媳妇）。
接到诏书的唆鲁合贴尼非常镇定，她委婉地答道：“我并不敢违背大汗的意旨，只是我已经立下誓言，一定要先把拖雷的儿女抚养到成年之时。我不能背誓。”既有拖雷为兄替死的名声，加上唆鲁合贴尼又说得这么心平气和，窝阔台实在找不出什么毛病，再加上年轻的贵由并没有领会父亲的用意，始终没有坚持非娶寡婶不可。窝阔台只好打消这个念头。
然而，贵由议婚之事并不是窝阔台唯一给唆鲁合贴尼找的麻烦。窝阔台在毫无理由、未经过任何宗室商议的情况下，就忽然把原属于拖雷家族的三千军户划到了自己的次子阔端的名下。这一次的挑衅如此公然，果然触怒了拖雷部下的将领，他们纷纷表示要去讨回这个公道。然而唆鲁合贴尼仍然不动声色，她劝阻了部属的冲动，并平息了他们的怒火。经过她的说明，她的儿子和将领们都明白了忍耐的重要性。——除此之外，唆鲁合贴尼甚至变害为利：既然自己的部属和财产是不能拿回来了，何不趁势和阔端结下友情？果然，阔端从此成了窝阔台系最为亲近拖雷家族的人物之一。只是可惜他死得太早了一点，没能为拖雷家族帮上更大的忙。
早在拖雷去世之前，与他最为友好的大哥术赤就已经去世了，而且术赤的封国是遥远的钦察汗国（顿河、伏尔加河一带）。然而，唆鲁合贴尼并没有因为术赤和丈夫去世、钦察汗国又地处僻远，就疏远与这一支宗王的关系，恰恰相反，在唆鲁合贴尼的主持之下，拖雷家族与术赤家族联系得更紧密了。这也进一步使得窝阔台不好轻易为难唆鲁合贴尼。
精心管理
由于在唆鲁合贴尼的管理下，拖雷家族长期以来都表现得服从温顺，时间久了窝阔台也就不再成心找岔了。此后尽管拖雷诸子统兵四出征战，军事实力越来越雄厚，他也不再把他们视做威胁，反倒对他们非常喜爱。窝阔台对唆鲁合贴尼也渐生愧疚之心，对她提出的要求一般都尽可能的满足。但是唆鲁合贴尼仍然没有立刻轻举妄动。
公元1241十一月，56岁的窝阔台因为饮酒无度离开了人世。由于他的六皇后乃马真脱烈哥那企图篡改窝阔台的遗愿，又想要自己称制掌权，致使蒙古帝国的汗国虚悬了五年之久。
在这五年间，无数的宗王都想打这个帝位的主意，互相打来打去，搞得乌七八糟。反倒是实力最强的拖雷一族，由于唆鲁合贴尼的审时度势，没有趟这混水。
在乃马真称制四年后的公元1246年春天，蒙古汗国又一次推举大汗的忽里勒台大会在哈剌和林召开了。由于窝阔台生前曾有交代，要由三子阔出之子失烈门继承帝位；再加上诸王都各有私心，因此都不太情愿让乃马真的长子贵由继承汗位，术赤之子拔都的不满尤为突出，他干脆连会议都缺席了。在这个时候，唆鲁合贴尼却表态支持贵由，而且她所带领的拖雷家族也是到达会场最早、最光鲜的一支。
当贵由终于登上帝位之后，他对唆鲁合贴尼非常感激，可着劲儿地给拖雷家族各种荣誉和权力。当然贵由报恩之余也没有忘记跟自己早有私怨的拔都。称帝之后，他立即决定率军讨伐钦察汗国。
唆鲁合贴尼当然立刻就知道了这个消息。她派出密使，将贵由出兵的消息暗暗通知了拔都。——不用说，在贵由感激涕零之后，接着就轮到拔都感激涕零了。有了这样两面逢源的局面，唆鲁合贴尼和她统率下的拖雷家族，能有未来那般远大的前途，也就是顺理成章的事情了。
这年四月，贵由率领讨伐拔都的大军刚刚抵达乌伦古河，就突然离奇死去了。关于他死因的多种说法几乎都与拔都有关系，甚至于有一种说法就是提早得知消息的拔都派人将贵由给毒死了。总之这一切多少都与唆鲁合贴尼的报讯脱不了干系。总之，刚刚当了三年大汗的贵由就这么死了。唆鲁合贴尼倒也礼数周到，第一个派人前去看望他的大皇后斡兀立海迷失。海迷失随后临朝执政。可惜的是她没有唆鲁合贴尼那样的头脑，更没有她管教儿子的本事。蒙古汗国又陷入混乱之中。在这个节骨眼上，拔都突然向宗王广发“英雄贴”，要他们到自己的钦察汗国来召开选举新汗的会议。由于拔都是成吉思汗的长房当家人，包括海迷失皇后在内的宗室都不得不给这个面子，即使自己不想来的也都派了代表前来。
不用说拔都也有心想打汗位的主意。但是经过一番权衡，他决定向拖雷家族投桃报李，主动提出要议立拖雷长子蒙哥为新汗。这不仅是因为拖雷家族与术赤家族关系亲密，也因为在唆鲁合贴尼的管教之下，儿子们不但都能征善战有心计，而且还异常的团结，实力非常的雄厚。在拔都的一力主持下，蒙哥被术赤家族和拖雷家族推举为新汗。这个消息立即引起了察合台家族和窝阔台家族的反对。然而此时的唆鲁合贴尼与蒙哥已经掌握了主动，在连续发出两年的邀请都被拒绝之后，蒙哥决定抛开那两个家族自行召开忽里勒台会议。
公元1251年夏天，蒙哥正式在哈剌和林登基称汗，同时追封父亲拖雷为英武皇帝，庙号睿宗。蒙哥称汗引起了窝阔台家族的强烈不满。他们认为当初早有誓言，汗位永远属于窝阔台系，如今怎么却变成了拖雷家族的呢？于是贵由的儿子脑忽联同窝阔台的另两个孙子忽秃黑、失烈门密谋造反。谁知道事情中途泄漏，蒙哥趁机将将察合台系与窝阔台系所有反对自己的人都抓了起来，在审讯后几乎统统杀光。其中最引人注意的一场审讯，就是在唆鲁合贴尼的金帐里举行的。被审讯的是“元定宗”贵由的斡兀立海迷失皇后以及失烈门的母亲合答合赤哈敦。
这时候蒙哥和唆鲁合贴尼可不是若干年来一直低眉顺眼礼貌俱全的模样了。海迷失皇后与合答合赤哈敦夫人，这两个曾经权势熏天的女人很快就屈打成招，并被判处了死刑。
窝阔台汗国从此被划成分零八落，由几个年幼的或亲近拖雷家族的窝阔台子孙（如阔端的后人）分别执掌。蒙哥没有了后顾之忧。
家族壮大
自拖雷死后的整整十七年间，唆鲁合贴尼一直维持保护着整个家族的利益，并在不动声色中使这个家族日渐壮大，最终达了主掌蒙古帝国的终极目标。如果说唆鲁合贴尼的所有动作都是为拖雷复仇，似乎也不是百分之百——面对将克烈部灭族、却又孕育了自己心爱丈夫与儿女的成吉思汗家族，我们实在猜想不出这位克烈部女儿内心所有的想法。但是无论如何，唆鲁合贴尼以她超群的计谋与政治头脑，完成了历史上最迂回的王位争夺战，她在元朝的历史中占有重要的地位，她的影响力仅次于成吉思汗的母亲诃额仑。眼看儿子成为帝国皇帝、丈夫也获得身后尊崇的第二年，如愿以偿的唆鲁合贴尼离开了人世，年纪大约在六十岁上下。按照习俗，她下葬起辇谷。
唆鲁合贴尼留在史书上最鲜明的一笔记录，是由她的三子旭烈兀写下的。他担任了蒙古第三次西征的主帅，一路横扫到麦加、大马士革。旭烈兀素有“屠夫”之称，所到之处动辄屠城，几乎变成人间炼狱。然而由于母亲唆鲁合贴尼信仰基督教，他放过了各地的基督教徒。
唆鲁合贴尼的长子蒙哥在称帝九年后的七月逝于攻打南宋的军营中，地点在四川钓鱼山。蒙哥死时，同母弟忽必烈也在中原、旭烈兀则远征伊朗，留守帝国都城哈剌合林的幼弟阿里不哥想要趁机登上皇帝宝座。公元1260年三月，唆鲁合贴尼次子忽必烈在开平称汗。公元1260年四月，唆鲁合贴尼幼子阿里不哥在按坦河称汗。公元1264年，经过四年的皇位争夺战之后，忽必烈最终胜出，阿里不哥被软禁。
公元1265年，忽必烈为生母唆鲁合贴尼上谥号为“庄圣皇后”。至元八年（1271年），忽必烈改国号为“元”，正式建立元王朝，定都于大都（今北京市），将一个殖民帝国带入中原封建王朝时代。只是由于他推行汉法，蒙古帝国西方的汗国都先后脱离了元王朝的管治。而忽必烈自幼接触儒学的最大理由，就是唆鲁合贴尼给他请了儒师。
公元1309年十二月，元成宗铁穆耳为祖母唆鲁合贴尼再上谥号为“显懿庄圣皇后”。十个月后铁穆耳再为祖母上玉册，曰：“祖功宗德，称诔于天。内则阃仪，受成于庙。行之大者名必显，恩之隆者报则丰。上以增佐定之光，下以伸追之孝。钦惟庄圣皇后，英明溥博，圣善柔嘉。尊俪景襄，阴教纯被。逮事光献，妇职勤修。勋聿著于承天，祥两占于梦日。迹圣绪洪源之有渐，知深仁厚泽之无垠。玄符肇自涂山，顾前徽之未称；苍兴于文母，岂后嗣之能忘。是用参考彝经，丕扬景铄。敷绎宝慈之谊，形容青史之规。谨遣摄太尉某奉玉册玉宝，加上尊谥曰显懿庄圣皇后。伏惟睿灵，昭垂鉴格。礼严？s宫，乐歌夷则。亿万斯年，承休无斁。”由于生出了这么几个影响力巨大的儿子，拖雷和唆鲁合贴尼的身后待遇极高。至今在成吉思汗陵的东殿里，仍然供奉着他们的灵柩。在蒙古族心目中的唆鲁合贴尼，不但是神圣的皇后、太后，民间更将她尊为送子娘娘。认为诚心供奉她将能够诞育出众的儿女。
