蒋经国上海打虎月余，取得了非凡成就。然而，用黄金、外汇兑换金圆券的大都是中小商人和普通市民，真正的孔宋豪门，则置之不理。9月24日，中经新闻社有一条新闻说：“工商界某权威者对收兑黄金美钞事，向记者发表观感称：自‘八一九’新经济政策实行迄今，每日均有大量黄金美钞，由市民手中流入国行，该项兑换乘机极佳，足证国民对政府发行新币制金圆券之信任拥护。但未闻豪门与官僚大资本家出兑其所藏之黄金美钞，显系该项人等有特殊地位，不必兑出。否则即系此种人物不信任金圆券之流通，故意欺骗老百姓。对于此点，亟盼主管当局以大刀阔斧，严令孔宋辈倾兑其所有之金条与美钞，以为民众之楷模。倘仍不问不闻，恐将引起国民大众怀疑，对新经济政策之推行有重大影响云云。”对此，上海的工商界中亦有不少人愤愤不平，他们抨击蒋经国说：“打击豪门吗？真正的豪门不是他们，而是极少数特权阶级，他们有的在国外，有的虽在国内，他也不敢动！”
在外界开始攻击蒋经国不打豪门之际，杜月笙则不失时机地向蒋经国的“戡建”大队提供了一个信息，说扬子公司非法囤积大量物资，请打虎队对扬子公司进行查处。
杜月笙这招果然厉害。扬子公司全称是扬子建业股份有限公司，由孔祥熙的儿子孔令侃经营，并任总经理。孔令侃乃宋美龄大姐宋霭龄之子，不仅深受宋美龄宠爱，也为蒋介石所喜爱。
因此，蒋经国获得情报之后，也骑虎难下，不知如何是好。9月28日，他乘火车返回南京，准备请示父亲蒋介石，但“一见父亲甚忙，故未多言即退出”，“下午再拜见父亲，在百忙与忧烦中承加慰勉，几乎被感动而欲流泪矣”。后因儿子孝武生病入院，便于下午6时匆匆返回上海。
9月30日上午，蒋经国召集了检查委员会会议，他决心查处扬子公司。当晚，检查组从扬子公司查获的物资有新型汽车100辆，配件几百箱，西药200余箱，货物500余箱。蒋经国没有想到能查出这么多物资来，一下子反而有点担心了。倒不是怕孔令侃，他担心的是，查处这么多物资，宋美龄也许会插手此事。他开始“感到头痛”了。
事实上，当晚孔令侃就打电话向姨妈宋美龄求救了。宋美龄当然对蒋经国在上海打虎的事略有所闻，但她没有想到蒋经国会打到自家人头上。10月1日，宋美龄从南京飞抵上海，阻止蒋经国查封扬子公司。
然而，蒋经国查封扬子公司的事经各大报刊的大肆宣扬，已成为众所周知的大新闻。当时，上海甚至全国都在注视着蒋经国，人们想看看他怎样处置孔令侃。一边是民心所系，甚至关系到打虎的成败，一边是宋美龄的求情，蒋经国真正是骑虎难下了。10月2日，他在日记中写道：“前天发现的××公司仓库里面所囤积的货物，都非日用品，而外面则扩大其事，使得此事不易处理，真是头痛。”在上星期的反省录中，他认为：“自从管制上海经济工作以来，上星期最为吃力，反抗的力量来得相当大。”“××公司的案子，弄得满城风雨。四处所造成的空气，确实可怕。”
宋美龄的干预到底还是起了作用。10月8日晚，蒋介石由北平前线飞抵上海。次日清晨，蒋经国向父亲报告了上海的情况。蒋介石在日记中说：“在沪早课如常。经儿自无锡来见，在美亭中叙谈，听取其上海经济管制经过之报告。经济本为复杂难理之事，而上海之难更为全国一切万恶鬼诈荟萃之地，其处理不易可想而知。对于孔令侃，反动派更借题发挥，强令为难，必欲陷其于罪，否则即谓经之包蔽，尤以宣铁吾机关报攻讦为甚，余严斥其妄，令其自动停刊。”“晚课后，心绪郁结异甚，沪上事繁心闷。”
最终，蒋介石站在了宋美龄的一边，他要蒋经国不要追究孔令侃，由他远赴美国，但同时也支持蒋经国将扬子公司的物资按“八一九”限价进行标卖。这样，扬子公司案便算勉强了结。蒋经国对这样的处理结果显然不满，但也无可奈何。10月10日，他在日记中说：“本来是可喜之一天，但是内心的痛苦，益加深重。”“倘使此案发现在宣布物资总登记以前，那我一定要将其移送特种刑庭。”
扬子公司案使蒋经国的打虎行动严重受挫，他在上海好不容易树立起来的声威，立即输得精光。上海大多数报纸开始采取消极不合作的态度了，上海整个的空气都在恶转中，他们把“只打老虎，不拍苍蝇”的口号，改成了“只拍苍蝇，不打老虎”。10月16日，蒋经国在反省录中写道：“××公司的案子，未能彻底处理，因为限于法令，不能严办，引起外界的误会。同时自从此事发生之后，所有的工作，都不能如意地推动了，抵抗的力量亦甚大。经济管制的工作，发展到今天，确实已到了相当严重关头。一般中产阶级，因为买不到东西而怨恨。工人因为小菜涨价，而表示不满。现在到了四面楚歌的时候，倘使不能坚定，即很快就会崩溃。”
当然，查处扬子公司案的失利，并非蒋经国上海经济管制失败的根本原因。上海市长吴国桢曾说过：“即使把孔令侃杀了，上海的经济管制也成功不了。”的确如此，经济的崩溃，不是仅仅用军事管制的办法就能挽救得了的。
