歪思汗成功地把“造汗机器”忽歹达赶到麦地那以后不久就去世了，没有能够毕其功于一役——彻底摆脱朵豁剌惕部族的控制，以至于他的两个儿子羽奴斯和也先不花二世（以区别于察合台汗国初期的也先不花汗）争夺汗位时，该部族依然保持着强有力的影响。
兄弟二人同室操戈的结果是最：忽歹达的儿子赛义德。阿里支持的也先不花二世登上了汗位，他在位长达30年（1432年—1462年）。这时的东部察合台汗国非常虚弱了，连朵豁剌惕部族传统的领地可失哈尔都被帖木儿的后代强占过一段时间，不过很快他们又收回了。
也先不花二世似乎想重现了一些祖先们的征伐本领，他亲自指挥过几次对帖木儿汗国的抢掠性远征，帖木儿的后人不赛因汗把被他收留的羽奴斯派到了战场，使同胞兄弟之间展开了一场都没有胜算的恶战，羽奴斯占领了一些东部察合台的土地，并在察合台系的传统都城阿力麻里自称为汗。这样，拉开了察合台汗国在十四世纪中叶分为东、西两部分约100年以后又一次分裂的开端。
在1462年（北元乌可克图汗七年、明英宗天顺六年）也先不花二世死后，他那不争气的儿子摩柯末得罪了朵豁剌惕部族，随即他的叔叔、被帖木儿汗国支持的羽奴斯，趁机占领了其东边原为也先不花二世控制的领土，经过一番内部争斗后，后来者居上的羽奴斯完成了东部察合台汗国的短暂统一。
羽奴斯汗似乎带有宿命论的特征，开展了几件值得一提的是情。如他趁明英宗在“土木堡之变”中被北元瓦剌部俘获而朝中混乱的时机，把一直承认明朝宗主权的哈密汗王的绿洲据为己有；如他为了重温黄金家族祖先们的游牧生活方式，而甘愿放弃了自己非常习惯的城市氛围，特意如“苦行僧”一般在伊犁河谷度过了几年的游牧生活；他还对原先的西部察合台汗国即帖木儿汗国的领土抱有一定幻想，并为之进行过军事和政治斗争，并一度占领喝洗劫了其中心城市之一的塔什干。
羽奴斯汗死后，长子马合谋与次子阿黑麻犯了重大战略失误，他们曾收留了有野心的钦察汗国术赤系后裔、月即别部（后来的乌兹别克）昔班尼汗，结果后者并没有对他们的仁慈表现出回报，反而是通过一场战争俘虏了马合谋汗，并于1508年（北元达延汗二十九年、明武宗正德三年）处死马哈谋汗于浩罕。而阿黑麻汗则于1504年（北元达延汗二十五年、明孝宗弘治十七年）死于重病。
自此，东部察合台系在天山以西就基本消失于政治舞台了，他们的后裔在天山以东“苟延残喘”了近一个世纪，不过已经裂变为许许多多面积不等、互不统属的“地面”了。后来，察合台系在天山以东的政治势力最后统统被强大的清朝政府所统一，成为满清帝国版图的组成部分之一了。
（由于我对四大汗国的历史不太熟悉，因此对以上几节不敢妄加评论。请出版社编辑把关。）
