窝阔台系、察合台系对拖雷系的仇视已经不是新鲜事了。就在蒙哥在世时，因为帝国的军事力量和主要关注点在于南征灭宋，所以中亚地区倒显得似乎平安无事。在十三世纪五十年代中后期，窝阔台第五子合失（早卒）之子海都，继承了窝阔台的大部分领地，他对拖雷系从己方夺取了汗（皇）位继承权耿耿于怀，认为大汗之位当为他本人，于是借蒙哥无瑕注意中亚的时机，加紧招兵买卖、储备粮秣，准备伺机起事，为了免除西面的后顾之忧，海都甚至不惜主动与术赤系后王交好，以全力以赴扩军备战，力图一举恢复窝阔台系的荣光。
在同一个时期，和窝阔台系相对稳定不同，察合台系首领经过了几番演变：1242年察合台去世后，传位于在今阿富汗巴米扬阵亡的长子木秃干之子哈剌旭烈兀，很快由察合台次子也速蒙哥即位，但到了1252年，由于他坚定支持窝阔台系，积极参与反对蒙哥继承汗（皇）的斗争，而被即位后的蒙哥下令于1252年处决。也速蒙哥去世后，他美丽、聪慧而有主见的其子斡尔哈纳以监国的形式（监国至1261年），稳住了遭受蒙哥报复后的察合台系的局势。
到1259年蒙哥汗在合川钓鱼城之战中亡故时，中亚地区实际上有两位强权人物，一位就是窝阔台的嫡孙海都，一位是察合台的次子媳斡尔哈纳，从辈分来讲，后者是前者的婶子，双方依然保持了窝阔台、察合台传统的盟友关系，他们斗争的目标是在汉地的拖雷之子忽必烈与阿里不哥。拖雷两个儿子之争无疑给窝阔台系、察合台系后王以很大的想象空间。
这样，让人匪夷所思的情况出现了：1259年蒙哥离开人世的消息一传出，以海都为代表的窝阔台系宗王们竟然拉下面子，和以前老死不相往来的拖雷幼子阿里不哥打得火热起来，双方密使频繁往来，珍奇异宝互通有无，问寒问暖不一而足。原来，海都他们认为，占据哈拉和林和蒙古本部的阿里不哥，必然会与拥兵自重的忽必烈为了汗位决一死战，如果自己帮助阿里不哥能把强悍的忽必烈消灭的话，那么拖雷一系自然元气大伤，即使阿里不哥即位了，也必然成为窝阔台系的傀儡，日后，这偌大的帝国还是窝阔台系的天下。
阿里不哥当然急需得到宝贵的援助，他一面欣然接受了海都的“好意”，一面把在哈拉和林拥戴自己称汗的察合台第三子贝达克之子阿鲁忽封为察合台汗王，结果没想到阿鲁忽到了领地后，鬼使神差般地与阿里不哥反目，转而向忽必烈称臣。由于察合台汗王的反复无常，使得海都联合察合台系共同帮助阿里不哥的愿望落空了，海都只好率本部军马，前往蒙古高原与阿里不哥回合，与忽必烈的军队进行作战。
由于窝阔台系在贵由寡妻斡兀立·海迷失被迫结束监国、将汗位交给拖雷系蒙哥以后，帝国的第三次西征以及对汉地的最后征服都是由拖雷系为主操办的，窝阔台系显然已被排除在外，这样一来，他们基本上只是偏安于原先铁木真在世时给与他们的中亚一带的封地，对军国大事已疏懒多年，大都过上了一种纸醉金迷的寄生生活，所以，他们真的是低估了忽必烈本人的综合素质和其军队的战斗力，低估了忽必烈统一整个帝国的决心和勇气，更低估了忽必烈所依靠的汉地的巨大经济实力、人力资源和斗争智慧。
所以，对阿里不哥的支持，最后得到的结果却：1264年七月，走投无路的阿里不哥灰只好溜溜地向忽必烈俯首称臣。在忽必烈和阿里不哥的拉锯战中，忽必烈强烈感受到了中亚窝阔台、察合台两系的威胁，战事随之将在更加广阔的范围展开。
