鸦片战争前后，西方传教士凭借强大的国家实力，卷土重来。部分传教士充当了列强侵华的急先锋和文化宣传队。他们鼓吹对华武装侵略，为本国政府侵华制造舆论，搜集情报，出谋划策，从而成为列强侵华的有力工具。另一方面，有不少传教士通过虔诚传教、兴办教堂、翻译西书、创办报刊、兴建医院等方式，不仅传播了西方科学文化知识，为中华文化输入了新鲜血液，而且推动了中国近代报刊出版、医疗卫生、慈善福利等事业的进步，从而赢得了中国人的尊重。概而言之，在晚清乃至整个近代社会，在华外国教会势力充当了魔鬼与天使的双重角色。
恶行昭昭
鸦片战争后，外国传教士凭借一系列不平等条约，获得了在中国传教的特权。中英《南京条约》规定：“耶稣、天主教原系为善之道，自后有传教者来到中国，一体保护。”中美《望厦条约》第十七款也写明：“传教士除了能在五口传教外，还可以建立教堂。”中法《黄浦条约》第二十三款除规定法国传教士可在五口传教外，还规定“倘有中国将佛兰西（即法国）国平民，100多年间多次易手，而且房主已经多次花钱修葺。但是外国传教士全然不顾民礼拜堂、坟地触犯毁坏，地方官照例严拘重罚。”在这些条约的保护下，基督教各派在口岸城市迅速传布，并以各种形式向内地迅速渗透。第二次鸦片战争后，通过《天津条约》和《北京条约》，外国传教士进一步获得了在华传教的自由，并可在华购置田产，由此教会势力在中国各地迅速蔓延。其中许多不法传教士制造了种种恶行，引发了一系列教案，最终激起了中国人民广泛地反抗。
外国传教士在华肆意霸占田产，掠夺财富。鸦片战争后，道光帝谕令将清前期禁教时期没收的教产统统发还。外国传教士借此刮起“给还旧址”的风潮。当时许多房产已在当年由教士作价卖给了中情，强行索要。各国传教士又根据中法《北京条约》中“任法国传教士在各省租买田地，建造自便”的条款，掀起了一股强买房地产的恶潮。他们依仗特权，压价强买，甚至强要恶索，盗买盗卖，强迫捐献。还有一些传教士，利用手中特权，大量攫取黄金、白银、古玩、文物。这一时期，中国大量文物典籍流落海外，许多传教士靠倒卖文物发了横财。
基督教为扩大在华势力，极力扩大教徒队伍。应该承认当时入教的人不乏虔诚信仰者，但“吃教”、“恃教”者也大有人在，尤其是地方上一些恶绅、富贾、地痞、流氓多为逃赋漏税，寻求庇护入教。他们依仗教会势力，抢田霸产，奸淫妇女，走私贩毒，欺压平民，横行乡里，为非作歹。外国传教士对此等教民的种种劣行不仅视而不见，反而出面予以庇护，甚至鼓励他们冲撞官府，寻衅滋事，借此打击地方官府的权威，树立教会威信。凡此种种，无不增加一些地方官员和广大人民群众对教会的敌视。如法国传教士马赖在广西西林传教期间，吸收了一些地痞、无赖、赌棍等入教，甚至勾结当地“绿林劫匪”，以取得其保护。这些不法之徒“窜街妖言惑众，纠伙拜会，奸淫妇女，抢劫村寨”，引起当地人民的痛恨。马林因此于咸丰六年（1856）一月二十四日被新任知县张鸣凤就地正法，酿成“西林教案”，亦称“马神甫事件”。法国以此为借口，伙同英国发动了第二次鸦片战争。
外国传教士还依仗不平等条约所赋予的特权和列强在华势力，干涉中国司法。光绪二十二年（1896）清政府总理衙门颁发《地方官接待教士事宜》的文件规定：“总主教、主教品位与督抚同级。摄位司铎、大司铎与司道同级。司铎与府、厅、州、县同级。教务纠纷发生时，应由教中品秩相当的教士与同级的中国官员，转请外国公使或领事会同解决。”这无疑是把中国的司法大权拱手让给了传教士，所以，近代以来传教士包揽讼词、包庇教徒的事件频频发生。不论是非曲直，只要教士“具片送州，包定输赢”。于是一些心术不正的人，为打官司而入教，使地方上一些人戏称天主教为“打官司教”。许多教案皆因教士包庇恶棍而发生。
曾国藩在同治九年（1870）的一道奏折中讲：“凡教中犯案，教士不问是非，曲庇教民；领事不问是非，曲庇教士。遇有民教争斗，平民恒曲，教民恒胜。教民势焰愈横，平民愤郁愈甚。郁极必发，则聚众而群思一逞。”曾国藩对教案起因的分析，基本符合实际，切中肯綮。教士干涉中国司法权，不仅引起平民百姓的怨忿，许多清王朝各级官吏也极为不满。
外国基督教各团体在中国开医院，办育婴堂，办学校，本为扩大教会影响的善举，但有的教会医院把中国贫民当试验品致伤致残；有的教会学校虐待学童；有的育婴堂内虐待婴儿致死的事件屡屡发生。如同治七年（1868）扬州育婴堂发现被虐待致死的婴儿40多个，引发当地群众的强烈愤慨，最终酿成“扬州教案”，约有1万多群众冲击了教堂，并殴伤教士及其女眷数人。再如光绪十七年（1891）无锡天主堂发现婴儿尸体200余具；丹阳天主堂发现腐烂婴儿尸体70余具，皆引起当地民众的愤慨，最终导致民教冲突。其实这些幼孩未必全是教会加害的，但这些事例却在社会上迅速流传，就变成如育婴堂拐骗童男童女，“剖心剜眼用来配药”等耸人听闻的消息或谣言，结果只能在中国人民反教情绪上火上浇油。外国传教士在传教过程中，还强行干预地方民俗，强制推行不同于中国传统的西式风俗习惯，引发中国民众的不解和严重不满。如咸丰十一年（1861），山西传教士不许教民出资参加演戏酬神的民间传统活动，破坏了当地沿袭已久的群众集资自娱的传统习俗，遂导致严重的民教冲突。再如有的外国传教士不许教民遵从敬祀祖宗的习俗，最易引起中国广大民众的反感。因为在广大中国民众看来，这是有悖天理的禽兽之行，而由此引发的民教冲突也不在少数。
不法传教士及其庇护下的恶教徒的累累恶行，引发了中国民众广泛的不满和反抗，导致晚清教案频频发生。综观这些教案，基本上都是由于教士的不法行为引起的，软弱的地方官府不敢主持公道，判明是非，愤怒的群众只有采取暴力手段进行仇杀，有时群众运动甚至得到官吏的暗中纵容或支持。结果每每酿成流血事件，导致教案发生。而每次教案中外交涉的结局，都是以清政府屈服于列强的压力，惩办有关官员和民众，向洋人赔礼道歉，支付巨额赔款告终。结果只能是加剧民教之间的矛盾冲突，教会势力气焰嚣张，群众反抗情绪日益激烈，最终导致了蔓延中国北方、震惊世界的义和团反帝爱国运动，给予在华教会势力以沉重的打击。不过经过义和团运动后，传教士终于认识到，一种外来文化必须与本土文化相结合才能生根开花。
善行彰彰
基督教在华传教过程中，虽然一些不法传教士及恶教徒犯下了累累罪行；但是众多传教士在传教过程中，也自觉不自觉地传播了西方先进的科学文化知识，为中华文化输入了新鲜的血液，对中华文明的促进作用也是毋庸置疑的。
早在明清之际，以利玛窦、汤若望为代表的传教士曾以介绍传播西方科学知识为手段，在中国打开了局面，站稳了脚跟。晚清时期外国传教士继承其先驱的衣钵，仍以先进的科学知识作为吸引中国人接近教会、了解教会进而加入教会的重要手段。与其前辈不同的是，他们开办了大量的新式学堂。道光十六年（1836），西人在广州成立了“马礼逊教育会”，以“改进和推动中国的教育为目的”，道光十九年（1839）该会在澳门开办“马礼逊学堂”，招收中国学童。道光二十四年（1844）英国传教士开办的“宁波女子学塾”，是近代西人在华设立最早的女子学堂。次年，美国传教士又在宁波设立一所男塾——“崇信义塾”，该校于同治六年（1867）迁至杭州。以后，天主教陆续开办了山西大学、北京辅仁大学、上海震旦大学、天津商学院。而基督新教开的燕京大学、山东齐鲁大学、上海圣约翰大学、南京金陵大学等，成为中国最早的一批高等学府。
一些在华传教士通过翻译出版西书，创办报刊等手段，传播了西方新思想、新文化，输入了自由、平等、民主等新观念。如美国传教士裨治文曾撰《阿美利加合众国志》，向中国人阐述介绍了美国的民主和宪法精神。美国传教士丁韪良任京师同文馆教习时译《万国律例》，将国际公法介绍到中国。英国传教士李摩提太任“广学会”总干事期间，主持出版了大量的书刊，宣传基督教，传播西学。他还参加维新派组织的“强学会”，其主张变法的思想对康、梁有所启发。基督教中包含的原始平等观念，鼓动了太平天国农民起义，洪秀全就是间接接受了基督教思想后，加以改造而创立“拜上帝会”组织发动反清起义的。基督教宣传自然科学，反对巫术迷信。基督教提倡一夫一妻，男女平等，婚姻自由，对中国沿袭千年的纳妾陋习和重男轻女观念也是一个重大冲击。传教士在华翻译《圣经》，出版介绍基督教原理的著作，编辞典，办报纸，在客观上推动了中国新闻出版事业的发展。
在华设立诊所、医院，行医施药，也是传教士用以辅助传教的重要手段。传教士把医疗视为“福音的婢女”，认为医生在治疗中国人肉体伤病时，最容易把宗教精神注入他们的心灵。早在道光十五年（1835），美国传教士医生伯驾就在广州开设了一所“眼科医局”，为中国人治疗眼科疾病，使不少患白内障的病人重见光明。道光十九年（1839）林则徐来广州后还曾请伯驾为他治疗疝气。道光十八年（1838）传教士又在广州成立“广州医务局”，伯驾任副会长，鼓励教会医生在中国人中间行医，推动传教工作，赢得中国人的信任和尊重。道光二十四年（1844），英国传教士雒魏林在上海设立第一家西医院——仁济医院。此后教会相继在中国各地开办了不少医院，协和医院就是其中最著名的一家。
传教士一向把兴办慈善事业作为吸引教徒的重要手段，为此兴办育婴堂、孤儿院、育童学校、聋哑学校，成立以戒烟禁赌、改造妓女为目的的改良会、济良会、拒毒会、道德会、养真社等等。在大灾荒时，教会还出面组织“中国赈灾委员会”。他们的这些活动虽然不能解决中国社会的根本矛盾，但是对促进中国慈善福利事业的进步、改良社会风气还是起了一定的积极作用。
