经过十多年的东征西战，阴谋阳谋，秦始皇终于灭了六国，成就了一统天下的霸业。霸业始成，政权纷乱，是“师古”依分封制，还是“师今”行郡县制，秦始皇嬴政做出了自己的选择，而这个选择初行，就奠定了两千多年的政治格局。随之大秦国实施“皇帝”制、中央集权制、货币统一、车同轨……无一不成为后世模仿之榜样。
公元前221年，随着齐国的不战而降，秦国完成了兼并六国的伟业。秦王嬴政在灭亡六国的过程中，下令将六国的兵器收缴到咸阳，还将六国的豪富、贵族也迁徙到咸阳或其他地方，使他们远离自己的故土，天下的秩序得到初步安定，但刚刚统一的秦王朝急需制定一系列的制度和政策来巩固统治。
当出使齐国的使者带回消息说齐王建不战而降时，秦王嬴政在大殿上显得分外高兴，因为这大大缩短了他统一天下的时间，大殿上的大臣们也都高呼万岁。就在这时，秦王嬴政提出了统一六国后的第一个迫切需要解决的问题，就是议定帝号。
秦王嬴政先讲了灭六国的经过，从灭韩一直讲到灭齐，将兼并六国的战争说成是迫不得已的“兴兵诛暴乱”，虽然这是明显的歪曲事实，但嬴政是想以此来说明自己统一六国的正义性。自古“胜者王败者寇”，从胜利者的嘴里讲如何灭掉这些国家，显得很轻松。最后嬴政又谦虚了几句并提出了问题：“寡人以眇眇之身，兴兵诛暴乱，赖宗庙之灵，六国咸伏其辜，天下大定。今名号不更，无以称成功，传后世。其议帝号。”
秦王嬴政的意思很明确，六国已经统一，不更改他本人的名号，就无法体现他的成就和地位，后世也无法称颂他的业绩。秦王嬴政将更改自己的名号作为立国建制的首要问题提出来是非常正确的，因为他所要建立的是前所未有的、空前统一的、中央集权的君主专制国家，与以往的任何一个国家都不同。这样的新型国家政体必须要有与之相应的国君称号，才能显示出国君至高无上的地位，才能树立国君的绝对权威。
当时朝上的大臣包括丞相王绾、御史大夫冯劫、廷尉李斯等人，这些人辅佐秦王嬴政多年，今日又见秦王说出如此言语，早已领会了秦王的意图，商量后向嬴政报告说：“古时最有名的莫过于三皇五帝，而三皇五帝所统治的地盘比我们现在的大秦要小得多，现在大王兴正义之师，平定天下，全国统一设置郡县，法令一统，这是亘古以来没有的大事，五帝实在无法和大王相比。所以，我们商议，三皇中间，最尊贵的是泰皇，所以建议秦王改称泰皇。而大王发布的政令应当称为‘制书’、‘诏书’，大王则自称‘朕’。”
秦王嬴政听完大臣的意见后，说：“去‘泰’留‘皇’，采用上古帝位号，称为‘皇帝’，其他就依大家所说的吧。”秦王嬴政又说：“过去君王下世之后，即位的君王和大臣都要给先君一个谥号，这是后代君王议论前代君王，臣子议论君王，是以下犯上，从我开始，废除谥号。我称秦始皇，下面是二世、三世……直至万世。”
秦王嬴政废除谥法，从维护君主专制的角度来说，其理由是很充分的。谥号是后人对前一代君王的评价，嬴政将谥法取消了，就是禁止后人评价他，死后都不让人评价，生前就更不可能允许别人议论他了。
从此，皇帝作为中国专制王朝最高统治者的名号沿用了两千多年，“皇帝”一词是对王权新的概括，其权势和功德都超越以往任何对统治者的尊称。除了自称秦始皇以外，嬴政还制定了一系列与皇帝名号有关的制度，这些制度的制定，并不是形式主义，它实质上是要通过这些制度上的规定来确立皇帝在国家最高权力机构中至高无上的地位，使国家的中央政权和地方政权都掌握在皇帝一人手中，即“天下大事无大小皆决于上”。
虽然秦始皇确立了皇帝的名号，并用“五德终始学说”来神话自己、证明自己统治的合法性，但这只能保障整个王朝在思想舆论上的统一。若想有效地统治整个国家，还必须建立一套从中央到地方的严密的政权机构和官僚制度，这样才能加强对地方和官员的控制，使皇帝真正拥有掌握国家大事的权力。
秦始皇为自己的君主专制国家建立了以三公九卿为中心的中央官制，秦国的最高国家权力机关是“朝廷”，皇帝是朝廷的首脑，拥有至高无上的权力，凌驾于法律之上，对国家一切事务拥有最后的决定权。
“三公”指丞相、太尉、御史大夫，三公是直接隶属于皇帝之下的中央政府，是国家最高的行政机关。丞相是文官之长，是中央政府中的最高行政长官，直接受皇帝领导，地位可谓是“一人之下，万人之上”，负责处理国家日常的一切行政事务。秦统一六国后，秦始皇任命李斯为丞相；太尉是武官之长，是最高的军事长官，受皇帝直接领导，作战时有领兵之权，但无调兵之权，军队的调动权只在皇帝手中；御史大夫是最高的监察长官，负责监察百官，地位仅次于丞相，是丞相的副手。虽然丞相地位最高，但御史大夫往往比丞相和太尉拥有更大的实权。
三公之下设九卿，“九”只是概数，不是只有九个官位，九卿掌管中央政府的不同职能部门，分别受丞相、太尉、御史大夫的领导，而且直接听命于皇帝。九卿的职位有奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府等。
秦始皇在李斯辅佐下设置的以三公九卿为中心的官僚机构，考虑到了国家事务的各个主要方面，能够较好地传达和执行皇帝的政令，而且各职能部门之间彼此分管的事务分界线清楚，每个任职的官员职责明确，这些官员不是世袭制，有监督、有考核，这大大提高了官员的办事效率。
三公九卿制更加有利于皇帝进一步加强自己至高无上的权力，从组织上使皇帝成为集国家军政大权于一身的专制君主，开创了中国君主专制制度。
确立了中央政府的制度之后，还要确立地方上的制度。秦始皇在统一六国后就向大臣们征求意见。丞相王绾等大臣建议燕、齐、楚等国离秦国较远，很难统治，不如立诸皇子为王，镇守偏远之地。很多大臣都表示赞同这一建议，但有一个人提出了反对意见，这个人就是李斯。
李斯说：“当年周文王、周武王就是分封了很多自己的子弟和同姓亲属为诸侯王，可是这些人的后代血缘关系越来越疏远，最后相互攻击，如同仇人。就连周天子都无法控制诸侯之间的征战。现在的天下是靠大王神灵之威获得的统一，如果将天下划分成郡县，用公家的赋税重重赏赐那些皇子功臣，那么国家就很容易控制了。如果设置诸侯，很有可能会重蹈周朝的覆辙。”
秦始皇听完李斯的话认为非常有道理，说：“在秦统一天下之前，哪里的百姓不苦于连年战争，这都是诸侯征战造成的。如今我刚刚安定了天下，如果再立诸侯，这等于又要挑起战争，天下的百姓又将会不得安宁啊！”
于是，秦始皇根据李斯的建议实行了“郡县制”，将天下分为三十六郡，这样郡县制就产生了。在秦统一之前，秦始皇就在自己国内普遍设立郡、县，而统一六国后，他把郡县作为地方政权唯一存在的方式，以法令的方式宣布实施，这标志着郡县制最终取代了分封制。
郡县制的核心内容就是取消了“食邑”、“食封”制，对各级官吏均按其职务给予不同的俸禄，虽然秦国仍实行二十等爵制，也会封侯，但这些人不论享有多高的爵位，都不再享有封邑。
郡是秦国中央政府在地方上设置的最高行政机构，郡设郡守、郡尉、监御史，这三个官吏在一郡之中代表国家在地方上行使权力，三者之间分工明确、互不干涉；郡下面是县，县隶属于各个郡，是中央政府在地方上设置的第二级政权机关，县设县令、县丞、县尉三个官吏，县令、县丞、县尉下面又设令史、丞史、尉史；县下面设乡，乡下面设亭。
郡县两级地方政权与乡亭两级基层行政组织的建立，使中央集权的君主专制国家政体在地方政权的建设上日趋完备，这是中国历史上一件前所未有的大事，为之后两千多年的君主专制国家的地方政权体系打下了基础。
