施琅在给康熙的奏疏中，特别提到姚启圣生长于北方，不熟悉海战，不适宜指挥水师，姚启圣随即反驳，他坚决表示：“宁愿战死于海，而断不肯回厦门偷生者也。”可见二人矛盾已经非常尖锐了。
此后，在许多具体问题上，二人的意见也屡有分歧。关于出征的具体时间，清廷原定于康熙二十年十月出征，施琅上任时，考虑到还存在很多具体问题，尤其是“冬春之际，飓风时发，舟骤难过洋”，因此，他请求推迟到来年三四月间。但姚启圣却认为，十月、十一月间利用北风，正好可以出兵，并主张两路进兵。为了做好充分准备，康熙答应了施琅的要求。
但直到次年五月，施琅和姚启圣也没有统一意见。施琅在综合各种情报的基础上，根据实际情况，认为夏天凭借南风，水师部队从铜山出发，顺风坐浪，交战时可以占据上风，更有利于行军取胜。而姚启圣则坚持在冬春时节利用北风进兵。双方固执己见，连续争论十余天，各不相让。姚启圣动员其他将领去说服施琅，迫于压力，施琅最后不得不同意姚启圣的意见。
姚、施二人的分歧，不但体现在这些具体事务上，而且两人对形势的看法也完全不一样。姚启圣一直十分重视招抚工作，为了招降台湾军民，出力甚多；但另一方面，姚启圣却对福建水师缺乏自信，认为出兵不能完全解决问题，应该继续展开招抚工作，待台湾有变，再行征剿。但施琅认为，招抚固然很重要，而且也能取得一定成效，但光是招抚并不能使台湾归降，真正的办法是“寓抚于剿”，使用武力才是解决台湾问题的关键。
面对这样的局面，施琅感到出征台湾这样一件大事，同僚之间意见不合，互相牵制，很难取得成功。于是就把自己的意见写成奏疏，上呈康熙：“总督生长北方，水性海务非其所长”，坚决恳请由他“独任”，出兵台湾，其他官员则负责后勤接应，则事必成。他表示，自己只需精兵2万，大小战船300艘，就可以打败敌军，并甘愿立下军令状。
康熙读了施琅的密折之后，十分生气，本来他就对施琅一再推迟进军时间大为不满，而姚、施二人的矛盾更是让康熙感到心烦，这次的来信，无疑火上浇油。但刚经历了三藩之乱的康熙，做事已经成熟沉着很多，他转而想，进剿台湾一事非常重要，此时有任何的决策失误都可能会给局面造成重大影响，尤其施琅是负责水师的关键人物，不得不谨慎处理。于是，康熙首先下令让议政王大臣会议讨论，大臣们均主张答应施琅的请求。接着，康熙又征询大学士们的意见，明珠详细阐述了海战的复杂多变，“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事，照议政王所请，不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵，似乎可行”。
综合了许多人的意见之后，康熙最
终决定由施琅相机自行征剿。在任用施琅一事中，充分体现出康熙知人善用、用人不疑的胸襟和气魄。值得一提的是，康熙善于发挥集体的智慧解决问题，无论是姚启圣、施琅，还是朝中的大臣，康熙都乐于倾听他们的意见，详细了解情况后，再由自己最后下决定。反观台湾，郑克塽，偏听冯锡范、刘国轩，未战而胜负可判。
得知清廷将举兵来攻后，郑氏政权惊恐万分，急忙调遣军队防守各处要地，并且强征沿途土蕃，不论男女老幼，全被抓来搬运军需品。郑军十分残暴，土蕃稍一懈怠，就会被毒打。而此时正处收获季节，劳力被征用之后，导致没有足够的人手收获稻粱，这就引起了土蕃的极大不满。后来土蕃不堪劳役，终于起事反抗，不断袭扰郑军，弄得郑氏手足无措。同时，不断有郑氏官兵向清廷投诚。
而在这时，施琅正整顿大军向澎湖进发。
