三国时代的乡村组织与秦汉以来的乡村结构并没有太大的不同，据《晋书》卷二十四“职官志”所载：
县五百以上皆置乡，三千以上置二乡，五千以上置三乡，万以上置四乡。乡置啬夫一人，乡户不落千以下，置治书吏一人。千以上，置史、佐各一人，正一人。五千五百以上置吏（吏当作史）一人，佐二人。
《晋书》中未谈到三老及有秩，但三老在魏晋时代还是存在的。魏时，乡之三老，官八品；有秩，官八品至九品不等。不过魏晋时代百户之乡不多，故很少见到有秩之名。同时，在魏晋时代，三老之名虽然尚可见到，但也已逐渐消失了。
魏晋时代可见到亭之名称，《晋书》有都亭长，又有亭侯、亭子之名，亭子乃如汉之亭父。但亭之乡村组织已不多见，到了南朝刘宋时，遂逐渐废弃。
亭之组织在魏晋时代虽逐渐消失，但里之组织却日益普遍。乡之下，有里之设置，凡百户设里吏一人；地广人稀之处，亦可稍减，但不得少于50户。
乡村组织到了北魏时代又为之一变。北魏太武帝太和十年（486年）行三长制。以五家为一邻，立邻长；五邻为一里，立里长；五里为一党，立党长。任邻长者，可以免一人徭役；任里长者免二人；任党长者免三人。三长又称为三正，其设立目的是为了配合均田制之实施，以达到均赋税、平徭役之目的。后来邻、里、党之三长制亦兼有养老、教化及与学之功能。三和制以五家为一邻，二十五家为一里，一百二十五家为一党之三级制与《周礼》之六乡六遂制十分相似。《周礼》以五家为比邻，二十五家为闾里，百家为族赞，五百家为党鄙，二千五百家为州县，二万二千五百家为乡遂。而《魏书》卷一一○“食货志”曰：“邻里乡之制，所由来久，欲使风教易周，家至日见。以大督小，从近及远，如身之使手。”可见三长制是根据《周礼》而来，正表现出鲜卑族汉化过程中，以《周礼》作为乡村组织蓝本的企图。
三长制中之三长，皆由郡守、郡宰选择本地之豪富者充任。很多豪右亦竞相谋取三长之职，因为担任三长以后可以免除征戍，后来甚至可以豁免所有的力役。
东魏时的乡村组织，是以五家为比邻，二十家为闾里，百家为族党。北齐时，以十家为比邻，五十家为闾里，百家为族党。而西魏及北周时之乡村组织，可能只党、里二级制而已。
总而言之，魏晋南北朝时代的乡村组织多半沿袭秦汉的制度，但因各朝之地理因素及政治情况不同，亦稍有改变。当时之乡村多受豪族所控制，中央之权力很难达到地方。魏晋初年，县以下的乡，虽分大、中、小三等，但最大的乡只有5500户而已，如汉代万户以上之乡，恐怕已不存在了。豪族的兼并土地，使农民多半成为农奴；东晋及北魏以后南北各朝政府虽然曾经重新组织乡村，其成效却值得怀疑。
