在嘉庆亲政之初，百废待兴，其中漕运、河务、吏治被称为三大政，刘墉以80岁高龄，亲自进行漕运问题的调查研究。严格说，早在嘉庆亲政前，刘墉已经开始为解决河漕问题奔波了。
嘉庆三年（1798年）四月初，山东齐河县武生戴云龙，控告知县侵蚀舞弊案发，刘墉奉派与尚书庆桂一道前往查办。结果得知，只有修理仓库勒派钱粮、车辆，漕粮折价不公三款事属有因外，其余各款则属诬陷，戴云龙问拟如律。在查办山东齐河县呈控案件前，刘墉和庆桂还曾奉命视察山东曹州段黄河工程，并将有关险情报告了嘉庆帝。这时，河道总督李奉翰等恐嘉庆帝降旨怪罪，也将有关工程情况具折上报。嘉庆看后极为生气，下旨革去其翎顶，以示薄惩。
嘉庆命刘墉调查河工情况。五月七日，刘墉将查勘情形具折奏闻，内称：决口已成深塘，断难在此实施堵筑；开放引河与堵筑决口相资并济。如果于事前先行挑挖引河，恐大汛时普漫停淤，请一并缓至七月后兴工。嘉庆接报后觉得所说情况与李奉翰所奏基本相同，很是高兴。遂令据实严参。
五月十一日，刘墉将查勘下游河道情形奏报嘉庆：下游一带，间有淤沙一二尺至六七尺者。嘉庆批道：可见前此办理未善。令秋汛后由该督实力挑浚。
嘉庆亲政之初，颇有作为，下旨将漕运陋规、多征费用裁掉，但引起了当事人的反对。
嘉庆四年（1799年）八月，新任漕运总督蒋兆奎奏请于州县浮收漕米内划出一斗贴给运粮旗丁，遭到嘉庆的否决。
十月，两江总督费淳也上奏建议于征收漕米时酌加收津贴，再次遭到户部和嘉庆帝的否决。至十一月下旬，在有漕督抚奏报筹款补贴运丁的情况下，嘉庆下令裁革应禁陋规。
在此情况下，蒋兆奎愤欲辞职，遭嘉庆申饬后，又提出以漕项银两预借旗丁分年扣还的暂行办法。结果仍遭户部和嘉庆的否决，只准多带土宜二十四石以资贝占丰。
五天后，蒋兆奎复奏时再以江苏、浙江、福建等花费为例，说明旗丁经费确不敷用。嘉庆看后指出：若如所奏，是清理漕务之事竟不可行。况津贴兑费，原视道路远近，酌定多寡，其路近省份，领银自少。今蒋兆奎竟不分别各省远近，概行牵混入奏，而又将造船之费一并列入，乃蒋兆奎执廖之见尤甚于前。看来蒋兆奎难胜漕督之任，嘉庆令其解职。
不久，山东巡抚陈大文奏报山东漕帮旗丁经费陋规名目，嘉庆看后更为惊异，称：如果说革去浮费，兑运尚有不敷，有谁相信这话？若如单内所开各种浮费，不行禁革，即再增津贴，又有何益？且漕员取之州县，州县必取之小民，层层侵蚀，浮收之弊伊于何底！
在此情况下，刘墉经过认真分析，上奏嘉庆，建议从佥派运丁过程中存在的问题入手办理：漕粮起运收米，行船为旗丁之专责，而州县佥派旗丁，或将殷实之丁索钱卖放；贫丁若懦弱无能，或致自尽，以免累妻子，纳词状于怀中，诉冤苦于身后，此犹一人一家之事。贫丁之无赖者，不以为苦，挈家上船，居然温饱，自水次以至通州，盗卖官粮，无复畏忌。所卖既多，或凿船沉水，以匿其迹，或称漕粮交兑本不足数，抵通弊混，同归于无可考据，卸桅拆柁，无所不卖，及至回空，仅存船底。于是新漕起运之时，船已不可复用，此亦州、县、府、道不职，而督抚两司不能察吏之一端也。请敕下有漕省份督抚两司，严查州县，务佥殷实丁户，或一人力薄，数家帮贴，则卖粮拆船之弊可免。
此议为嘉庆所采纳。但这些都不足以解决漕运经费不敷使用的问题。
