故事要从1962年说起，美国国防部和其下属高级计划署（DRAPA）秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为DX-1118。随后，以该病毒为中心的“黑光”（Blacklight）计划展开。1964年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国爱达荷州建立了一座小镇，名为“希望”。（HOPE），并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。唯一的生还者名为ElizabethGreene（伊丽莎白·格林，即游戏中的紧身衣马尾女），而她在被发现时已经怀有身孕。时间到了1989年，RaymondMcMullen博士（雷蒙德·麦克马伦即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了GENTEC，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX-1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将ElizabethGreene转至GENTEC的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”AlexMercer，以及后来成为Alex女友的KarenParker（卡伦·帕克，即游戏中的金发OL）。之后，黑色守望发现GENTEC重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的AlexMercer为了将这个对人类危害极大的秘密计划大白于天下，在KarenParker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的AlexMercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“Alex”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭。最后被核弹炸成磨。
“滴，滴，滴”随着医院的仪器声音渐渐响起，我们的主角AlexMercer（叫他寒玉吧擦汗）慢慢地睁开眼睛，缓缓地对护士说：“这，是哪里？”“这里是医院，你被车撞了，好了，你好好休息，我去趟厕所，别乱跑啊”。寒玉突然坐起身来看向窗边。但他看到的不是猎手，不是丧尸。而是繁荣的街道。“哥，你在窗边干什么，快好好坐着，待会要打针”一位进来的女大学生看着寒玉满眼的泪水说道。寒玉直直的看着女大学生说：“太像了，太像了，DANA，你怎么会在这里快，快躲屋里去。寒玉边说边把女大学生推进屋子里去“嗯?你干什么，为什么要多。”但说得再多，寒玉也听不进去直到把女大学生推进屋子里，自己才在门前换了身衣服，又把手变成利刃状态，但是寒玉忘掉了这不是在虐杀原形里了，也忘记门上有一个小洞，女大学生（寒语玉）透过那个小洞看见寒玉的手臂，她瞪大了眼睛，满是不敢相信，她惊恐的长大了嘴巴“啊！”一声响彻云霄的尖叫，寒玉不解的看着自己的妹妹‘DANA’以为她是在害怕‘怪物’，要是知道寒语玉是怕他，他就哭笑不得了。寒玉顿时想起来，不对这不是在伦敦，糟糕，吓到妹妹了，他把利刃状态解除后，抱起她妹妹，从窗外跳出去了，‘啊！’又是一声尖叫，原因是她以为自己和寒玉要死了，但在半空中哥哥既然飞了，（寒玉：“是滑翔”作者：“飞，我是作者，信不信我换主角。”寒玉：“别”）
寒玉无辜的降落了下来，说道“你不是DANA，你到底是谁，黑光病毒者？”寒语玉缓了一会，缓缓说“我叫寒语玉，北大学生，还有，我不是你说的什么达纳，我根本不认识她放了我好不好，求你了，黑光病毒者我也不知道什么东西。放了我”寒玉又说：“我是谁？”寒语玉怔了一下说：“你是我哥，你叫寒玉”。寒玉从她的语气中听到了自己的名字，又知道她在害怕。寒玉这把就一个头两个大了，因为，在医院的时候，寒玉没有注意到监控器把他的一举一动全都拍了下来。
“很好，你是说你在北大，我呢？”“你也在北大，咋俩是一个班级的”寒语玉低下头缓缓的说道。“那我们回家吧”寒玉完全不管这些，因为自己被伊丽莎白骗过，使他只相信了自己的妹妹，半道上寒玉停了下来叫住了寒语玉，冷冷的说道“不要告诉别人我能变成武器，不然”寒玉左手一伸一股震荡波发了出去，周围的树林被夷为平地。寒语玉惊慌地看着，点了点头，但寒玉又说到“但是，我怕你说出去”寒玉把左手变成了鞭拳，但不同的是鞭拳上是10厘米的小骨刺，寒玉右手迅速的把寒语玉抬了起来鞭拳插进了寒语玉的身体里，释放出黑光病毒感染了他的妹妹，寒语玉！
