到了公元2084年前后人魔联军在亚洲地区已经失去了南部、东部等地区的控制权，而南美洲地区人魔联军则已经彻底失败，人类控制区已经完全陷落。由于中美洲地区已经被变异兽占领，所以现在的人魔联军只能撤入亚马逊地区的魔植控制区，不过就算是这样人魔联军的战线依然面临崩溃的边缘，魔植在亚马逊的控制区由三分之一已经降到了不到十分之一。
而且在欧洲的战场上人类军队也是节节败退，并且随着非洲大陆的变异兽慢慢恢复了元气之后，欧洲大部已经彻底沦为了变异兽的乐园。就连一直没有动静的印度洋变异兽，似乎也已经开始了蠢蠢欲动。在这种种不利的情况下人类一边寻找可以战胜变异兽的希望，一边着手进行太空城的建设以及对月球和火星的改建。
公元2089年已经陷入绝境的人类决心不惜一切代价打开局面，已经十几年没有开过一炮的“毁灭者”就这样再次出现在了人们的眼中。九月上旬在略做准备之后，“毁灭者”就对准了人类唯一还占有微弱优势的北冰洋战场。三日早晨九时许一道通天彻地的巨大光柱直接打在了北冰洋上，一瞬间足有数千万平方公里身为地球四大洋之一的北冰洋，就成为了一个过去。“毁灭者”巨大的威力彻底破坏的北冰洋地区的地层构造，无数的熔岩从直径达近百公里的巨大孔洞以及四周蔓延达数千公里的裂缝之中流出，深埋地底无数年的地底熔浆迅速填满了北冰洋庞大的海盆。数日之后等地壳活动平息之后，原来的北冰洋已经被一片不下于澳洲大陆的陆地，以及大大小小数千个湖泊所占据。
“毁灭者”全功率发射的威力显然还在人类想象之上，不过这对于人类来说却是一件好事，至少北冰洋战事顺利结束人魔联军可以腾出手来应对其他方面的进攻了。这一次对于北冰洋变异兽群的打击，显然也把其他的变异兽群给吓到了。一时之间变异兽纷纷采取了守势，不敢再轻开战端。人魔联军趁此机会收复了大量失地，看到“毁灭者”取得的巨大战果一些人开始提出建造更多的“毁灭者”，甚至建造更强大的武器投入这场战斗，以便以最快的速度结束战斗。
虽然也有一部分人认为，过多的使用类似“毁灭者”这样的强大武器是不可行的，甚至有可能使地球遭到彻底的损坏。不过当时的人们上至各大势力高层，下至最底层的普通百姓都成为了巨型武器的狂烈拥护者，甚至有一些激进的人喊出了让变异兽为地球陪葬的口号。在这种思想的指引下人类开始疯狂的建造巨型武器，并且又利用“毁灭者”向太平洋以及大西洋全功率发射了数次，致使两地的变异兽群损失惨重就连太平洋及大西洋都在“毁灭者”的打击之下发生了巨大的改变。要不是因为这台人类第一个巨型武器技术并不成熟，从而在连续发射时导致“毁灭者”过载而造成了不可挽回的损坏恐怕人类真的有可能直接将地球连同变异兽一起摧毁。
“毁灭者”的威力是毋庸置疑的，在一开始也的确是震慑住了变异兽，但是面对“毁灭者”毫不留情持续打击，变异兽并没有像某些人想得一样被下破胆，反而开始对人魔联军发起了疯狂的报复性攻击。而失去了“毁灭者”的人魔联军，面对变异兽的疯狂进攻再次陷入了苦战之中。
而且因为受到“毁灭者”的刺激，变异兽开始对人类在太空的卫星、空间站等地发起了全面的打击。甚至在公元2090年12月三日，数十万二阶变异兽在十几头三阶变异兽的带领下，对距离地球十八万公里的俄国“雪神”太空城发动了突然袭击。仅仅不到九个小时的战斗，拥有一百二十余万人口的“雪神”太空城就宣告失陷其上居民无一幸存，在太空城失守一个小时后其被变异兽引爆，爆炸时的巨大光亮让远在地球之上的人们都可以清晰看到。“雪神”的失陷让世界一度失声，以前变异兽虽然也出现在过太空，但是其活动范围却基本限在距离地球不过数万公里的地区，因此人们虽然有过变异兽对太空的威胁，但却没有几个人认为这是即将发生的事情，但这次发生的事情却赤裸裸的扇了众人一个耳光。
公元2093年本已脱离战争的萧家，在月球宣布其将重新投入战斗。2094年“毁灭者X”、“雷神”、”终结者”……等六台巨型武器先后建设完毕，并将之安装在月球、“新天宫”太空城等地。2096年已经实际控制大半个火星的陈天云加入了战斗，并且陈天云手中的神秘新生力量可以利用各种力量修炼的武者在这场战斗中初展头脚。因其修炼的能量是极具攻击性的各式能量，所以战力惊人在力量层次仅仅相当于一阶变异者的武徒，虽然从表面上看和普通变异者差别不大，但其真正实力竟然可以直接匹敌二阶变异兽。因其在战场的极佳表现，顿时就在人类中引起了一场练武热。2097年第一支魔植太空军队组成，战斗的重心开始向太空转移。
自“雪神”事件之后人类与变异兽的战争开始向太空发展，从公元2091年至公元2100年双方在太空共进行了十三次总兵力在百万以上的大战，其余小规模战争不计其数。人类先后有三座太空城失陷，不过变异兽在数次攻城中均遭受了巨型武器的全面打击，变异兽群为此也付出了极其惨烈的代价。
公元2100年由人类各势力联合筹建的，第一支太空战舰部队在远离主战场的火星成立。这支仅仅只有一百艘太空战舰的军队，第一次出战就让人类彻底掌握了战争主动权。
公元2101年七月，由三百只三阶变异兽带领的六百万二阶变异兽大军，对“新天宫”这个拥有人口一千八百余万人的人类第一太空城发动了总攻。“新天宫”太空城对于人类来说极其重要，不仅仅是因为它是人类最大的太空城，还是因为它于月球的防御可以完美互补，只要“新天宫”不破那么变异兽就永远不要想真正的威胁到月球。所以“新天宫”仅常备军队就拥有陆军一百万、各级武者一万、战机一万架和近十万株由魔植组成的防护网，并且“新天宫”还拥有两台威力惊人的巨型武器。而且为了援助“新天宫”人魔联军还调集三十六万架战机、一百万魔植太空部队。并且把自建成就被雪藏的太空舰队，也派了过来作为这次战斗的底牌。
战斗开始之后战斗的主动权完全被变异兽所控制，虽然现在人类的主战战机均是第十代的太空战机，面对普通二阶变异兽能够做到以一抵十，但是因其数量太少所以战况对于人魔联军并不好。战斗从九日开始就进入了白热化状态战况异常残酷，虽然“新天宫”一度利用巨型武器的巨大威力击退变异兽的数波攻击，但是战至十一日“新天宫”太空城的外围防线大部仍然不可避免的陷落，布置在太空城外围的“天神”号巨型武器也被变异兽破坏。安装在“新天宫”的另一台巨型武器“金乌”也因为连续发射，导致其系统过载从而暂时不能发射。最终人类被迫利用月球的巨型武器，冒着误伤友军的风险向变异兽群进行打击。
战至十二日“新天宫”已经有三分之一的地方沦落，再加上为了留出战争的缓冲地带，接近两千万人口挤在不到一万平方公里的太空城内城。各种日常生活用品严重缺乏，电、水、食物等生活必需品只能以战时分配制度来勉强维持。整个太空城人心晃晃，如果不是有严格的战时制度控制太空城的人们早就已经开始了暴乱。就算如此太空城的局势也已经极其恶劣，现在的“新天宫”居民也已经到了极限随时都有可能彻底崩溃。
幸好此时从火星亿里迢迢赶来的太空舰队在此时到达了战斗位置，风尘仆仆的太空舰队来不及进行休整就直接投入了即将崩溃都战场。虽然仅仅只有一百艘战舰，但是其强大的战力瞬间就打破了变异兽的攻势。身长数公里的太空战舰全部都有最新的S1级钢铁建造，可以轻松挡住二阶低级变异兽的爪牙的攻击。其主炮为三口三百米口径的激光炮，另配有十二口一百米口径的轨道炮，其余各式火炮不下百口。
百艘战舰排成飞雁阵，仅仅一个冲刺就如同镰刀一般，将变异兽分割成了两半。有了战舰这一大利器人魔联军迅速将变异兽进行了分割包围，到了十三日曾经足以让整个人类为之心颤的庞大变异兽军队已经所剩无几，至此战争的大局已定，并且已经遭受重创的变异兽族群也再难以抵御人魔的攻击。
