据传说，1281年，忽必烈派出一支由4400艘战舰和10万大军组成的庞大舰队东征日本。面对势不可挡的强大敌人，日本天皇只有向上天寻求解脱。没想到的是，日本天皇的祈祷似乎真的起到效果。忽必烈的整个舰队在一夜之间被“神风”完全摧毁，所有战舰沉入海底，10万大军也葬身鱼腹，忽必烈的东征计划以失败而告终。
世纪80年代，日本考古学家ToraoMozai和KenzoHayashida分别带领一支考古队在伊万里湾对这一传说进行考古探索，他们从一艘沉船中发现了一些遗迹。根据这些遗迹，考古学家对史实和传说进行了甄别。他们在船中发现了大量的头盔、箭头、锚、铁剑和陶制炸弹等物品，此外还有一些人体的头颅骨。在此之前，一位当地渔民还发现了一位指挥官的青铜印章，上面刻有汉字和蒙古文字。因此，这些物品应该属于忽必烈舰队。通过对物品的分类和分析，考古学家更正了传说中的一些不符事实的说法。考古学家估计，这个舰队应该由数百艘战舰组成，而且是仓促组建，士兵主要由汉人组成。传说中所谓的“神风”有可能就是常见的台风。
自从唐代武宗灭佛到蒙古人建立元朝，日本和中国脱离外交关系长达4个世纪之久。忽必烈建立元朝后，企图改变这种状况，使日本与其他政权和民族一样臣服于蒙古人。为了实现这一目标，他首先向日本政府派遣使者，要求日本无条件投降。“至元二年（公元1266年），以高丽人赵彝等言日本国可通，择可奉使者。三年（公元1267年）八月命兵部侍郎黑的，给虎符，充国信使；礼部侍郎殷弘，给金符，充国信副使，持国书使日本。”
在国书中，忽必烈希望元朝与日本“自今以往，通问结好，以相亲睦，且圣人以四海为家，不相通好，岂一家之理哉！以至用兵，夫孰所好，王其图之。”可见忽必烈以委婉的语气表达了如果日本拒绝投降元朝，元朝将用兵日本的意图。国信使黑的等借道高丽，在高丽枢密院副使宋君斐、礼部侍郎金赞等导诏使的陪同下前往日本，但“不至而还。”因为高丽人以汹涌的海洋和恶劣的气候为借口，威胁蒙古使节，迫使他们没有到达日本就返回中国。实际上高丽人劝阻蒙古使者前往日本的真正意图在于：如果元朝出兵日本，必将给高丽人带来沉重的负担。为此，忽必烈非常不满，他立刻给高丽国王写了一封措辞激烈的信，谴责高丽国王作为他的臣民不但不帮助蒙古使节克服困难前往日本，反而劝阻他们返回中国。
在忽必烈的压力下，高丽国王在忽必烈于至元三年（公元1268年）第二次派遣使节去日本时，给予了充分的合作和帮助。这一次蒙古使节顺利地到达日本大宰府。他们按照忽必烈的吩咐希望日本“派遣纳贡使节。”当时日本执政者为镰仓幕府，他们“一方面将此事报告了朝廷，同时拒绝这一要求，并令使者回国。”蒙古使节在要求没有得到满足的情况下，于返回的路上掳走日本人塔二郎、弥二郎二人。忽必烈此时因蒙古与南宋战事紧张都无法分出兵力东征日本，因此他仍希望以和平手段压制日本政府就范，从而奴役整个日本大和民族。于是他释放了塔二郎、弥二郎，告诉他们：“尔国朝觐中国，其来尚矣。今朕欲尔国来朝，非以逼汝也，但欲垂名于后耳。”并让他们带去给日本国的信。
但仍与前几次一样没有任何回音。后来忽必烈又三次遣使前往日本，但均为日本政府拒绝。如公元1270年，蒙古使节第五次到达日本，传达了忽必烈的旨意：如果日本不向蒙古朝贡，蒙古人即将出兵云云。当时18岁的日本执政者北条时宗（1251—1284）“坚决拒绝这一要求，压制了朝廷的妥协态度，下令西国的守护和地头准备防御。”忽必烈闻此讯后，抑制不住五次遣使、五次被拒绝的愤怒与耻辱，他不顾蒙古与南宋激战正酣，下令准备军队、船只、粮饷，向日本发起战争攻势。日本军队也在北条时宗的命令下严阵以待。
公元1274年，忽必烈命“风州经略使忻都、高丽军民总管洪茶立，以千料舟、拔都鲁轻疾舟、汲水小舟各三百，共九百艘，载士卒一万五千，期以七月征日本。”为此高丽人、汉人被迫造船、运粮饷，充当士兵，他们深受其害。但忽必烈执意攻取日本，“冬十月，入其国，败之，而官军不整，又矢尽，惟虏惊四境而归”。其实元朝军队仅仅在战争开始阶段取得了一些战果。以后则屡战屡败。如井上靖记载：蒙古于“公元1274年10月初，以船舰九百艘、士兵三万三千人占领了对马、壹岐两岛，……继而侵入肥前松浦郡，……使日军处于不利，不得不暂时退却到大宰府附近。……元军虽然赶走了日军，但不在陆地宿营，夜间仍回船舰。当元军回到船舰后，恰遇当夜有暴风雨，元舰沉没二百余只，所余元军撤退，日本才免于难。”（日本历史称此次战役为文永之役）。
美国蒙古史研究者罗莎比的记载则与井上靖相似，他写道，“尽管日本人得知蒙古军队已经出发，但他们的准备仍不完备……他们的武器也无法与蒙古人的长距离武器相匹敌，他们的指挥官也不如久经战场考验的蒙古军队领袖那样有经验，但他们擅长于面对面的搏斗……尽管他们在前几夜的战斗中失利，但突然降临的暴风雨使蒙古军队和船舰在退往旷海中时损害惨重，他们不得不无功撤退。”可见蒙古人第一次东征日本便以失败而告终。这在蒙古兴起以后的战争史中是不多见的。蒙古人战无不胜的神话在海战中被彻底粉碎。
忽必烈听到征服日本失败的消息后，感到非常震惊，他几乎不相信战无不胜的蒙古人能败在小小的日本国手下。为了挽回蒙古人的面子，他决心与这个岛国周旋到底。但由于消灭南宋的战争正进入关键时期，因此他再次派遣“礼部侍郎桂世忠、兵部侍郎何文着、计议官撒都鲁丁往使，复致书。”并以强硬的态度要求日本纳贡，否则将诉诸于武力。但日本政府“为他们最近的成功而骄傲，相信上帝能挽救他们，并加宽了日本与元朝之间的海防线，处死了忽必烈派遣的使节。”这极大地伤害了蒙古朝廷。因为蒙古人认为斩除使者是对他们最大的污辱。早在公元1218年，当花剌子模国王处死了成吉思汗的使者和商队后，就曾引起成吉思汗极大愤怒，结果爆发了蒙古军队第一次西征。
忽必烈与他的祖父一样，决心不惜一切代价惩罚日本国。他一方面招募军队、筹集资金；另一方面遣使要求日本迅速朝贡，否则元军将至。北条时宗再次拒绝了忽必烈的要求，并积极策划远征高丽。忽必烈别无选择，他于至元十八年（公元1281年）“以日本杀使臣为由，结集南宋新附军十万人组成一支大军远征日本。兵分两路：洪茶丘、忻都率蒙古、高丽、汉军四万，从高丽渡海；阿塔海、范文虎、李庭率新附军乘海船九千艘，从庆元、定海启航。二路大军约定六月以前会于壹岐岛及平壹岛。”
高丽国王为元朝“提供了1万军队，1500名水手，900只船和大批粮食。”然而，人数多、辎重多的江南军队行动迟缓，没有按预定时间与东路军会合，东路军在等待无望的情况下，“从合浦出发，侵袭日本对马、一岐两岛后，进抵筑前志贺岛登陆。日本守军已有前次抗击蒙古的经验，他们在箱崎、今津等处沿岸构筑防御工事，并以精锐部队开进志贺岛（志贺岛与九州之间有陆路可通），与东征元军进行了激烈战斗。”元军战败，退至鹰岛、对马、一岐、长门等地，与姗姗来迟的江南军会合。然而会合后的元军不但不积极进攻，反而因高丽、汉、蒙古统率之间的矛盾而不能协调作战。这样，“蒙古军在毫无荫蔽的前提下，每前进一步都要付出沉重的代价。两方对峙达两个月之久。蒙古军队没有看到胜利的希望。
两个月之后，即8月15—16日，一场巨大的台风袭击了库树（音译，指平户）海岸，蒙古军再次企图撤入海上，但他们的努力是徒劳的。在此次台风袭击下，蒙古东路军损失1/3,江南军损失一半，一些靠近海岸的士兵被日本人屠杀或溺死。”汉文史料也记载到，由于元军战船“缚舰为城”，因而在“波如山”的台风袭击下“震撼击撞，舟坏且尽。军士号呼溺死海中如麻。”统率范文虎临阵脱逃，“独帆走高丽”。蒙古人第二次东征日本又以惨败而告终。
盛怒之下的忽必烈不但不总结教训，反而于1283年再次命令南方商人和东北女真人为他出征日本建造船只、高丽人为他提供粮食。但由于国内经济形势每况愈下，理财大臣阿合马、卢世荣、桑哥遭到臣僚们的不断攻击，忽必烈终于在公元1286年屈服于朝廷的压力，放弃了对日本的战争。至此，蒙古与日本的军事关系以蒙古的彻底失败而结束。
世纪下半叶，蒙古帝国虽日趋分裂，忽必烈在亚洲东部建立的元朝却蒸蒸日上，实力居亚洲第一，但却被东亚的一个力量弱小的日本岛国打败，这与元朝和日本双方的一些主客观因素密切相关。下面试分析之。
首先，与日本特殊的地理位置和气候条件密切相关。日本位于东海之东，隔海与中国相望，其国土由四个比较大的海岛和一些小岛组成。在这些列岛上生存的日本大和民族则是一个适应海洋、依靠海洋、了解海洋，从而驾驭海洋的民族。面对蒙古军的入侵，他们在沿海地带花费了5年多时间筑起了一道防御蒙古人的石墙，这样他们凭借此墙，攻守自如，使蒙古军队暴晒于海滩而无法靠近陆地。在蒙古人退往海上之后，他们借助于台风、暴风雨，趁火打劫，使蒙古人损失惨重。蒙古人则属于骑在马背上的游牧民族，他们优良的军事武器战马仅仅适应于陆地而不适应海战，蒙古军队离开马就如同鱼失去水一样。尽管他们在消灭南宋的过程中学会了一点海洋或水上作战方法，但与熟谙海洋的日本人相比，则微不足道。加之蒙古军队远道而来，对日本的基本情况知之甚少，这样难免在战争中处于被动地位。
另外，日本列岛的海洋性气候也在蒙古人进攻日本时保护了日本人。蒙古人第一次入侵日本时，他们和在其他战场一样，取得了成功，军队已深入日本大宰府附近，但一场突降的暴风雨使蒙古军与胜利失之交臂。在第二次入侵日本的战役中，又是一场台风使蒙古军舰和军队损失惨重。因此可以说，在元朝东征日本的过程中，与其说是日本人打败了蒙古军队，不如说是日本三背海的地理环境和海洋性气候帮助日本人打败了蒙古军队。
其次，与蒙古人作战部署和指挥失当有关。蒙古军队在两次东征日本初期都处于有利位置。如第一次进攻日本时，顺利地占领了对马、一岐两岛，进而深入肥前松浦郡，直抵日本中心大宰府。第二次进攻日本时，尽管蒙古军队在日本军队打击下步履维艰，但由于蒙古军队步兵的集团作战方法优于日本骑马武士的个人作战方式及使用了日本人难以想象的石驽、石炮，因此蒙古人不仅登陆，而且在鹰岛、对马、一岐、平户、长门等地频繁活动。然而他们却没有利用这些有利的岛屿建立据点，反而在海岸将大多数船舰连成一体，作为入侵日本的总指挥部，总据点。于是在暴风雨、台风袭击时，他们撤兵入舰，连成一体的战舰无法抗拒台风、暴风雨的袭击，蒙古军队因此而失败。更有甚者，蒙古人在第一次遭受暴风雨的袭击而惨败后，仍不接受失败的教训，又在第二次遭台风袭击时撤入海上，结果重导失败的覆辙。可以说这与蒙古人传统的作战部署有密切关系。蒙古人在三次西征过程中，往往占领一地后，迅速抢掠财物、屠杀居民，然后便迅速撤离。正如一位从陷落的不花剌（今布哈拉）逃到呼罗珊（中亚阿姆河以南地区）的人说的那样：“他们（指蒙古军队）到来，他们破坏，他们焚烧，他们杀戮，他们抢劫，然后他们离去。”这种作战部署在广阔的草原上很实用。因为草原是相对静止的世界，蒙古军队为了防止报复或其他，必须以动制静。但海洋则完全相反，它是一个相对运动的世界，因此在海洋上作战，必须以静制动，建立巩固的根据地，这样才不可能为海洋所吞没。蒙古人之所以失败，就在于没有建立巩固的根据地。当然，蒙古将领指挥失当也是蒙古人失败的主观因素。如在第二次东征日本过程中，洪茶丘与高丽统帅金方庆结怨甚深，而汉将范文虎又为其他将领轻视。结果将领之间经常争吵，难以形成统一的指挥方针，致使蒙古军在错误的指挥下彻底败北。
再次，与蒙古军队的普遍厌战心理有关。从成吉思汗在三河之源兴起到忽必烈发动对日战争，中国一直处于战争状态。广大人民希望和平与稳定，因此厌战情绪非常高。忽必烈建立元朝后实行的民族歧视政策和经济聚敛政策使处于第三等级的北方汉人、契丹人、女真人和第四等级的南方汉人生存受到严重威胁。因此参战的汉人、女真人并不积极，他们“相挺而起”，仅至元二十年（公元1283年）就有200多处地方发生了反元武装斗争。作为臣属国的高丽也因为元朝不断地让其提供战船、物资、粮草、水手而元气大伤，他们的厌战情绪也很高。对此井上靖指出：“强制的高丽人和汉人建造的船只很不坚固，陆战方面无敌的蒙古军在海战方面不得不依靠对元朝怀着怨恨的宋朝降将的指挥。”高丽史料也反映出高丽人民因忽必烈攻日“期限急迫，疾如雷电，民甚苦之。”这充分表明广大民众的普遍厌战情绪，而厌战情绪的存在，是克敌制胜的心理障碍。因此，普遍的厌战心理也是元朝东征日本失败的主观因素。
最后，与蒙古人东征日本战争的非正义性有关。从古往今来的绝大多数军事战争实例来看，凡是正义的战争，即使在战争的过程中暂时受挫，但由于它的正义性，将会获得巩固的后方、充分的军备，从而最终走向胜利；非正义的战争，即使在短时期内出现胜利的局面，但它终归会因广大民众在物质、精神方面的不支持而走向失败。元朝东征日本的战争也正是因为它的非正义性而遭到日本、高丽、中国民众的广泛抵抗，最终以失败而告终。有关元朝东征日本战争的非正义性在文中多次论及，故不再赘述。
总之，元朝与日本的关系以元朝二次东征失败而再次隔绝，作为战胜一方的日本，因赶走了蒙古人而避免了更大的劫难；作为战败一方的元朝不仅使国内实力受损，而且也使蒙古军队的神威扫地。这极大地伤害了蒙古人的军事信念。可以说，元朝对日本的两次东征给自身带来的消极影响远远大于对日本的消极影响。
