作为欧洲重要掌权皇室的女儿，玛格丽特公主从童年时期开始就被作为各大皇室联姻的候补者。1560年，她的父母曾想让她和腓力二世的王子唐·卡洛斯结婚。当15岁的唐·卡洛斯在众多新娘候选人的肖像画中见到玛格丽特时，他评价她道“这位年幼的公主是最美的”。但这个计划和之后的玛格丽特与马克西米利安二世的儿子鲁道夫于1563年的联姻都不幸告吹。
在法国宗教分歧爆发的初期，凯瑟琳·德·美第奇于1562年将她的女儿们以及幼子弗朗索·赫尔克送往昂布瓦斯，而亨利和卡尔则留在卢浮宫同他们的母亲一起生活。1564年1月到1566年5月，玛格丽特和她的王兄查理一起完成了对王国的巡视之旅。
当玛格丽特回到巴黎的时候，她和年轻的第三代吉斯公爵亨利一世·德·洛林产生了爱情，他们甚至考虑到了婚姻。但他们之间的婚姻是无法为当时的法国皇室所接受，因为吉斯家族是坚定的天主教成员，同时也是反对法国雨格诺派的中坚势力，而当时的统治家族则看重天主教和雨格诺派的政治平衡。亨利·德·洛林的宫廷职位被暂时取消，不久之后便被迫和皇太后的教女卡特琳·德·克莱夫结婚。
1565年玛格丽特和葡萄牙王储塞巴斯蒂昂的联姻计划告吹；而在她姐姐伊丽莎白去世后，让她嫁给成为鳏夫的腓力二世的企图也最终以失败告终。
完全出于维持王朝稳定的目的，国王查理九世和他的母亲从1570年开始策划天主教徒玛格丽特和新教徒纳瓦拉王储亨利的联姻。其目的是调和法国新教徒雨格诺派和天主教徒之间的矛盾以实现于第三次雨格诺战争结束时签订的圣日耳曼昂莱和平协定。这个计划非常的特殊，因为两个不同教派的信徒的政治婚姻在当时的欧洲统治阶层是基本上不予考虑的。
之后就开始了漫长而困难的联姻谈判，由亨利的母亲让娜·达布雷特和玛格丽特的母亲凯瑟琳分别在图尔和布卢瓦城堡进行。双方开始谈判的时候，都抱着让对方改变自己的教派而投入自己教派之下的希望，但这种希望明显是无法实现的。在1572年4月双方在布卢瓦城堡签订的草约中即明确规定这次联姻无需双方改变自己的宗教。
虽然玛格丽特对她未来的丈夫完全不了解，甚至对其产生了怨恨的感情，并对其下流的名声充满抱怨，但在母亲的重压下不得不同意结婚；或者至少在之后的几年里她保持赞成这个提议，虽然在她的回忆录中完全没有提到这些，但一副较早的油画为其提供证明。
最终的婚书于1572年8月17日在巴黎签订，按照协定玛格丽特应该获得非常高昂的嫁妆：查理九世为其支付300，000金埃居，凯瑟琳则提供200，000里弗尔。另外还有25，000里弗尔是由她的兄弟亨利三世以及弗朗索·赫尔克支付。同时玛格丽特宣誓放弃其对瓦卢瓦家族的继承权。而实际上，这些嫁妆只是部分或是完全未被支付。]婚书签订仪式后在卢浮宫举行了由鲁昂大主教查理·德·波本和新郎方父辈主持的官方订婚典礼。
第二天，他们即举行了结婚典礼，甚至连必需的教皇大赦都没有等待。婚礼是在主教座堂巴黎圣母院的前厅举行的，因为纳瓦拉国王亨利拒绝进入任何天主教教堂的弥撒厅。之后即产生流言：当玛格丽特被问道是否愿意嫁给纳瓦拉国王亨利时，她没有回答，最后是她的兄弟亨利按住她的头，强迫她点头同意。这个流言更为历史学家皮埃尔·马修所记载，并闻名于世。婚礼之后的狂欢以及庆祝活动一直持续到1572年8月21日。
作为纳瓦拉国王亨利的随行人员，很多雨格诺派教徒也来到巴黎参加他的婚礼。一场对加尔文主义者加斯帕尔·德·科利尼不成功的暗杀成为了圣巴托洛缪之夜的导火索，在这场大屠杀中，大量雨格诺派教徒被杀，因此玛格丽特的婚礼在编年史中也被记录为“巴黎的血腥婚礼”。纳瓦拉国王亨利被逮捕，并被迫改信天主教。凯瑟琳·德·美第奇提议她的女儿，以血腥屠杀为借口取消此次婚姻，但玛格丽特拒绝了，并忠诚地支持她的新婚丈夫，因此虽然纳瓦拉国王亨利已经该信了天主教，他和玛格丽特以及弗朗索·赫尔克仍然被软禁在卢浮宫。
玛格丽特的回忆录是除去红衣主教拉罗什富科的秘书让·德·梅根对卢浮宫大事记录外唯一的同时期的对圣巴托洛缪大屠杀进行记录的可考描述。根据玛格丽特的描述，加布里·德·列维斯，德·莱朗子爵，一位跟随她丈夫的雨格诺派教徒，因为被她的兄弟查理的卫兵追踪而躲进她的卧室。玛格丽特为他说情，最终保住了他的性命。大仲马在他的小说《玛戈王后》中再现这一场景。
1573年法国王子亨利在凯瑟琳·德·美第奇的推动下被选举为波兰国王和立陶宛大公，并离开巴黎向克拉科夫出发。同一时期法国贵族们成立了由比较温和的新教徒和天主教徒组成的政治同盟：LesMalcontents（法语：不满分子）。他们致力于稳固两种宗教在法国的和解并为新教方面争取更多的权力。虽然纳瓦拉王储亨利，玛格丽特以及弗朗索·赫尔克仍然被软禁于卢浮宫，但他们仍竭力参与这个同盟的活动。到1574年5月查理九世去世的时候，不满分子同盟被认为是忏悔星期二阴谋（又称为：万塞讷阴谋）的最大推动者。他们的目的在于，让弗朗索·赫尔克而非仍逗留在波兰的法国王子亨利成为下一届的法国国王，因为弗朗索在宗教问题上比他的兄长更加宽容。这个阴谋于1574年的2月被揭穿；讽刺的是这是玛格丽特自己向其母亲凯瑟琳高密的结果，而她的动机到现在仍然不为人知。弗朗索·赫尔克和纳瓦拉王储亨利因此被关押于文森城堡。这两位阴谋家的第一次出逃以失败告终，他们的两位支持者约瑟夫·博尼法斯·德·拉莫尔以及汉尼拔·德·科克劳斯伯爵被判处死刑。第二次由玛格丽特策划的出逃仍然落空，而这次并没有产生太糟的后果。最后在凯瑟琳·德·美第奇的推动下成立了一个由议会成员组成的委员会，目的为调查阴谋的真实情况。为此，玛格丽特于1574年4月写下了为其丈夫分辩的文件：支持亨利·德·波旁的记忆证据，这份文件在调查中起到了至关重要的作用，它让委员会相信弗朗索·赫尔克和纳瓦拉王储亨利并没有参与阴谋叛变。因此两人被送回巴黎，但仍然处于如同圣巴托洛缪之夜之后的严密的监视之下。
尽管处于非常不利处境，弗朗索·赫尔克最终在玛格丽特的帮助下于1575年9月15日从卢浮宫逃往德勒。虽然无法证明玛格丽特是否参与了这个事件，亨利三世仍怀疑她是帮凶，而将她软禁并严密监视。
纳瓦拉王储亨利在1576年2月跟随弗朗索·赫尔克的脚步从巴黎出逃，玛格丽特并没有参与其逃跑计划，尽管如此，她的怀疑仍被加重了。亨利的出逃同时让这对夫妻分居长达两年，也让二人开始变的疏远。
其间弗朗索·赫尔克开始公开的站在新教的一方，他为了自己以及纳瓦拉王储亨利重新聚集了不满的新教徒并建立了自己的军事力量。玛格丽特一直被软禁于卢浮宫，直到弗朗索·赫尔克以她是皇室的囚犯为理由拒绝和平谈判，亨利三世才下令将她释放。和平谈判后玛格丽特和她的母亲一起住在皇宫和雨格诺派代表处（1576年由波瓦第尔敕令成立）之间。
最终她还是得到允许投奔到丈夫那里，在以后的三年半，玛格丽特和她的丈夫在波城过着受人非议的生活。他们都有公开的情人，并且经常吵架。在1582年的一场病后，玛格丽特返回法国王室。但是亨利三世对她的声誉产生了反感，强迫她离开王室。经过很长的商谈，她被允许返回她丈夫的国家。但是她受到冷淡的接待。为了度过难关，她在她的封地Agen发动了一场政变并夺取了政权。在几个月的防御后，Agen的市民奋起反抗，并把她关押到Carlat城堡。在1586年，她被亨利三世关押在奥弗涅的Usson城堡，在那里她度过了18年。在1592年，开始了长达7年的关于解除她和亨利婚约的谈判，1599年，谈判以保留她王后的称号结束。而在不久的将来她的前夫会成为法国而最受喜爱的国王之一。
在这些年间，玛格丽特写了她的回忆录。这本回忆录在她去世后的1658年发表。回忆录中以故事的形式记述了她的哥哥们和前夫的生活。美丽而坚强的玛格丽特有很多情人，其中比较着名的有约瑟夫·博尼法斯·德·拉莫尔，和比塞·德·安布鲁瓦。
然而后来她的美丽渐渐褪色，她陷入了贫困，债务人上门催讨。无奈中，她变卖了所有珠宝。她和她的前夫，及前夫的第二任妻子玛丽·德·美第奇和解，返回巴黎，成为贫穷的艺术家和赞助人的顾问。她经常帮助策划宫廷活动和养育亨利四世和玛丽的子女。她于1615年5月27日在巴黎逝世，被埋葬在瓦卢瓦的教堂。数以千计热爱她的人哀悼着她的离去，同时也哀悼着瓦卢瓦王朝的消亡。
