蓟州为华北九镇之一，防区为北京东北一带，按照规定的编制应有士兵8万人，战马22000匹。但是实际上并没有人能够确切知道现存的数字。在役的士兵，有的属于本镇所属卫所的“主兵”，也有从其他地方调来的“客兵”。后者的调防虽然带有永久性，但供应的义务却属原来的地区。还有一部分从内地卫所调来的士兵，他们的服役期只限于蒙古人犯边可能性最大的几个月。实际上他们也很少亲身服役，只要缴纳一定的银两可以雇人替代，而所缴的银数又和雇代实际所需的饷银不同。总而言之，全镇的人员和粮饷从不同的来源和以不同的方法获得，有的还只在帐本上存在。这样，不仅他们数量难以弄清，他们的质量也是一个疑问号。
这种松散的组织和军需上的缺乏统一，看来不全是出于无意识的安排。一个办事效率极高的将领常常会以自己的意见作为各种问题的总答案，用我们古人的话来说，就是跋扈专擅；而这样一个将领手握重兵在京畿据守，也常常造成一个朝代的终结。所以戚继光改进武备的一切努力，都必然遇到重要阻碍，其中的绝大部分来自文官集团的意志，而这种意志又有历史传统的成例作为背景。
但是很幸运，谭纶和戚继光意图受到一位中枢重臣的赏识。此人就是张居正。张居正在戚继光北调的前几个月才出任内阁大学士，之后还要经过一番周折，才成了本朝第一位政治家。然而他在入阁初就有重整军备的雄心，蓟州是最能吸引他注意力的一个军区。戚继光工作莅任不久，就发觉他自己只需要专心于军备而不必参与政治。因为凡是应当安排的事，都已经由总督和大学士安排妥贴；如果事情连他们都无法安排，当然也不必多费唇舌。
以大学士的身分，张居正不仅没有权力公然颁发指令，甚至不能公开讨论制度的改组。他所采用的方式是用私人函件授意亲信如此如此地向皇帝提出建议。这些建议送到内阁票拟，他就得以名正言顺地向皇帝提出建议。他进入文渊阁以后的第一个皇帝是一个昏庸的君主，对国事既不理解也不关心；第二个皇帝则是小孩子和他的学生。环境和才能加在一起，造成了张居正的权威。但是他还是需要小心从事。帝国的官僚政治已经发展到登峰造极，成千成万的官僚，在维护成宪的名义下保持各方面的平衡，掩盖自己不可告人的私利。要公然宣布改组军事制度，就等于邀请别人对自己攻击。因此张居正不得不采取这种迂回的方式。反正皇帝站在他一边，不论别人是否识破真相，只要举不出违背成宪的理由，则公开的攻讦和私下的流言都可以不在话下。
蓟州军镇的军备改革，按照这样的程序顺利地进行。最初，戚继光建议把北方各镇10万名士兵交给他训练3年，由于计划过大，在政治上和技术上都有许多不易解决的问题，因而未能实现。但是中枢政府批准了他的另一项建议，即把他在浙江所训练的一部分士兵调至蓟州，最初员额为3000人，以后扩充为2万人。张居正对戚继光极度信任，企图赋予他以这一军区统筹全局的权力，所以才拟议设立“总理蓟州军务”的官衔，以和其他各军区的“总兵”相区别。无奈这一官衔在本朝史无前例，各种议论就纷至沓来，乃不得已而作罢。这一计划不能实现，张居正找出了另一种办法，即把蓟州辖境内的其他高级将领调往别镇，以免遇事掣肘。这时谭纶又建议该区的文官不得干预军事训练，并且主张戚继光在3年的练兵期内可以不受监察官的批评。后者显然又为文官们制造了违反成宪的口实，引起猛烈反对。皇帝的朱笔批示接受了兵部和都察院的建议，要求监察官明白练兵的重要，责成他们“和衷共济”，并把他们对蓟州防区的巡视限为每年一次；对谭纶和戚继光则希望他们“稍宽以文法，乃得自展”。事实上，凡是故意和戚继光为难的文官，后来都被张居正不动声色地陆续迁调。
蓟州军开始训练，就接受了优厚的财政接济以购买军马、制造火器及战车。这种和其他军镇的不平等待遇，惹来了大量的反感。接着又有一连串的矛盾跟着产生，诸如北兵和南兵的磨擦、军职的继承者和其他出身者的争执、因循守旧和锐意革新的冲突。张居正了然于这些情况，在他写给谭、戚两个人的私人信件里，再三叮咛他们务必谦恭，退让，不要居功自傲。他警告戚继光说，“北人积愤于南兵久矣”，他们“多方罗致。务在挫辱之”，所以“务从谦抑，毋自启侮”。有一次蒙古部队打算犯边，就在战事一触即发之际，俺答却放弃了原来的企图，下令掉头北撤。这一出人意外的事件，在张居正看来完全是由于谭、戚二人部署有方，才使俺答踌躇不前；然而邻近的两镇却把功劳据为己有。张居正虽然认为这种冒功邀赏可笑而且可耻，但是他却通知谭纶，他已经以皇帝的名义承认了这两镇的自我吹嘘。他也不让兵部查清事情的真相，以免纠缠争辩。他要求谭纶在奏折中不要争功，反而要把功劳归于其他二镇，使他们“嚼舌愧死”。
中国的古典诗歌，如果用冲淡自然的语言表现出深切或激动的情绪，就谓之含蓄；如果用棱角分明的粗线条勾画出不受拘束的气概，则谓之豪放。戚继光的诗歌达不到这样的境界，带给读者的感觉只是拘束和平庸。好在也没有人用上述的标准来权量诗人戚继光。一般看来，出身于武举的将领，大半生都在戎马倥偬之中，除了“少好读书”的俞大猷之外，戚继光的文章造诣已无与伦比。在平常的谈话中，他可以随口引用儒家的经典和史书上的教训，以此，文官们对他刮目相看，认为他不是樊哙式的武人。等到他的官阶越来越高，就有更多的文官把他引为同类，在一起饮酒赋诗，往来酬对。当时的文苑班头王世贞和戚继光的交情就非同泛泛，在他的文集中有两篇送给戚帅的寿序，并且还为《纪效新书》和《止止堂集》作序。
和戚继光同时代的武人，没有人能够建立如此辉煌的功业。他从来不做不可能做到的事。但是在可能的范围内，他已经做到至矣尽矣。为此，他得到了武官所能得到的各种荣誉。即以官位而论，身居总兵，也已登峰造极。因为本朝的成例不允许一个武人握有一省以上的兵权，即使再有升迁，也不过是增加官俸和官衔。如果说还有遗憾，乃是他没有被封为伯爵。而这一高位，除了照例授予皇帝的岳父以外，只有建立了匡危扶倾的不世殊勋才能获得。
但是，戚继光在生命中的最后几年坠入了寂寞和凄凉。张居正死后7个月，他被调任为广东总兵，官职虽然依旧，实际上已经失去了拱卫帝都的重要地位。再过一年，清算张居正的运动达到最高潮，戚继光的精神更加消沉郁闷，于是呈请退休。可是当时的环境已经不允许他保持令名。据官方文件的记载，他和辽东总兵李成梁同时作为前首辅的党羽而被参劾。万历皇帝原谅了李成梁而把戚继光革职。
戚继光罢官家居以后，只有很少的几个朋友仍然和他保持来往，文豪王世贞也是其中之一。戚继光去世之前一年，王世贞还写了一篇祝贺戚帅的寿序，赞扬他的生平功业。只是不久之后王世贞所写的《张公居正传》涉及了他的友戚继光时，则另有一番情调。
这篇《张公居正传》是在史籍中很值得注意的文章。它出于传主的同年而兼为散文家的手笔，而且记录极为详尽，包括了很多传闻逸事，细微末节。当然，文中也有对张居正的称誉，例如提到他知人善任，就举出了戚继光、李成梁之能够成为名将，就是因为得到了这位首辅的支持才得以充分发挥他们的才略。可是传中重点则指张公虚伪矫饰而天性刻薄。而且作者也不隐瞒他和张居正个人之间的嫌隙。文章中叙述到自己的地方不用第一人称而直书“王世贞”。
传记又说，张居正的去世，原因是好色过度。兵部尚书谭纶曾把房中术传授给首辅，戚继光则用重金购买称为“千金姬”的美女作为礼品奉进。这样一来，在蓟州重整军备这一番作为，似乎又和饮食男女的本能发生了关系。这一段无法考证的逸事，记录在这样一篇文辞华美的传记之内，成了一大公案，使以后写作戚继光传记的人都不知道应当如何处理，就只好装作没有看见。
明朝抗倭名将戚继光怕老婆的故事，以当年明月在《明朝那些事儿》中的转述影响最大，该书中说，因为戚继光偷着纳妾，惹恼了妻子王氏，于是发生如下故事：
“据说他的老婆实在太凶，闹得他受不了，一气之下从家里搬出来，住进了军营里。部下觉得他又窝囊，又可怜，纷纷煽动他，你老婆竟然如此嚣张，还敢欺负你，我们大家穿好盔甲，备齐刀剑，在营里等着，你把她叫进来，乱刀砍死，也就一了百了了。”
戚继光估计是受尽了委屈，于是一气之下一跺脚：就这么干！砍死她！
约定的日子到了，手下全副武装，埋伏在营内，戚继光则派人去请自己的老婆进营。
老婆大人如约前来，她进入营房，看着周围手持刀剑的士兵，毫不畏惧，还大声喝问戚继光，找我来有什么事？
在凶悍的老婆面前，戚继光没有示弱，他霍然站了起来，大声说道：“我刚刚整队完毕，特请夫人前来阅兵！”
这一段，貌似幽默，其实挠人胳肢窝，强逗人笑，怎么琢磨怎么不对味。一个不通情理的悍妇，一个色厉内荏的傻帽，难道这就是青史留名的大侠夫妇？
明朝谢肇淛着《五杂组》中，对戚继光怕老婆有一段合情合理的描述。文中说，戚继光原本不怕老婆。后来，唯一的儿子在征战中触犯军法，被戚继光斩杀了。妻子伤心欲绝，深觉丈夫一根筋，便立誓不让戚继光纳妾——反正我岁数大了，不能生养了，你就跟我一个人过一辈子吧。你心狠手辣，我就让你断子绝孙。戚继光欠着妻子一个情，不敢造次，表面上也不敢纳妾，这是他怕老婆的真实原因。
为了接续香火，戚继光还是偷偷娶了两个妾，养在外面，并生了两个儿子。十多年后，夫人得知此事，跟戚继光大吵大闹，让他把两个儿子都带到府上来。戚继光眼见大事不好，于是把王氏的弟弟，也就是自己的小舅子叫来，其时，小舅子是戚继光的幕僚之一。戚继光说，现在有三条路摆在你姐姐面前，我自己没法跟她说，麻烦你一定转告她。上策是妾和儿子都保住。次策是保住儿子，把妾赶走。下策是玉石俱焚，你姐杀掉我的儿子，我带领士兵杀掉你们全家，然后弃官潜逃。你看着办吧。
第二天，在王氏见到戚继光的儿子之前，其弟跪在她跟前，苦苦哀求。王氏说，他让我没了后代，我就让他没后代，这事没完。弟弟大哭道：“姐姐你死了没关系，难道你就忍心我们灭门吗？戚继光连自己的儿子都敢杀，他还怕谁？”王氏只好妥协，把戚继光的儿子留下抚养，两个妾则每人打了几十棍子，撵出戚府。
此事的合理之处在于戚继光对军纪的决然，对妻子的愧疚和容忍，对属下的骄纵和强横以及面对绝境时的恶向胆边生，这才是一个复杂而非漫画式脸谱化的人。自然，如果戚继光不杀掉他的儿子，也就没有后面这些麻烦事了，这一点，他真得向李刚同志学习一下。
