一些史书和许多文艺作品，都把它描绘成基本是由奸臣秦桧一手制造的一件千古冤狱。通过学术界的深入研究，元凶应是宋高宗赵构的观点已日益为人们所接受。然而，赵构为什么要杀害岳飞呢？这其中还是疑团重重。
宋代未署撰写人名字的《朝野遗记》这样记叙岳飞被害前的一幕：
绍兴十一年（1141）腊月二十九日，南宋临安的丞相府内，秦桧在苦苦思索着如何了结已被关在大理寺狱中两个多月的岳飞父子一案。此时，夫人王氏走了进来，她料定丈夫正在考虑如何处置岳飞案的问题，便趋前阴狠地说道：“相公竟这般缺乏果断吗？要知道捉虎容易放虎难呀！”秦桧这才恍然大悟，拿过纸笔写了几个字，派人送往狱中。御史中丞万俟卨遵命再次提审岳飞，逼迫岳飞在一张事先杜撰好的供状上画押。岳飞无限悲痛地仰视了一阵天空，便提笔在供状上写下“天日昭昭，天日昭昭”八个大字。不久，岳飞就被毒死，张宪和岳云被斩首。这就是所谓“秦桧矫诏害岳飞”，其中宋高宗赵构只是一个听奸臣摆布的糊涂皇帝而已。
然而，南宋李心传《建炎以来朝野杂记》乙集卷十二《岳少保诬证断案》中，保存有此案完整的判决书。前面都为狱司的造谣诬蔑之词和罗织的罪名，其判决是：“岳飞私罪斩，张宪私罪绞。”“岳云私罪徒”，当然“今奉圣旨根勘，合取旨裁断”。后载：“有旨：岳飞特赐死，张宪、岳云并依军法施行，令杨沂中监斩，仍多差兵将防护。余并依断。”从中可见，此案是奉圣旨办案，最后也由宋高宗最终裁决，这样赵构应为此案的主谋。
岳飞平反昭雪后，其子岳霖开始搜集资料，整理父亲的历史，临死又将重任托付给儿子岳珂。岳珂靠人们的帮助，先后编成《金佗粹编》二十八卷和《续编》三十卷，取得了相当的成就，部分恢复了历史的本来面目。但是，祖父既然还是在赵宋政权之下恢复名誉，作者自然只能竭力回避赵构与岳飞之间的矛盾，而客观上为高宗开脱罪责，以致不得不歪曲某些历史真相。尤其是岳珂应该看过上述案卷的有关材料，却宁肯引用野史的描述，说秦桧写出纸条交付狱官，而杀害了岳飞。其中的苦衷，自然可悯，但这样苦心掩饰的结果，给后世有关此事的记载，尤其是小说、戏剧的演绎，产生极大影响。所以宋、元以来，史家文人对此案的说法仍各执一词，众说纷纭。
明朝中叶，苏州名士文徵明曾为杭州的岳飞庙题写了一首《满江红》：
拂拭残碑，敕飞字，依稀堪读。慨当初，倚飞何重，后来何酷。岂是功成身合死？可怜事去言难赎。最无端，堪恨又堪悲，风波狱。
岂不惜，中原蹙，岂不念，徽钦辱，但徽钦既返，此身何属！千载休谈南渡错，当时自怕中原复！彼区区一桧亦何能，逢其欲！
作者清楚表明了写此词的用意，那就是指出杀害岳飞的主谋和元凶，应是宋高宗赵构，而不是奸臣秦桧。词意从高宗极不愿意岳家军恢复中原，迎回徽、钦二帝的内心出发，判断赵构最怕的就是“徽钦既返，此身何属”！所以为了保住皇位，赵构宁肯把岳飞和他的军队先消除掉，免得再有此类后患。所以，赵构杀害岳飞，是这一矛盾的必然结果。而秦桧在这一冤狱中的作用，只是迎合或依照宋高宗的旨意而加以执行罢了。
此后，赞同文徵明观点者不时在提出更为确凿证据的基础上进一步予以论证。如有学者指出，此案在当时是被称为“诏狱”的，也就是皇帝交办的大狱，哪里有高宗不知情的道理。有学者认为，绍兴七年（1137），岳飞在奏请立储问题上，以武将的身份干预朝廷立储的大事，引起高宗的极大不满。还有学者指出，秦桧死后，赵构曾不止一次地告诫臣僚，对金媾和乃出于他本人的决策，不允许任何人因秦桧之死而对此提出异议，以动摇既定国策。而岳飞案也应从属于此“与金媾和”的既定国策，所以元凶应是宋高宗赵构。
然而秦桧为主凶的说法在社会上仍然占有优势。如清代钱彩的《说岳全传》，把秦桧描写成金国派来的一个奸细。岳飞在朱仙镇大破金兀术的大军，兀术写信令秦桧想办法将岳飞害死。于是秦桧说动高宗，发十二道金牌将岳家军招回，又传下一道假圣旨，将岳飞逮入大理寺狱问罪。在万俟卨、张俊、罗汝楫诸爪牙狼狈为奸之下，给岳飞加上莫须有的罪名，并诱捕了岳云、张宪诸将，终日用酷刑拷打逼供，但三人宁死不屈，绝无口供。一拖已两月有余。秦桧担心事情传到高宗耳中，一旦放了岳氏父子，如何向金兀术交待，便与其妻王氏商量。王氏提议在黄柑中下一道密令，命大理寺今夜三更就将其父子三人结果了。秦桧听了大喜，立刻照办。岳飞以为圣旨下来，并亲自捆绑了企图造反的岳云和张宪，最后引颈受戮。
这类故事在民间已传得家喻户晓，人人都知道杀害民族英雄岳飞的罪魁祸首是奸臣秦桧，所以在如今杭州的岳飞坟前跪着秦桧、王氏、万俟卨、张俊等奸贼，受万人的唾骂。其实近代以来，也有许多学者在史事考证方面给予大量的佐证，如宋史权威邓广铭先生的《岳飞传》。该书第十九章以“秦桧、张俊肆意罗织诬陷，岳飞、岳云和张宪惨遭杀害”为题，着力论证了“岳飞被劾罢官”、“王雕儿诬告张宪，意在牵连岳飞”、“岳飞的入狱、受审和惨遭杀害”，都是以秦桧为首的一群奸臣故意陷害造成的。并论证了“当最初制造这一冤案的谋划时，赵构并未与闻其事，但在他闻知之后，也不过只是表示了一下‘惊骇’而已，也并无要加以制止之意；再以后，则更是听任秦桧放手去干，并不稍持异议”。
邓广铭的《岳飞传》再用一个章节的篇幅来论证“秦桧是杀害岳飞的元凶”。认为秦桧、万俟卨等在加害岳飞父子的过程中，对有关罪状和刑名，“匆遽间无法炮制出来。因此，是在对岳飞父子下了毒手之后，才用倒填月日的办法把判决书炮制出笼，也借此对其事实上的先斩后奏的行径痕迹稍作遮掩”。并反驳了文徵明“区区一桧亦何能”的观点，确认秦桧是金国派遣到南宋王朝的一个奸细，以为秦桧已逐步获得擅权朝中的地位，完全可能矫诏杀人，所以岳飞的狱案“名曰诏狱，实非诏旨”。
而宋史专家王曾瑜的《岳飞新传》经过较为全面地论述，在努力阐明这个观点：宋高宗是杀害岳飞的元凶。指出赵构绝非无能之辈，他文能博学强记，读书“日诵千余言”；武能“挽弓至一石五斗”，即能拉开160多斤重的劲弓，其能力在当时应算上乘。在经历了南宋初期这段艰难险恶的历程之后，至绍兴十一年（1141），赵构已当了十五年的皇帝，由一个深宫的花花太岁而变为深通机谋权术、极其狡猾阴险的最高统治者。这年的十月，即杀害岳飞的一个多月前，赵构还在儆戒众臣说：“人主之权，在乎独断！”
秦桧虽为宰相，但没有这么大的权势，能够不经过皇帝而谋害像岳飞这样一个武功赫赫、威名远震的勋臣。绍兴初年，秦桧为赵构看中而拜相当政，但由于秦桧急于植党专权，很快就被罢免，高宗还亲自写其罪迹，榜告朝野，以示不能容忍之意。绍兴八年（1138），赵构应迫不及待地想与金求和，才再次起用秦桧为相。这次，秦桧不得不吸取前次的教训，唯高宗的马首是瞻，小心翼翼地做事，以求稳步发展。这年冬天，秦桧欲展开议和活动，又心存当年被罢相的余悸，害怕高宗反复，便单独对高宗说：“若陛下决欲讲和，乞陛下英断，独与臣议其事，不许群臣干预，则事乃可成；不然，无益也。”高宗首肯后，他要皇帝“精加思虑三日”。三天之后，他还要高宗“更思虑三日”。再过三天，当秦桧“知上意坚确不移”时，才奏上和议方案。由于其能仔细揣摩高宗的内心世界，然后再审时度事，去迎合赵构的需要，开始深得皇帝的宠信。
一般以为高宗与岳飞的矛盾主要在军队北伐及“迎还二圣”的问题上，因为如果钦宗回朝，高宗就保不住帝位了。这其实是后人想当然的猜想，不太可信。宋金之间谈判，几次谈到“迎还二圣”之事，绍兴八年还差点成功，高宗曾下诏：“渊圣皇帝（即钦宗）宫殿令临安府计度修建”，准备让钦宗回来优养天年。因为高宗心里清楚，经过如此惨痛的俘虏生涯，钦宗定已心力交瘁，回来也不会威胁到自己的宝座。可见，赵构无须在“迎还二圣”问题上深忌岳飞。高宗对岳飞产生嫌隙，继而到后来“始有诛飞意”，冰冻三尺，非一日之寒，其间有一个发展积累的过程，其与岳飞的个人脾性也大有关系。
如绍兴七年（1137），高宗一时冲动，委岳飞以北伐重任，又立即取消成命。岳飞一怒之下擅离职守，上庐山给母亲守孝去了。此举使高宗震怒，儆戒岳飞“犯吾法者，唯有剑耳”等等，内中已隐含杀机。最使高宗恼火的，莫过于岳飞坚决抗金的态度及其一系列行动。如第二年，岳飞又提出增兵要求，再一次触犯赵构的嫌忌而遭拒绝。事后，岳飞再上奏折，力申“不可与和”之志，并乞整兵“复取旧疆”。高宗完全不予理睬。绍兴九年（1139），宋金讲和初定，岳飞沉痛地提出辞呈。翌年，金兀术毁约大举南犯，岳家军鏖战初胜，却又被迫班师，“十年之功，废于一旦”，又愤而辞职。高宗虽对岳飞的屡次辞呈照例不准，但对岳飞刚直不阿行为的嫉恨却在不断加深。
绍兴十一年（1141）正月，金兵又以10万人马直侵淮西。朝廷派张俊、杨存中、刘錡率军迎敌，并命岳飞领兵东援。等岳飞率军赶到，金兵已渡淮北撤。岳飞此次增援慢了半拍，其理由一是本人“寒嗽”（感冒），一是军队“乏粮”，是否夹杂有对高宗阻挠北伐的不满，不得而知。但这次援淮的无功，很快成为岳飞受迫害的口实。据秦桧党羽所撰笔记《王次翁叙记》透露，约在绍兴十一年的二、三月间，“上始有诛飞意”，并将此旨意秘密传下。秦桧就是在此旨意之下，开始组织部署对岳飞进行迫害的冤狱。
其实这一问题的关键在于：当时秦桧的权势达到什么程度？是否已经能够“挟虏势以要君”，玩高宗于股掌之上？有学者指出，秦桧虽极受高宗宠信，但也只是宠信而已，决不能任意摆布高宗，不能用矫诏的手段铲除异己。如绍兴九年（1139），枢密院编修官胡铨上疏反对与金和议，并要求“斩秦桧之头挂诸街衢”，以谢天下。该声讨雄文很快广为流传，高宗下令将胡铨“送昭州编管”。秦桧虽对胡铨恨之入骨，“必欲杀之而后已”，然而在以后的许多年中，却始终对这位职位低微的编修官无法动用屠刀。对胡铨这样的小官尚且如此，对有赫赫战功而曾任枢密副使的岳飞就更不能擅自处置了。值得注意的是，宋代审理大案和诏狱，在表面上依然有一套较为严格的司法程序，尤其是大理寺治狱，其审讯、详断、判刑、评议、定判、复核等都有详细规定，秦桧诸奸臣虽然能于其中起一定作用，但最终裁决权在皇帝手上，秦桧的权势再大，也是无法公开“矫诏”杀害大臣的。秦桧死后，高宗曾为一些人平反，不少大臣上疏要求为岳飞恢复名誉，但高宗始终不予理会，从中亦可见赵构对此案的肯定态度。
也有学者认为，在杀岳飞问题上，高宗与秦桧是各怀鬼胎、互相利用的关系。在秦桧看来，岳飞是他向金投降的最大障碍，不杀岳飞，难成和议；而在高宗看来，更重要的是所谓“示逗留之罚与跋扈之诛”，是杀鸡儆猴，以便他更自如地驾驭诸将，控制朝政与军权。所以，高宗与秦桧玩弄的是“交相用而曲相成”之把戏，于是，岳飞非死不可。
目前或可说，史学界许多人已倾向于元凶是宋高宗的观点。然而令人费解的是：赵构为什么要杀害自己倚为军事支柱的大将岳飞？其原因还是众说纷纭。有人认为是岳飞在“迎还二圣”问题上，触犯了高宗的心病。有人认为，防范武将兵权过大，一直是赵宋王朝恪守的家法，功高权重的岳飞，就被看成是对皇权的潜在威胁。有人认为岳飞个性耿直倔强，往往锋芒毕露，不搞韬晦之计，不知明哲保身而我行我素，便使高宗觉得岳飞自恃掌有兵权，难以驾驭，以致在收缴兵权之后，仍不想放过岳飞，要杀一儆百。也有人认为是岳飞在立储问题上，越职言事，犯了大忌。还有学者认为，据说金兀术在绍兴和议前有“必杀岳飞而后可和”之条件，为了表明求和的诚意，赵构只有除掉岳飞这一障碍。甚至台湾有学者提出，高宗特别思念被金人掳去的生母韦太后，曾向金人表示，只要放回太后，什么条件均可答应。金人利用了高宗这一心理，以释母必杀岳飞为交换条件，迫使他下此毒手。或者说，其各类矛盾的综合，遂使高宗做出这一决定。
杀害岳飞的元凶之争，似乎日趋明朗。然而高宗杀害岳飞的原因之争，依然是扑朔迷离。这也可算是中国传统专制政治统治的一大特色吧。
