2003年3月，宋美龄庆祝其106岁生日。后她又到美国纽约住处附近医院住院3天，做年度例行健康详细检查，据她的外甥孔令仪介绍，医生认为宋美龄身体健康。
去世后，世界反映强烈
宋美龄在纽约的晚年，因为蒋家子嗣凋零，孔令侃、孔令伟和孔令杰三个比较亲近的晚辈相继辞世，不免有“杜鹃声里斜阳暮”的寂寥之感。但她虔诚信教，习惯了与《圣经》为伴，在漫长的人生旅途中久经风雨，早已能驾驭生命中的风浪和波折。令人婉惜的是，她始终拒绝写回忆录和作口述史。对历史而言，这是无法弥补的巨大损失，许多历史事件真相都将伴随她生命终结而无解之谜。
北京时间2003年10月24日5时17分（纽约时间23日晚11时17分），宋美龄于美国寓所曼哈顿八十四街格雷西广场十号一座十五层高的住宅楼九层的一个单元房内安然去世，享年106岁。25日，她的遗体即被安放到曼哈顿八十一街和麦迪逊大道交界处的弗兰克坎贝尔殡仪馆。
在她弥留之际，姨甥女孔令仪及她的夫婿黄雄盛、曾孙蒋友常（蒋孝勇之子）和跟随她逾40年的武官宋亨霖陪伴在身边。当宋美龄去世后，孔令仪为其朗读《圣经》和诗歌。宋亨霖称宋美龄走时十分平静祥和，没有丝毫痛苦。
2003年2月，宋美龄一度因感冒引发轻微肺炎住院，经医生悉心治疗后痊愈，3月间欢度106岁大寿时，首次未公开会见宾客，此后身体即较弱。
据其孙媳蒋方智怡介绍，宋美龄在美东部时间22日曾出现感冒症状，医生初判为肺炎，不料23日晚间宋就去世了。北京时间24日下午2时30，许蒋方智怡召开声明会，讲述了宋美龄的一些生平。在会上，蒋方智怡宣读了《蒋夫人的广慈大爱》悼文，形容宋美龄是“20世纪全球最杰出的女性之一”，她在宣读时数度泣不成声。她说：
无论是身为一位中国人、一位女性、甚至是一位世界公民，蒋夫人的心路历程、志业与贡献，以及灿烂缤纷的一世，是中国近代史的缩影，近代中国妇女之至高无上的荣耀与骄傲，必将受到世世代代的崇敬。
章孝严说，近百年来，宋美龄堪称杰出女性之一。不管是智能、坚毅，还是才华，都竖立了相当重要的典范。他表示，自己去年前往美国波士顿大学领取博士学位时，曾与宋美龄相遇，宋美龄相当高兴地向他问候：“你好不好？”不过，章孝严猜测，宋美龄身旁的人应没有透露他已回到蒋家的消息。
中国大陆方面获悉宋美龄逝世的消息后立即作出反映。10月24日，全国政协主席贾庆林给宋美龄亲属发唁电，对宋美龄女士逝世表示深切哀悼。贾庆林并发表谈话说，宋美龄女士是中国近现代史上有影响的知名人士，她曾致力于中国人民抗日战争，反对国家分裂，期盼海峡两岸和平统一、中华民族兴盛。
贾庆林所发唁电全文如下：
宋美龄女士亲属：
惊悉中国近现代史上有影响的知名人士宋美龄女士逝世，我谨代表中国人民政治协商会议全国委员会表示深切哀悼，并向你们表示诚挚慰问！
中国人民政治协商会议全国委员会主席贾庆林
二○○三年十月二十四日
宋美龄女士是“中国近现代史上有影响的知名人士”，肯定了宋美龄致力于中国人民抗日战争，反对国家分裂，期盼海峡两岸和平统一、中华民族兴盛，这代表了大陆方面对宋美龄一生的评价。
25日，海峡两岸关系协会会长汪道涵给宋美龄亲属发去唁电，对宋美龄女士逝世深表哀悼。其唁电全文如下：
纽约宋美龄女士亲属：
惊闻宋关龄女士仙逝，深表哀悼！
宋女士一生历经世事沧桑。半个多世纪前，民族危亡存续之时，投身全民抗战。晚年萦怀两岸关系，期望国家统一、民族昌盛。鹤驾已西，鸾音不再，令人憾惋。
谨向亲属表达诚挚慰问！
汪道涵
二○○三年十月二十五日
同日，中国国民党革命委员会中央委员会主席何鲁丽也向宋美龄亲属发去唁电，对宋美龄女士的逝世表示哀悼。唁电中说，惊悉宋美龄女士去世，不胜哀悼！特电致唁，并请转致宋美龄女士亲属节哀。
与此同时，黄埔军校同学会、宋庆龄基金会等也纷纷发表唁电对宋美龄女士逝世深表震惊，向家属表示诚挚慰问，望其节哀。唁电还称赞宋美龄与其大姐宋蔼龄、二姐宋庆龄被世人称为“宋氏三姐妹”，她们传奇的人生在中国近代史上留下了深刻的影响。
宋美龄去世的消息很快也传遍了海南文昌，很多人哭了。据说，她去世的那一天，海水倒流进了纵贯文昌市区的文昌河内，河水大涨。宋美龄生前曾多次提到过文昌，并以自己是文昌人而“无上光荣”。10月27日，宋氏故居所在地——文昌市昌洒镇政府楼内，当地群众自发地举行了一个追悼会，主席台正中央挂着宋美龄95岁时的照片。
台湾国民党主席连战当时正在美国访问，获悉宋美龄逝世的消息后表示震惊与哀悼。他说，宋美龄一生对中国和国民党有重大贡献，并打越洋电话指示国民党协助处理后事。
与蒋家有相当情谊的亲民党主席宋楚瑜接到宋美龄去世的消息后亦感沉痛，他形容宋美龄是“一位了不起的国际领导人物”，对协助中国抗日及照顾台湾妇幼都有极大的贡献。
陈水扁及吕秀莲也深表哀悼，并盼家属节哀顺变。
当地时间10月24日，美国总统布什对宋美龄女士逝世发表声明说，他和第一夫人闻讯感到哀伤。
布什在由白宫发布的声明中说，宋美龄是美国亲密的友人，特别是在前一世纪重要的奋斗期间。布什代表美国人民，向宋美龄的家属和她在全球的仰慕者表示哀悼之意。
美国国务院亦对宋美龄的逝世，表示深切哀悼，国务院发言人说宋美龄是历史人物，赞扬她为建立国际友谊及谅解作出贡献，一生都是美国及美国人民的朋友。
暂厝于纽约芬克里芙墓园
宋美龄辞世后，对于她将安葬在何处众说纷纭，部分蒋家家属主张将她的遗体移灵回台，与蒋介石合葬在桃园大溪慈湖，不过美国的孔宋家族则表示将依宋美龄的心意将她安葬在纽约芬克里芙墓园。
蒋家代表、蒋孝勇遗孀蒋方智怡于10月25日上午偕同国民党行政管理会主委张哲琛前往大溪慈湖，一方面向蒋介石之墓面告蒋宋美龄殒逝讯息，并勘查蒋宋美龄如果安葬于此，要如何安排。蒋方智怡表示，她是晚辈，需待家族会议讨论过后才能决定，她今天也将飞往纽约与家族成员会面，“一切安排等家族讨论后，再对外说明”。
孔、宋家仅存的大家长孑L令仪并不同意。她指出，宋美龄早在10多年前即选购纽约芬克里芙墓园一处墓室，是在该墓园三楼，在她大姐宋蔼龄、姐夫孔祥熙墓室的隔壁，孔宋墓室有六穴，子女孔令侃、令伟、令杰也都安放在内。孔令仪说，宋美龄的遗体是“安放”，不是“下葬”，遗体放在纽约，是她生前的意思，孔令仪并透露，宋美龄生前也说过，死后若情况允许。可迁回上海与母亲倪桂珍葬在一起，这是宋美龄的心愿。
所以只有待孔宋蒋家族齐集后，才会进一步商量举行追思礼拜的时间地点。孔令仪说，宋美龄身后只有12万美元存款，她将把一本夫人生前最喜爱的英文圣经、眼镜和助听器随夫人放人墓园，让夫人在天上仍能读圣经。
10月28日，来自世界各地的蒋、宋、孔家族成员，已陆续飞抵纽约，由宋美龄姨甥女孔令仪主持的家族会议，于美国时间周日中午展开。会上决定尊重宋美龄生前的意思，将其遗体安放在纽约芬克里芙墓园。不过，蒋方智怡向媒体透露宋美龄遗体先暂厝纽约，以便将来适时与蒋介石一同安葬。治丧事宜将以孔令仪、孙媳妇蒋徐乃锦与蒋方智怡，以及妇女联合会副主委辜严倬云等为决策核心。家族治丧会议决定，将丧礼及追思仪式办得隆重、尊崇，以“党国”治丧为首要前提，宋美龄的历史名位应优先于政治枝节，族辈们将以大体为重，避免将治丧会议和追悼仪式落人政权纷争。
台湾国民党则邀请“党国大佬”召开治丧筹备会议，由前“行政院”院长李焕担任主席，蒋方智怡的儿子蒋友柏代表家属参加，达五项共识，将由国民党、亲民党、新党及“妇联会”成立联合治丧会议，治丧委员会主委将由国民党主席连战担任，副主委由亲民党主席宋楚瑜、新党主席郁慕明及辜严倬云担任。
对于宋美龄葬礼的有关安排，中国国务院台办发言人张铭清29日在例行记者会上表示宋美龄的后事处理，祖国大陆方面尊重其生前遗愿及其亲属的意见。中国驻美大使杨洁篪将受全国政协的委托参加宋美龄葬礼的吊唁活动。
陈水扁也表示准备10月31日抵达美国，第一件事就是直奔灵堂致哀，还要为宋美龄“盖旗”，一定以最大的诚意展现对宋美龄的“最大敬意”。但陈水扁的这项“诚意”遭到宋美龄的孙媳蒋方智怡的拒绝。她表示，宋美龄一生信仰一个中国的思想，怎么可能被一位不认同一个中国的人为她覆旗。蒋家家属强烈希望以国民党主席连战覆旗为首选，而陈水扁过境时将专程赴其灵堂致敬，家属表示感激。
另外，27日才从纽约返台的国民党主席连战已表示，将亲赴美国参加11月5日宋美龄追悼会，并倾向遵重家属意愿，为其覆旗。
当地时间10月29日，宋美龄停灵的弗兰克坎贝尔殡仪馆开放半天，从中午12点至晚上8点，供公众凭吊。当日下午，纽约各界华侨华人在华埠集会，悼念宋美龄，呼吁台湾各政党以宋美龄反对国家分裂的言行为楷模，维护中国统一。
集会以静默悼念方式开始，没有宋美龄的遗照，一幅白底黄字的“纪念蒋宋美龄讨论会”的横幅表达着人们的哀悼。
与会者指出，宋美龄一生始终反对国家分裂，反对“台独”，其致力维护国家统一的言行令人尊敬，台湾各政党应以此为楷模，为早日实现海峡两岸统一而努力。
美国林则徐基金会主席黄克锵认为，宋美龄一贯抱有国家统一的信念，尽管很多报道说她生活无缺憾，但她有生之年没有看到海峡两岸统一，姐妹最终未能相见，不可能没有遗憾。
讨论会结束后，部分侨界人士前往弗兰克坎贝尔殡仪馆参加宋美龄的公祭活动。
据估计，在整个公开吊唁的过程中有数百名民众，其中绝大多数是华人前来祭奠。
当地时间30日上午10时，宋美龄的灵柩便由纽约的坎贝尔殡仪馆移灵至纽约上州的芬克里芙墓园。
据台湾“中央社”报道说，10位工作人员将古铜色的棺木抬上灵车，由两部警车开道，灵车和10余部家属乘坐的礼车缓步前行。上州的芬克里芙墓园距离纽约曼哈顿东区大约一小时车程。
宋美龄家属，包括孔令仪、蒋方智怡及蒋友常等人于纽约当地时间30日晨间陆续到了宋美龄停灵的坎贝尔殡仪馆，准备将宋美龄移灵至纽约上卅的芬克里芙墓园。
蒋方智怡在对媒体发表简短谈话时表示，葬礼的安排与进行顺利，一切都按照预期的进度。她同时感谢“政府”的协助，并强调，他们都希望能陪宋美龄走完最后的一段路。
宋美龄的灵柩面朝西，有两层涵义：一是基督徒朝圣，另外则是遥向大陆之意。她的棺木里，还放置一本英文圣经。
11月5日，在纽约曼哈顿中城公园大道上的圣巴多罗买（SaintBartholomewsChurch）大教堂，宋美龄的家属为宋美龄举行了庄严隆重的基督教追思礼拜。
关于自己的归宿，宋美龄生前还有一个心愿：如果蒋介石能归葬奉化老家，那么她百年后，愿意和蒋遗骨一起归葬奉化溪口的祖坟。如果她泉下有知，不知会对近日台湾传出的一条消息作何感想。2004年7月8日，台湾“国防部”对外宣布：在蒋家后人的全体署名申请下，蒋介石、蒋经国父子将于明春“国葬”于台湾国军五指山公墓。
宋美龄晚年虔诚信教，心向淡泊，即使在生时得知这消息也应该不至于很惆怅。不管能否同夫君遗骨一起归葬奉化蒋氏祖坟，历史都已记下了她作为蒋介石夫人叱咤风云的传奇人生。不过，无论蒋氏父子葬在台湾或大陆，毕竟都是在中国的土地上，这或许才是暂厝异国他乡的魂灵难以安息的牵挂。
