原来浅井长政为了对抗六角氏，曾与朝仓义景结有盟约，两家的联系非常紧密。正因如此，织田信长本次越前讨伐战并没有强要长政出兵相助。在他想来，自己此次发兵，是打着幕府将军足利义昭的旗号，以责问朝仓义景为何不肯上京谒见为名，曾与自己并辔入京的长政即便不愿相助，也应该不会横加阻挠。
然而浅井长政此时却已无法控制家中舆论，被迫要背弃盟约，向信长挥舞刀剑了。浅井家本采取“重臣合议制”，家主不过合议的主席而已，并没有足够强大的独裁力量，家中重臣和麾下豪族多年来与朝仓氏并肩作战，早就培养起了牢不可破的感情，况且他们认为织田信长狼子野心，毫不可信，如果顺利灭亡朝仓氏，很可能掉过头来攻打浅井家。重臣们纷纷以“唇亡齿寒”之意游说长政，见长政不予采纳，干脆又把隐居的老头子浅井久政扛了出来。
不忍拂逆父亲之意，无力抗拒臣下要求，同时又怕失去家主宝座的浅井长政终于下定了决心，秘密发兵，准备与朝仓氏南北夹击织田信长的军队。织田信长得报，匆忙转身后撤，并让羽柴秀吉、蜂须贺正胜和德川家康殿后，阻挡正从一乘谷汹涌杀来的朝仓援军。在西近江豪族朽木信浓守元纲的协助下，织田大军沿琵琶湖西岸，经朽木谷城折往西南，终于在三十日顺利回归京都——这就是历史上著名的“金崎退兵”。
五月十九日，织田信长仅率从者10人离开京都，翻山越岭回归本城岐阜，途中遭遇刺客，几乎丧命。此时近江的局势一片混乱，朝仓、浅井联军分道南下，流亡伊贺的六角义贤、义治父子也煽动江南诸郡爆发国人一揆。京都东面急报频传，而西面的三好氏也大有浑水摸鱼、卷土重来之势。
当年六月，织田信长整备浓尾势三国大军，动员了15万人马，并要求德川家康亲统5千三河兵赶来会合，浩浩荡荡重新杀入南部近江，以救援本方困守的几座孤城。叛乱陆续被平定，六月二十一日，信长到达浅井氏本城小谷南方不远的虎御前山，他命令士兵放火焚烧附近村庄田地，意图诱出浅井军主力与自己决战。浅井长政固守不出，同时派快马前往一乘谷，要求朝仓氏出兵增援。
织田信长不敢遽攻坚城小谷，于是转道南下，攻击要隘横山城。横山位于小谷与浅井氏重镇佐和山城之间，只要攻克横山，就如同往敌人的心脏部位插入一柄尖刀，浅井军即便不因此元气大伤，也无法再轻易南下骚扰京都附近地区了。六月二十三日，织田军层层包围了横山城，次日，越前8千援军终于赶到了小谷城北方，著名的姊川合战就此拉开序幕。
秭川发源于伊吹山地，迤逦向西，流过横山城的北面，最后注入琵琶湖。六月二十七日晨，浅井、朝仓联军伪作撤退之势，随即半途杀回，于次日凌晨突然向驻扎在龙之鼻地方的织田本阵展开猛烈进攻。织田、德川对浅井、朝仓，双方在秭川岸边爆发激战。织田、德川联军一开始处于劣势，但织田信长陆续将包围横山城的部队拉到前线，投入战斗，终于扭转了战局。
当时与朝仓8千大军所面对的德川军，投入战斗的仅有3千人而已，但三河兵素以能耐苦战闻名，在大将酒井忠次的指挥下，连续数个小时阻遏敌军，使其不能前进。上午10时以后，浅井、织田两军也开始正面交锋，浅井方大将远藤直经一马当先，率800骑直插信长本阵，猛将、佐和山城主矶野员昌随即跟进，织田军几乎濒临崩溃的边缘。
然而织田信长在危急关头保持着清醒的头脑，他让刚刚赶到战场的丹羽长秀等部不必前来加固本阵的防守，反而转向阵列最西面，攻击朝仓军侧翼，援护德川家康。于是得到生力增援的德川军开始反击，大将榊原康政突破朝仓军侧翼，杀死朝仓氏猛将真柄直隆父子，终于将敌军赶回秭川北岸。
朝仓军溃败后，浅井方不敢再孤军深入，也被迫缓缓后撤，在浅井长政几近完美的指挥下，很快就摆脱了追兵，安全撤到秭川以北。此战双方损失，一说浅井、朝仓方为5千人，织田、德川方为3千人，一说比例类似，但总数不超过3千。
虽然浅井、朝仓联军首先败退，但织田、德川联军也无隙可乘，无法追击以扩大战果，因此从战役层面来说，秭川合战可谓胜负难决。但从战略角度来考虑，朝仓、浅井联军主力战后向北退去，暂时不敢再来，织田信长遂得以调动全部兵力攻打横山城，并最终迫使其开城投降。
织田信长派羽柴秀吉守备横山城，然后南下攻击琵琶湖东岸的坚固要塞——佐和山城，守备此城的，正是在秭川合战中曾给织田军以沉重打击的猛将矶野员昌。信长知道要攻克此城，绝非一朝一夕之功，于是命丹羽长秀在城东、市桥长利在城北、水野信元在城南、河尻秀隆在城西，构筑鹿砦，重重包围，做好长期战斗的准备，他自己则于七月四日进入京都，并于4天后离京回归岐阜城。
烧讨比睿山
元龟元年（公元1570年）八月二十日，织田信长再度从美浓发兵，进攻摄津国的野田、福岛等城砦，这些城砦都是“三好三人众”与斋藤龙兴在得到本愿寺、浅井、朝仓等势力的暗中支持下修筑的。
在攻击这些城砦的同时，为了威慑本愿寺，使其放弃对三好党的增援，织田信长致信本愿寺法主显如（光佐），要他交纳贡钱，作为织田军的军费。其实信长并不在乎这一点点军费，他要的是显如立刻表态：“支持我，还是与我为敌。”然而显如上人早有与织田势一战的觉悟，他和朝仓氏本有姻亲关系，又以中国地区的毛利氏为后援，自以为石山坚城，根本就无人可以撼动，于是毫无转寰余地地拒绝了信长的要求。
九月十三日深夜，织田军首先动手，运用大铁炮（大口径火枪）轰击石山本愿寺，显如上人派根来、杂贺、汤穿等纪伊国擅长使用铁炮的家族，以3千支铁炮与织田军对射，一时间硝烟弥漫，震动天地——长达11年的石山战争就此拉开序幕。
为了救援三好党和本愿寺，浅井、朝仓联军于九月十六日大举南下，杀入坂本口，守备宇佐山城的织田方大将森可成战死。织田信长闻报大惊，匆忙放弃对野田、福岛两城的包围，并且脱离与本愿寺兵马的接触，以柴田胜家、和田惟政殿后，自己退回京都。二十四日，织田军从京都出发，迎战浅井、朝仓联军，联军在比睿山内的蜂峰、青山、局笠山等地布防，严阵以待。
比睿山延历寺是日本佛教天台宗的总本山，由最澄大师于9世纪初创建，历史悠久，它的军事力量虽然不可和本愿寺同日而语，宗教神圣地位却更高。知晓浅井、朝仓联军在比睿山布阵的织田信长开出条件，只要延历寺肯加入本方，就交还前此被近江大名侵夺的山门领（寺庙地产），同时威胁说，若不服从，“包括根本中堂在内的三王二十一社等所有庙宇，我都会一把火将其烧为灰烬”。然而延历寺轻视信长的行动力，断然拒绝了这一要求。
织田信长眼看威慑无效，自己此刻四面皆敌，一个搞不好就要全局糜烂，于是又把足利义昭这尊“泥菩萨”扛了出来，要他下令各方势力退兵和解。义昭虽然满心不愿，但自己身处信长的掌握中，暂时还不敢明着和对方硬碰。于是十一月二十八日，在足利义昭和公卿二条晴良的调解下，双方开始和平谈判，最终决定停战退兵，江北2/3归属织田家，1/3归属浅井家，延历寺仍保有旧领。
这一协议使浅井氏丧失了南方大片领地，随时可能被近在咫尺的织田军侵袭骚扰，损害是相当巨大的，但被织田军切断了后路、急于夺路回国的朝仓军基于本身利益考虑，迫使浅井长政退让妥协。此后浅井氏即陷入了疲于奔命的窘困境地，最终灭亡的命运，其实在此刻就已经注定了。
次年即元龟二年（公元1571年），二月间，佐和山城终于开城降伏。浅井长政匆忙出兵进攻横山城，却被羽柴秀吉击退。同年八月，在朽木元纲的协助下，织田军攻陷了江南一揆的重要据点志村城，保证了进出比睿山附近的通路。
此时比睿山延历寺已成瓮中之鳖，于是织田信长亲率大军来到山下，要兑现他去年许下的诺言，把这座宗教圣山夷为平地。家臣佐久间信盛、武井夕庵等对此表示异议，遭到信长的痛骂。他下令封锁一切下山通路，然后纵起大火，开始了残酷的围歼战。根本中堂以下山王二十一社全被焚毁，包括僧侣、信徒在内约三四千人，不分男女老幼，均惨遭屠杀。
因为这一暴行实在令人发指，从此织田信长就被称为“第六天魔王”（指佛教神话中欲界第六天的魔王，名为他化自在天）、“佛敌”，加上他此前为了获得来自南蛮的武器、物资，与天主教教士频繁接触，遂被视为接受天主教义，要绝灭日本传统的宗教——佛教。不过根据近年来的考古发掘所得，延历寺的建筑在元龟二年以前就大多毁弃，并且没发现有多少火烧的痕迹，同时一部分文献史学的研究者也提出了类似旁证，即焚烧比睿山延历寺如此大事，在当时公卿们的日记中却很少提及——此事的真伪，大概是永远的历史之谜了。
战国城砦群
战国时代所谓的“城”，其实并不是真正意义上的城市，而是城堡，反而散布在城堡外围的基本无防护的商业区，即所谓城下町，才真正具备了城市的雏形。当然，当时的日本并非没有真正意义上的城市，诸如堺、平户等自治都市，以及京都，均可算是城市。
战国时代，诸侯林立，纷纷构建城堡以保护自己的财产，此外还在军事要冲或城堡周边修建砦，砦也就是寨，是小型的城堡。一般情况下，城或砦都由竹木制成围墙，外掘浅壕，内建楼橹和士兵居住的长屋，此外还大多盖有一片核心建筑，是城主、城代，或者砦守将的居处和指挥所。
随着战争次数的频繁、战争规模的扩大，以及军事技术的发展，城堡的规模也日益扩大。到了战国中后期，产生出许多号称“难攻不落”的巨型城堡，比如相模的小田原城、安艺的吉田郡山城，以及织田信长建构的安土城、丰臣秀吉建构的大坂城，等等。城堡分山城和平城两种，山城依山而建，取其地势险要、易守难攻，而平城则往往建在大平原上，取其交通发达、商贾辐辏。
战国中后期的著名城堡大多以土垒墙，偶有用到石材的，结构更为复杂，防护力更强。这些城堡并非仅有外围一道围墙而已，往往城堡内部也层层隔断，楼橹密布，到处都是明门和暗门。这些围墙将城堡分割成为多个区域，这些区域分别称为“丸”，丸皆有名，一般情况下中心区域称为“本丸”，往外辐射，层层区域分别称为“二之丸”、“三之丸”，等等。也有用方位来命名的，如“西之丸”、“东之丸”，等等；也有用地名或守将苗字来命名的，如“京极丸”、“真田丸”，等等。各丸分布因地势而千变万化，有呈圆形层层向外的，也有呈一字型由高向低的，也有相当不规则的。
战国前期，城主所居官邸称为馆——因此城主往往被尊称为“馆样”——中后期则大量涌现出一种名为“天守阁”的建筑。所谓天守阁，一般以碎石为基，上以土木构建多层楼阁，四面密布矢仓（箭楼）和炮橹，本身既是城堡的政治、军事中心，也是防卫严密的碉堡。天守阁一般都是城堡中的最高建筑，站在顶层就可以鸟瞰城堡全貌，有助于城主指挥整个城堡的防卫战。建构天守阁耗资巨大，非有力战国大名不能完成，因此天守阁本身也逐渐变成了大名实力的一种象征。
